New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1561261 | 61 (1.160) | 4 (0.080) | 4/236 | NT | 6.5% | coding (872/1875 nt) | pctA | methyl‑accepting chemotaxis protein PctA |
? | NC_002947 | = 1561282 | 56 (1.110) | coding (851/1875 nt) | pctA | methyl‑accepting chemotaxis protein PctA |
GTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCCTTGTCCACCGACAGGCCGATGTACCAGTTCGCCGACGGCAGGCCGGTAATCGGGCTGAAGGTCAGCAGGCGGGTC > NC_002947/1561134‑1561431 | gTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGAt > 1:498279‑M2/1‑149 (MQ=255) ggACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATcacca < 2:1292000/150‑1 (MQ=255) cacCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGCGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTg < 2:596122/150‑1 (MQ=255) acCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGc > 1:1128571/1‑150 (MQ=255) acCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGc > 1:695127/1‑150 (MQ=255) ccGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGcc > 2:712323/1‑150 (MQ=255) ccGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTATTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGcc > 1:369569/1‑150 (MQ=255) aTTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTa < 1:712323/150‑1 (MQ=255) gtcgtGGCTGTGGATGTGCAGGTGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTTATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGt < 2:409364/150‑1 (MQ=255) cTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGc < 2:522884/146‑1 (MQ=255) cTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGc > 1:522884/1‑146 (MQ=255) tgtgGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACCCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGACCa > 2:321992/1‑150 (MQ=255) tgCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCagag < 1:1201426/150‑1 (MQ=255) cAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGt < 1:1079952/150‑1 (MQ=255) gcTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGa < 2:224329/150‑1 (MQ=255) cTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGaa < 2:597846/150‑1 (MQ=255) tGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAgg < 1:184742/150‑1 (MQ=255) ggTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGCTCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGt < 2:695127/150‑1 (MQ=255) gTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAg > 2:402507/1‑150 (MQ=255) cccTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGTATCAGCAGGCCCTCCAGGACGATCTTGATCACCAGCAGGACGAGCCTTGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATc < 1:387336/150‑1 (MQ=255) cccTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATc < 2:935696/150‑1 (MQ=255) cccTCACCTTCGGCGATGTATTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATc < 2:369569/150‑1 (MQ=255) ccTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCg > 2:723747/1‑150 (MQ=255) ccTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCg > 1:211218/1‑150 (MQ=255) ccTTTGGCGATGTCTTCCATGGCGCGCGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACCCGCGGCTCAGCAAGCCGAGCACGCCGATGATGATTACCACCGCCACTACCGTCGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGCGAAg < 2:712608/150‑1 (MQ=255) cTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAgg > 2:142952/1‑150 (MQ=255) gATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGTTGCTGAGCATCGAGAAGGccttgtc < 2:874071/150‑1 (MQ=255) tGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAATGctttgcctt < 2:1380635/150‑5 (MQ=255) ttCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCcttgtccttgtc > 2:1011661/1‑150 (MQ=255) ccATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCCTTGTCCa > 2:1361970/1‑150 (MQ=255) ggCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCCTTGTCCACCGa < 1:402507/150‑1 (MQ=255) gcgGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAgg > 2:892680/1‑128 (MQ=255) gcgGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAgg < 1:892680/128‑1 (MQ=255) gTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGaa < 2:544035/104‑1 (MQ=255) gTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGaa > 1:544035/1‑104 (MQ=255) tCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTgg > 1:1050969/1‑81 (MQ=255) tCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTgg < 2:1050969/81‑1 (MQ=255) tGGAGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTCCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAACGCCTTGTCCTTGTCCACCGACAGGCCGATGt > 2:254284/1‑150 (MQ=255) tgtgCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGccttgtcc < 2:1357274/125‑1 (MQ=255) tgtgCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGccttgtcc > 1:1357274/1‑125 (MQ=255) gTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCCTTGTCCACCGACAGGCCGATGTACCAGTTCGCCg > 1:1035346/1‑150 (MQ=255) aTCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCCTTGTCCACCGACAGGCCGATGTACCAGTTCGCCGACGGc > 2:978179/1‑150 (MQ=255) tCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCCTTGTCCACCGACAGGCCGATGTACCAGTTCGCCGACGGCa > 2:869868/1‑150 (MQ=255) aaCACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGAtgatccgcgtgtcgatgcaaccgctgcacaccatgacccgcgccatggaagacatcgccgaaggtgagggcgacctgaccaagcgcctgcacatccacagccacgacgaattcggt < 1:847314‑M2/150‑117 (MQ=255) acacGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCCTTGTCCACCGACAGGCCGATGTACCAGTTCGCCGACGGCAGGc < 2:211218/150‑1 (MQ=255) acGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGccttgtcc > 2:187829/1‑105 (MQ=255) acGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGccttgtcc < 1:187829/105‑1 (MQ=255) acGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCCTTGTCCACCGACAGGCCGATGTACCCGTTCGCCGACGGCAGGCCg > 2:213063/1‑150 (MQ=255) ggATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCCTTGTCCACCGACAGGCCGATGTACCAGTTCGCCGACGGCAGGCCGGTaa < 1:929022/150‑1 (MQ=255) ggATCAACAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCCTTGTCCACCGACAGGCCGATGTACCAGTTCGCCGACGGCAGGCCGGTaa > 2:414565/1‑150 (MQ=255) gATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGAtgatccgcgtgttgatgcaaccgctgcacaccatgacccgcgccatggaagacatcgccgaaggtgagggcgacctgaccaagcgcctgcacatccacagccacgacgaattcggtgtcctcgg < 2:1209368‑M2/150‑125 (MQ=255) tCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCCTTGTCCACCGACAGGCCGATGTACCAGTTCGCCGACGGCAGGCCGGTAATCg < 2:396008/150‑1 (MQ=255) agcaggccgagcaggccgATGAtgatccgcgtgttgatgcaaccgctgcacaccatgacccgcgccatggaagacatcgccgaaggtgagggcgacctgaccaagcgc < 2:48009‑M2/108‑87 (MQ=255) agcaggccgagcaggccgATGAtgatccgcgtgttgatgcaaccgctgcacaccatgacccgcgccatggaagacatcgccgaaggtgagggcgacctgaccaagcgc > 1:48009‑M2/1‑22 (MQ=255) gcaggccgagcaggccgaTGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCCCCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCGTTGTCCACCGACAGGCCGATGTACCAGTTCGCCGACGGCAGGCCGGTCATCGGGc > 2:411551/1‑150 (MQ=255) gcaggccgagcaggccgaTGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAg > 2:1030319/1‑86 (MQ=255) gcaggccgagcaggccgaTGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAg < 1:1030319/86‑1 (MQ=255) ggccgagcaggccgaTGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCCTTGTCCACCGACAGGCCGATGTACCAGTTCGCCGACGGCAGGCCGGTAATCGGGCTGa < 2:1128571/150‑1 (MQ=255) gccgagcaggccgaTGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCCTTGTCCACCGACAGGCCGATGTACCAGTTCGCCGACGGCAGGCCGGTAATCGGGCTGaa > 1:465876/1‑150 (MQ=255) gccgagcaggccgaTGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCCTTGTCCACCGACAGGCCGATGTACCAGTTCGCCGACGGCAGGCCGGTAATCGGGCTGaa < 1:869868/150‑1 (MQ=255) ccgagcaggccgaTGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCCTTGTCCACCGACAGGCCGATGTACCAGTTCGCCGACGGCAGGCCGGTAATCGGGCTGAAg < 1:155545/150‑1 (MQ=255) ccgagcaggccgaTGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCCTTGTCCACCGACAGGCCGATGTACCAGTTCGCCGACGGCAGGCCGGTAATCGGGCTGAAg < 2:465876/150‑1 (MQ=255) atgatgatCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCCTTGTCCACCGACAGGCCGATGTACCAGTTCGCCGACGGCAGGCCGGTAATCGGGCTGAAGGTCAGCAGGCgg < 1:1361970/150‑1 (MQ=255) atgatCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCCTTGTCCACCGACAGGCCGATGTACCAGTTCGCCGACGGCAGGCCGGTAATCGGGCTGAAGGTCAGCAGGCGGGTc > 1:892103/1‑150 (MQ=255) | GTTGCCGAGGACACCGAATTCGTCGTGGCTGTGGATGTGCAGGCGCTTGGTCAGGTCGCCCTCACCTTCGGCGATGTCTTCCATGGCGCGGGTCATGGTGTGCAGCGGTTGCATCAACACGCGGATCAGCAGGCCGAGCAGGCCGATGATGATCACCACTGCCACTACCGTGGCGATCACCGCAGAGGTGCGGAAGGTGCTGAGCATCGAGAAGGCCTTGTCCTTGTCCACCGACAGGCCGATGTACCAGTTCGCCGACGGCAGGCCGGTAATCGGGCTGAAGGTCAGCAGGCGGGTC > NC_002947/1561134‑1561431 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |