New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3975717 | 49 (0.930) | 5 (0.100) | 5/234 | NT | 8.9% | coding (104/591 nt) | PP_3505 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 3975730 | 56 (1.120) | coding (91/591 nt) | PP_3505 | hypothetical protein |
CCGCTGGCAGTCAGCAGGGCCAGGCGGGCGCGTTGTCGATAGGCTTGGTCGAACAACGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCAGCCAGGCTACCCGGCCGGCCGCCG‑CATTTCGCACGAGGCCACGGCGGGTACCGTTCTGCTTGCCTATGCCCGCTCTG > NC_002947/3975573‑3975863 | ccGCTGGCAGTCAGCAGGGCCAGGCGGGCGCGTTGTCGATAGGCTTGGTCGAACAACGCCGCCAGCAGCCCTTTGTTCTGCGCCAGAGCATGCTGGTGAACTCCAGTAGCCGAGTCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGgcctg > 1:1386461/1‑150 (MQ=255) aGTCAGCAGGGCCAGGCGGGCGCGTTGTCGATAGGCTTGGTCGAACAACGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGgcg < 1:888369/150‑1 (MQ=255) tCAGCAGGGCCAGGCGGGCGCGTTGTCGATAGGCTTGGTCGAACAACGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGct < 1:1405086‑M2/150‑3 (MQ=255) agcagGGCCAGGCGGGCGCGTTGTCGATAGGCTTCGTCGCATAGAGCTGGAAACAGCCCTTTGGTCTGCTCCAGTGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCAGCGACGATCACCGGCCACAACGCAGCAGGCCTGCCTTGGCGctgc < 1:1315737‑M2/150‑5 (MQ=255) gcagGGCCAGGCGGGCGCGTTGTCGATAGGCTTGGTCGAACAACGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGcgccaaggcaggcctgct < 1:1116259‑M1/150‑19 (MQ=255) ggCCAGGCGGGCGCGTTGTCGATAGGCTTGGTCGAACAACGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCa > 1:551015/1‑150 (MQ=255) cAGGCGGGCGCGTTGTCGATAGGCTTGGTCGAACAACGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGc‑a < 1:383541/150‑1 (MQ=255) ggcgCGTTGTCGATAGGCTTGGTCGAACAACGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTc > 1:1064996/1‑150 (MQ=255) gTCGATAGGCTTGGTCGAACAACGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTg < 1:778918/145‑1 (MQ=255) gTCGATAGGCTTGGTCGAACAACGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTg > 2:778918/1‑145 (MQ=255) aTAGGCTTGGTCGAACAACGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCg > 1:722329/1‑150 (MQ=255) tAGGCTTGGTCGAACAACGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGt < 1:416559/150‑1 (MQ=255) aGGCTTGGTCGAACAACGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCATGTCGCTGGtgtg > 1:255522/1‑150 (MQ=255) gCTTGGTCGAACAACGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGTCAGC‑ACAg > 2:1398594/1‑131 (MQ=255) gCTTGGTCGAACAACGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGTCAGC‑ACAg < 1:1398594/131‑1 (MQ=255) tCGAACAACGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCt < 2:1386461/150‑1 (MQ=255) gAACAACGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCCACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCttt > 1:494085/1‑150 (MQ=255) aacaacGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTg > 1:1249743/1‑150 (MQ=255) acaacGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGTGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGa < 1:110146/150‑1 (MQ=255) acaacGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGa < 2:371874/150‑1 (MQ=255) cagcagCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATAGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCgg < 2:122320/150‑1 (MQ=255) agcagcCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTTCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGc > 2:160338/1‑150 (MQ=255) gcagcCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCa < 1:992404/150‑1 (MQ=255) cTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCAGCCAgg < 1:160338/150‑1 (MQ=255) cTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCAGCCAgg < 2:1405086/150‑1 (MQ=255) tGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGcgccaaggcaggcctgctgagtt < 1:671313‑M1/90‑24 (MQ=255) tGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGcgccaaggcaggcctgctgagtt > 2:671313‑M1/1‑67 (MQ=255) cgcCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGcgccaaggcaggcctgctgagt < 2:1068405‑M1/87‑23 (MQ=255) cgcCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGcgccaaggcaggcctgctgagt > 1:1068405‑M1/1‑65 (MQ=255) aTGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGCGACAGGACCTGT‑GCTGGca < 1:61698/96‑2 (MQ=38) aTGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGCGACAGGACCTGT‑GCTGGca > 2:61698/1‑95 (MQ=38) aTGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCAGCCAGGCTACCCGGCCGGCCGCCG‑CAtt > 1:904132/1‑150 (MQ=255) gcCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCa < 2:944087/117‑1 (MQ=255) gcCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCa > 1:944087/1‑117 (MQ=255) gggTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCAGCCAGGCTACCCGGCCGGCCGCCG‑CATTTCGCACGa < 2:1249743/150‑1 (MQ=255) ggTTGCAGCAGACGACTCGACTATCACCATCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCTGG‑CCCGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCAGCCAGGCTACCCGGCCGGCCGCCG‑CATTTCGCACGAg < 1:1380314/150‑1 (MQ=255) aaGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCAGCCAGGCTACCCGGCCGGCCGCCG‑CATTTCGCACGAGGCCAc > 1:258026/1‑150 (MQ=255) gAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTc < 2:1092276/65‑1 (MQ=255) gAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTc > 1:1092276/1‑65 (MQ=255) gAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCTGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCAGCCAGGCTACCCGGCCGGCCGCCG‑CATTTCGCACGAGGCCAcggcgg < 1:1215413/150‑1 (MQ=255) aTCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGcc > 2:933469/1‑77 (MQ=255) aTCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGcc < 1:933469/77‑1 (MQ=255) aTCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCAGCCAGGCTACCCGGCCGGCCGCCG‑CATTTCGCACGAGGCCACGGCGGGTAcc > 2:283145/1‑150 (MQ=255) tCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCaa < 1:721234/89‑1 (MQ=255) tCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCaa > 2:721234/1‑89 (MQ=255) tCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑AAAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCAGCCAGGCTACCCGGCCGGCCGCCG‑CATTTCGCACGAGGCCACGGCGGGTACCg > 1:886066/1‑150 (MQ=255) gacgaTCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCAGCCAGGCTACCCGGCCGGCCGCCG‑CATTTCGCACGAGGCCACGGCGGGTACCGtt > 2:909743/1‑150 (MQ=255) cACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCAGCCAGGCTACCCGGCCGGCCGCCG‑CATTTCGCACGAGGCCACGGCGGGTACCGTTCTGCtt < 2:551015/150‑1 (MQ=255) aCCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCAGCCAGGCTACCCGGCCGGCCGCCG‑CATTTCGCACGAGGCCACGGCGGGTACCGTTCTGCtcg > 2:655423/1‑148 (MQ=255) cAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTgg < 1:393379/63‑1 (MQ=255) cAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTgg > 2:393379/1‑63 (MQ=255) cAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTc > 1:489589/1‑82 (MQ=255) cAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTc < 2:489589/82‑1 (MQ=255) cAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCAGCCAGGCGACCCGGCCGGCCGCCG‑CATTTCGCACGAGGCCACGGCGGGTACCGTTCTGCTTGcc < 2:904132/150‑1 (MQ=255) cacaACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGc < 1:121980/81‑1 (MQ=255) cacaACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGc > 2:121980/1‑81 (MQ=255) aaCTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGctgctgagttgtggctggtgatcgtcgatgcctcggcttcaacccggcgccatcaggcgctggcgca > 2:671313‑M2/1‑23 (MQ=255) aaCTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGctgctgagttgtggctggtgatcgtcgatgcctcggcttcaacccggcgccatcaggcgctggcgca < 1:671313‑M2/90‑68 (MQ=255) aCTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGctgctgagttgtggctggtgatcgtcgatgcctcggcttcaacccggcgccatcaggcgctggcg > 1:1068405‑M2/1‑22 (MQ=255) aCTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGctgctgagttgtggctggtgatcgtcgatgcctcggcttcaacccggcgccatcaggcgctggcg < 2:1068405‑M2/87‑66 (MQ=255) tCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCAGCCAGGCTACCCGGCCGGCCGCCG‑CATTTCGCACGAGGCCACGGCGGGTACCGTTCTGCTTGCCTATGCCCGct > 2:1201725/1‑150 (MQ=255) agcagGCCTGCCTTGGCGctgctgagttgtggctggtgatcgtcgatgcctcggcttcaacccggcgccatcaggcgctggcgcagaccaaagggctgctggcggcgttgttcgaccaagcctatcgacaacgcgcccgcctggccctgc < 1:1116259‑M2/150‑133 (MQ=255) agcagGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTGGGCAGCCA‑GAGATCGGAAGAGCCCACGTCTGTTCGCACGAGGCCACGGCGGGTACCGTTCTGCTTGCCTATGCCCGctct > 1:1032894/1‑150 (MQ=255) gcagcgccaaggcaggcctgctgcgttgtggccggtgatcgtcgctgcctcggcttcaacccggcgccatcaggcactggagcagaccaaagggctgtttccagctctatgcgacgaagcctatcgacaacgcgcccgcctggccctgct < 1:1315737‑M1/150‑147 (MQ=255) gcagGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCAGCCAGGCTACCCGGCCGGCCGCCG‑CATTTCGCACGAGGCCACGGCGGGTACCGTTCTGCTTGCCTATGCCCGCTCTg < 1:909743/150‑1 (MQ=255) agcgccaaggcaggcctgctgagttgtggctggtgatcgtcgatgcctcggcttcaacccggcgccatcaggcgctggcgcagaccaaagggctgctggcggcgttgttcgaccaagcctatcgacaacgcgcccgcctggccctgctga < 1:1405086‑M1/150‑149 (MQ=255) | CCGCTGGCAGTCAGCAGGGCCAGGCGGGCGCGTTGTCGATAGGCTTGGTCGAACAACGCCGCCAGCAGCCCTTTGGTCTGCGCCAGCGCCTGATGGCGCCGGGTTGAAGCCGAGGCATCGACGATCACCAGCCACAACTCAGCAGGCCTGCCTTGGCGCTGCTGCCAGC‑ACAGGTCCTGTCGCTGGCGTGGCCGTCCTTTGAGCAAGGTCGGCAGCCAGGCTACCCGGCCGGCCGCCG‑CATTTCGCACGAGGCCACGGCGGGTACCGTTCTGCTTGCCTATGCCCGCTCTG > NC_002947/3975573‑3975863 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |