| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5350525 = | 38 (0.720) | 12 (0.240) | 12/234 | NT | 22.4% | intergenic (+14/+68) | PP_4704/PP_4705 | hypothetical protein/glyoxalase |
| ? | NC_002947 | 5350566 = | 47 (0.940) | intergenic (+55/+27) | PP_4704/PP_4705 | hypothetical protein/glyoxalase | |||||
GCCAGCAGCATCAAGGACTATCTGGTCGACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTGGAAGCTG > NC_002947/5350377‑5350674 | cttgctcgaccggtcgttcaaccatggtgacggcgcacgcagcttccacctgctggacccggccgggaacaaggttcaaccgctgtatcacccggcggtgtcggggcagcggttggtttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacgc < 2:66760‑M1/2‑1 (MQ=255)cttgctcgaccggccgttcaaccatggtgacggcgcacgcagcttccacctgctggacccggccgggaacaaggttcaaccgctgtatcacccggcggtgtcggggcagcggttggtttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacgc < 2:33114‑M1/2‑1 (MQ=255) ttgctcgaccggccgttcaaccatggtgacggcgcacgcagcttccacctgctggacccggccgggaacaaggttcaaccgctgtatcacccggcggtgtcggggccgcggttggtttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacgcc > 2:1155530‑M1/148‑150 (MQ=255) ttgctcgaccggccgttcaaccatggtgacggcgcacgcagcttccacctgctggacccggccgggaacaaggttcaaccgctgtatcacccggcggtgtcggggcagcggttggtttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacgcc > 1:65291‑M1/148‑150 (MQ=255) cagcagCATCAAGGACTATCTGGTCGACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGgccc > 1:606593/1‑150 (MQ=255) tCAAGGACTATCTGGTCGACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCcac > 1:1210988/1‑150 (MQ=255) cTATCTGGTCGACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑Tg < 1:621545/150‑1 (MQ=255) gTCGACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTa > 2:1323889/1‑150 (MQ=255) ggtgacggcgcacgcagcttccacctgctggacccggccgggaacaaggttcaaccgctgtatcacccggcggtgtcggggcagcggttggtttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTAc > 2:731697‑M1/124‑150 (MQ=255) gACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGc > 2:587981/1‑137 (MQ=255) gACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGc < 1:587981/137‑1 (MQ=255) aaGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCtgtg > 2:861421/1‑150 (MQ=255) aGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTgg < 1:125165/150‑1 (MQ=255) cgcacgcagcttccacctgctggacccggccgggaacaaggttcaaccgctgtatcacccggcggtgtcggggcagcggttggtttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGa > 2:1249711‑M1/116‑150 (MQ=255) cAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGc < 1:659021/150‑1 (MQ=255) aaGCTTGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCg < 1:340934/150‑1 (MQ=255) ggAAGTCGACTAGGTGTACTTCATTGATACTAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGAGATGACCGGGTAGTGTCACCGATGTGCCTGGATACAGAGTCATCCCCTCTGGCGGGACAGCCCCGCGAGGC‑C‑TGCGCGCTATCTGTGGGAGGGGGCGt > 2:681911/1‑150 (MQ=255) gcttccacctgctggacccggccgggaacaaggttcaaccgctgtatcacccggcggtgtcggggcagcggttggtttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGt > 2:782840‑M1/108‑150 (MQ=255) tgtACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGc < 1:1323889/150‑1 (MQ=255) tACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCa > 1:762406/1‑150 (MQ=255) ccggccgggaacaaggttcaaccgctgtatcacccggcggtgtcggggcagcggttggtttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCtgtg < 2:363118‑M1/32‑1 (MQ=255) ccggccgggaacaaggttcaaccgctgtatcacccggcggtgtcggggcagcggttggtttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCtgtg > 1:363118‑M1/91‑122 (MQ=255) gccgggaacaaggttcaaccgctgtatcacccggcggtgtcggggcagcggttggtttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTgg < 1:451920‑M1/33‑1 (MQ=255) gccgggaacaaggttcaaccgctgtatcacccggcggtgtcggggcagcggttggtttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTgg > 2:451920‑M1/88‑120 (MQ=255) aTCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACgg > 2:1396755/1‑150 (MQ=255) tCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGc < 2:180035/100‑1 (MQ=255) tCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGc > 1:180035/1‑100 (MQ=255) tCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACggg > 1:1344005/1‑150 (MQ=255) tCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACggg < 2:606593/150‑1 (MQ=255) gCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCCCTGcc > 1:141852/1‑150 (MQ=255) cTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGcccc > 2:1254468/1‑150 (MQ=255) tCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTTGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCg > 1:336708/1‑150 (MQ=255) cAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGa < 1:1254468/150‑1 (MQ=255) acccggcggtgtcggggcagcggttgttttgaagcccgtgctggcctcttcgcgggcacGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCa > 2:903558‑M1/60‑118 (MQ=255) aTGGCCGGGTTGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACAccgcc > 1:1265637/1‑150 (MQ=255) ccGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTCAGCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGt < 2:336708/150‑1 (MQ=255) cacCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCAAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGt < 2:346893/150‑1 (MQ=255) acCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGtt > 1:33114/1‑150 (MQ=255) aTGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAAc < 1:8298/150‑1 (MQ=255) aTGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAAc < 2:1344005/150‑1 (MQ=255) cTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGtt > 2:618929/1‑150 (MQ=255) cTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGtt < 2:762406/150‑1 (MQ=255) cTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGtt > 1:992257/1‑150 (MQ=255) cGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCccggccg > 2:124273/1‑150 (MQ=255) cGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCccggccg < 2:1210988/150‑1 (MQ=255) tggcctcttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGT‑AGTGCGCAGG‑CCTGTGGGGGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGt > 1:903558‑M1/19‑118 (MQ=255) tCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCt > 1:1149929/1‑95 (MQ=255) tCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCt < 2:1149929/95‑1 (MQ=255) cccTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCcagca > 2:1215650/1‑150 (MQ=255) cccTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCcagca > 1:217633/1‑150 (MQ=255) ccTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCcagcag > 1:125291/1‑150 (MQ=255) ctctGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAgg > 1:58632/1‑150 (MQ=255) cgggcacGCCCGCTCCCACAGGTAG‑TGCGCAGG‑CCTGTGGGGGCGGGCCTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTg < 2:731720‑M1/143‑1 (MQ=255) gggcacGCCCGCTCCCACAGGT‑AGTGCGCAGG‑CCTGTGGGGGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGt > 2:705306‑M1/7‑139 (MQ=255) gggcacGCCCGCTCCCACAGGT‑AGTGCGCAGG‑CCTGTGGGGGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGt < 1:705306‑M1/133‑1 (MQ=255) cAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCg > 2:1031191/1‑112 (MQ=255) cAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCg < 1:1031191/112‑1 (MQ=255) aGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTGGAAGc > 2:1211884/1‑150 (MQ=255) aGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTGGAAGc > 1:940848/1‑150 (MQ=255) GCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTGGAAGCtg < 1:851214‑M1/150‑1 (MQ=255) | GCCAGCAGCATCAAGGACTATCTGGTCGACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGC‑C‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTGGAAGCTG > NC_002947/5350377‑5350674 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |