New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3877527 = | 53 (1.010) | 3 (0.060) | 3/234 | NT | 5.7% | coding (572/1242 nt) | PP_3425 | RND family transporter MFP subunit |
? | NC_002947 | 3877546 = | 48 (0.960) | coding (591/1242 nt) | PP_3425 | RND family transporter MFP subunit |
GAATCGCGCAGCAGTGCCGCCGCCGAAGCCCGTGCCGGGGTCGATGCCATCCAGGCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACACCCAGCTGGCCCGTGAAGGCCAGCGTAGCCAGAGCACTCCGGTATACCTGG > NC_002947/3877379‑3877676 | gAATCGCGCAGCAGTGCCGCCGCCGAAGCCCGTGCCGGGGTCGATGCCATCCAGGCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGACGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAAc > 1:1003355/1‑150 (MQ=255) aaTCGCGCAGCAGTGCCGCCGCCGAAGCCCGTGCCGGGGTCGATGCCATCCAGGCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACa > 2:278695/1‑150 (MQ=255) cgcAGCAGTGCCGCCGCCGAAGCCCGTGCCGGGGTCGATGCCATCCAGGCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑c < 2:928022/150‑1 (MQ=255) gcagcaGTGCCGCCGCCGAAGCCCGTGCCGGGGTCGATGCCATCCAGGCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑Ca < 2:146641/150‑1 (MQ=255) gTGCCGCCGCCGAAGCCCGTGCCGGGGTCGATGCCATCCAGGCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CAccgccg > 1:1007115/1‑150 (MQ=255) gTGCCGCCGCCGAAGCCCGTGCCGGGGTCGATGCCATCCAGGCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CAccgccg > 1:250817/1‑150 (MQ=255) aGCCCGTGCCGGGGTCGATGCCATCCAGGCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCt < 1:278695/150‑1 (MQ=255) cccGTGCCGGGGTCGATGCCATCCAGGCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGa < 2:1007115/150‑1 (MQ=255) gTGCCGGGGTCGATGCCATCCAGGCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCa > 2:282682/1‑150 (MQ=255) gatctCGATGCCATCCAGGCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCgtg < 1:660502/146‑1 (MQ=255) ggTCGATGCCATCCAGGCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCACGCTGGTCAGCggggt < 2:842101/150‑1 (MQ=255) gTCGATGCCATCCAGGCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGGTCAGCggggtg < 2:56334/150‑1 (MQ=255) gTCGATGCCATCCAGGCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCgtggtg < 1:1183489/150‑1 (MQ=255) aGGCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATTAGCGGCCGAGTCGAGGACGCCGAGTGCACCGCCGGCAACATTGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAgg > 1:1242269/1‑150 (MQ=255) aGGCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAgg > 2:325460/1‑150 (MQ=255) aGGCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAgg > 1:263976/1‑150 (MQ=255) gCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTc > 2:987026/1‑150 (MQ=255) gCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTc < 1:282682/150‑1 (MQ=255) gCTCGGCCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGc < 2:144785/150‑1 (MQ=255) ccTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTAttt > 1:692631/1‑150 (MQ=255) cTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTc < 2:250817/150‑1 (MQ=255) gcgcgcCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGCGTTCACCGGCGGCAACATCGT‑CTCCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGAc < 2:870619/150‑1 (MQ=255) gcgcgcCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGAc < 2:797129/150‑1 (MQ=255) gcgcCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGc > 2:685846/1‑150 (MQ=255) ccTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCcga < 1:185962/150‑1 (MQ=255) gAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCcgacga > 1:954562/1‑150 (MQ=255) cTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAgcgc > 1:157545/1‑150 (MQ=255) tCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGCCCCTGACGTGcccg > 2:296856/1‑150 (MQ=255) tCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTAGACGCCGACGAGcgcg > 2:304808/1‑150 (MQ=255) ttCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGTGCAAAGGC‑AGATCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTAc > 2:1118826/1‑150 (MQ=255) ttCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTAc < 1:987026/150‑1 (MQ=255) cccGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCa > 2:622868/1‑150 (MQ=255) cgcgTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAg < 1:793061/150‑1 (MQ=255) cgcgTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAg < 2:1003355/150‑1 (MQ=255) tCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTaca > 2:695072/1‑150 (MQ=255) cACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTTGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCTTCGCCGACGAGCGCGTGTACTTGAGGTacac < 2:376230/150‑1 (MQ=255) cACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTacac < 2:692631/150‑1 (MQ=255) aCCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACAcc > 1:321446/1‑150 (MQ=255) ccGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACAccc < 1:755701/150‑1 (MQ=255) gcgcgcATCAGCGGCCGAGGCAGCCGCGCCGAGTGCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGGCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACTTGAGGTacacgcgc < 2:1018544/150‑5 (MQ=255) cccATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATTGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACACCCAGCTg < 2:1242269/150‑1 (MQ=255) cATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACACCCAGCTGGc > 2:913561/1‑150 (MQ=255) atctgCCGAGTCAGCCCAGACCCATCCAACGCCAGCAACATCTT‑CACCCCCTATGTCACCCCACTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACACCCAGCTGGCCCGt < 2:13160/146‑1 (MQ=255) gCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACACCCAGCTGGCCCGTg < 2:954562/150‑1 (MQ=255) gCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCTCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACACCCAGCTGGCCCGTGAAg < 1:304808/150‑1 (MQ=255) gCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACACCCAGCTGGCCCGTGAAg < 2:321446/150‑1 (MQ=255) cGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACACCCAGCTGGCCCGTGAAGGc < 1:1377523/150‑1 (MQ=255) tCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCTATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACACCCAGCTGGCCCGTGAAGGCCAGc > 2:261318/1‑150 (MQ=255) ccGCGCGGAGATCACCGCCGGCAACAGCTT‑CACCGCCGATTTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGGACCTCAAGTACACCCAGCTGGCCCGTGAAGGCCAGCGTAg > 2:1156368/1‑150 (MQ=255) gcCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGt < 1:1372609/38‑1 (MQ=255) gcCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGt > 2:1372609/1‑38 (MQ=255) acgctggtcagcggggtgACATCGG‑CGGTGACGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACAGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACACCCAGCTGGCCCGTGAAGGCCAGCGTAGCCaga < 1:581692‑M1/132‑1 (MQ=255) cGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACACCCAGCTGGCCCGTGAAGGCCAGCGTAGCCagag < 2:954166/150‑1 (MQ=255) gctggtcagcggggtgACATCGG‑CGGTGACGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACACCCAGCTGGCCCGTGAAGGCCAGc > 1:262162‑M1/17‑139 (MQ=255) gctggtcagcggggtgACATCGG‑CGGTGACGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACACCCAGCTGGCCCGTGAAGGCCAGc < 2:262162‑M1/123‑1 (MQ=255) gAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACACCCAGCTGGCCCGTGAAg < 2:716025/133‑1 (MQ=255) gAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACACCCAGCTGGCCCGTGAAg > 1:716025/1‑133 (MQ=255) aCCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACACCCAGCTGGCCCGTGAAGGCCAGCGTAGCCAGAGCACTCCg < 1:325460/150‑1 (MQ=255) cgGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACACCCAGCTGGCCCGTGAAGGCCAGCGTAGCCAGAGCACTCCGGtata < 1:1258699/150‑1 (MQ=255) ACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACACCCAGCTGGCCCGTGAAGGCCAGCGTAGCCAGAGCACTCCGGTATACCTgg > 1:622868‑M1/1‑150 (MQ=255) | GAATCGCGCAGCAGTGCCGCCGCCGAAGCCCGTGCCGGGGTCGATGCCATCCAGGCCCAGCTCGACCTGGCGCGCCTGAACCTCAGCTTCACCCGCGTCACCGCGCCCATCAGCGGCCGAGTCAGCCGCGCCGAGTTCACCGCCGGCAACATCGT‑CACCGCCGATGTCACCCCGCTGACCAGCGTGGTGTCCACCGACAAGGTCTACGCCTATTTCGACGCCGACGAGCGCGTGTACCTCAAGTACACCCAGCTGGCCCGTGAAGGCCAGCGTAGCCAGAGCACTCCGGTATACCTGG > NC_002947/3877379‑3877676 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |