New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 653522 = | 76 (1.450) | 6 (0.120) | 6/234 | NT | 7.7% | coding (1224/1962 nt) | ctpL | methyl‑accepting chemotaxis protein CtpL |
? | NC_002947 | 653570 = | 72 (1.440) | coding (1176/1962 nt) | ctpL | methyl‑accepting chemotaxis protein CtpL |
CCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTGGTCTTGCCCAGGGCGATGGCTTGGGCGAA > NC_002947/653421‑653716 | ccGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGcc > 2:368536/1‑150 (MQ=255) cGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCa < 2:1048775/150‑1 (MQ=255) atccaggagtcgctcaaccgcctgcgtcagtacctggtggagctggtcggcaccatccgtcataatgccgagcaggtggccggcagcagccatgccctgGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAg > 2:1035312‑M1/100‑150 (MQ=255) tCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAgggga > 1:1091181/1‑148 (MQ=255) gcgGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATg < 1:548853/150‑1 (MQ=255) cgGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATgg < 1:1109917/150‑1 (MQ=255) ccTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCtgctgc > 1:502997/1‑150 (MQ=255) tCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCTAGATCGCCCAAGGCATCGCGAATCTGTCCGCTATCGCCCGCCTTTCGCTCGGCCCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCg > 2:130114/1‑150 (MQ=255) tCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCg > 2:1251142/1‑150 (MQ=255) gcTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTc < 1:368536/150‑1 (MQ=255) gcTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCCCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATCGCTGCTGCCCGCCTCCTGCTc < 2:55228/150‑1 (MQ=255) ggCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTc > 1:1323269/1‑147 (MQ=255) ggCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTc < 2:1323269/147‑1 (MQ=255) 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< 1:130114/150‑1 (MQ=255) cTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGa > 2:1103612/1‑80 (MQ=255) cTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGa < 1:1103612/80‑1 (MQ=255) cgccgcCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTgg > 1:16999/1‑150 (MQ=255) cgTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTGGTCTTGc < 2:502997/150‑1 (MQ=255) gcagcgcagcGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTGGTCTTGCCCa > 2:1135311/1‑150 (MQ=255) gcgcagcgcTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTGGTCTTGCCCAggg < 1:1219993/150‑1 (MQ=255) cagcgcTCATGCCGGCCAGGGCATGGTTGCGGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTGGTCTTGCCCAGGGCGa < 1:361925/150‑1 (MQ=255) cagcgcTCATGCCGGCCAGGGCATGCCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGTATTATGACGGATGGTGCAGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTGCGCGGTTGGTCTTGCCCAGGGCGa < 1:823877/150‑1 (MQ=255) agcgcTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTGGTCTTGCCCAGGGCGAt > 1:380851/1‑150 (MQ=255) gccggcCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTGGTCTTGCCCAGGGCGATGGCTTGGGc < 1:102742‑M2/144‑1 (MQ=255) ccggcCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTGGTCTTGCCCAGGGCGATGGCTTGGGCg < 2:343871‑M2/145‑1 (MQ=255) ggcCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTGGTCTTGCCCAGGGCGATGGCTTGGGCGaa < 2:154294‑M2/147‑1 (MQ=255) | CCGGCATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTGGTCTTGCCCAGGGCGATGGCTTGGGCGAA > NC_002947/653421‑653716 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |