New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1899274 | 56 (1.070) | 9 (0.200) | 6/216 | NT | 15.9% | intergenic (+302/‑218) | PP_t18/PP_1703 | tRNA‑Asp/assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase |
? | NC_002947 | = 1899304 | 46 (1.000) | intergenic (+332/‑188) | PP_t18/PP_1703 | tRNA‑Asp/assimilatory nitrate reductase/sulfite reductase |
GAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAGGCGCCGTGTTGCCCCGCTTGCATCAGCATGCCGGGGC > NC_002947/1899160‑1899453 | gAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCcctgt > 1:490721‑M2/1‑145 (MQ=255) cgcctttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggcagatcagcaatttatgggccagctataccggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCtgt > 2:406547‑M1/101‑150 (MQ=255) cgcctttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggcccttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCtgtg > 1:187775‑M1/100‑150 (MQ=255) cctttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggcctcttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTgg > 1:1153826‑M1/99‑150 (MQ=255) cctttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTgg > 2:1119965‑M1/99‑150 (MQ=255) cctttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTgg > 2:1001149‑M1/99‑150 (MQ=255) cctttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTgg > 2:308284‑M1/99‑150 (MQ=255) ctttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTggg > 2:1421273‑M1/98‑150 (MQ=255) tttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggcctcttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGa > 2:505496‑M1/97‑150 (MQ=255) tttgtcgtgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGa > 2:855685‑M1/97‑150 (MQ=255) tGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCcctgtgggagcgg > 2:1257618‑M2/1‑137 (MQ=255) tgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTgg < 1:106841‑M1/52‑1 (MQ=255) tgaagtggtgagggctgtcgacgttgacagcccgggatgaggtagatcagcaatttatgggccagctataccggccctttcgcgggcatGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTgg > 2:106841‑M1/90‑141 (MQ=255) tGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGc < 2:958911/150‑1 (MQ=255) tGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGc < 2:1099405/150‑1 (MQ=255) tGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGc > 2:150691/1‑150 (MQ=255) tGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCcctgtg < 2:1216909‑M2/134‑7 (MQ=255) tGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCcctgtg > 1:1216909‑M2/1‑128 (MQ=255) ttGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAg < 1:1110947/150‑1 (MQ=255) gatctcAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGACA‑TGAATGGGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAgg < 1:1143163/145‑1 (MQ=38) cccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGcc > 1:781260/1‑150 (MQ=255) cccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGcc > 2:1391905/1‑150 (MQ=255) ccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGTTATCcctgtgggagcg < 1:680413‑M2/129‑13 (MQ=255) ccAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGTTATCcctgtgggagcg > 2:680413‑M2/1‑117 (MQ=255) cAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCcctgt > 2:1349430‑M2/1‑116 (MQ=255) cAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCg < 1:808435/149‑1 (MQ=255) cAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCg > 2:808435/1‑149 (MQ=255) cAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCAACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCcctgt < 1:1349430‑M2/121‑6 (MQ=255) aGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCCT‑GCCGCGTAGCCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGt < 2:1403982/150‑1 (MQ=255) aGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGTAGCGGGCATTCCCGCTAAAgggagatc > 2:1143163/1‑145 (MQ=39) gCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGta > 1:516764/1‑150 (MQ=255) gcCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTgg < 2:628427/150‑1 (MQ=255) cTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCcctgtgg < 1:254176‑M2/112‑8 (MQ=255) cTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCcctgtgg > 2:254176‑M2/1‑105 (MQ=255) tGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGccc > 2:428168/1‑150 (MQ=255) gggAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGc < 1:502939/122‑1 (MQ=255) gggAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGc > 2:502939/1‑122 (MQ=255) gAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑TGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCACGCTCCCACAGGTACTTCCCCGCCCTCAGGCCTTGCAATATCACTGTGTTAGCGGGAATGCCCGCGAAAGGGACCGTGTAGCTGACCCATa > 2:346656/1‑150 (MQ=255) gCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCGCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATaaa < 1:139303/150‑1 (MQ=255) tGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTg > 1:1353443/1‑150 (MQ=255) gAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGaaa < 1:818213/122‑1 (MQ=255) 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CCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAgg < 1:412811‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAgg < 1:57793‑M1/150‑1 (MQ=255) aGGTGCTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggcctgcacaggttacgcaccatgcggtggcaacctcatgctcccaggcgctttgctggggcaatttccagcatgagcactgccctccc < 2:1232875‑M2/150‑118 (MQ=255) AGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAAc > 2:1246335‑M1/1‑115 (MQ=255) AGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAAc < 1:1246335‑M1/115‑1 (MQ=255) cTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAGGCGCCGTGtt > 2:93056/1‑150 (MQ=255) gccgccCTCAGGCCTTGCGATATCcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggcctgcacaggttacgcaccatgcggtggcaacctcatgctcccaggcgctttgctggggcaatttccagcatgagcactgccctcccatgtcccag > 2:1197924‑M2/1‑24 (MQ=255) gccgccCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAGGCGCCGTGTTGccc > 1:1239510/1‑150 (MQ=255) ccTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAGGCGCCGTGTTGCCCCGCtt < 2:781260/150‑1 (MQ=255) cTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAGGCGCCGTGTTGCCCCGCTTg > 2:368548/1‑150 (MQ=255) aGGCGTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCGACGTCGACAGCCCTCACCACTTCGCGACAAAGGCGCCGTGTTGCCCCGCTTGCac > 2:94844/1‑149 (MQ=255) atatCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAGGCGCCGTGTTGCCCCGCTTGCATCAGCATGCCg < 1:1281238/150‑1 (MQ=255) cccTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAGGCGCCGtgttgccccggcatgctgatgcaagcggggc < 2:1353443‑M1/150‑32 (MQ=255) | GAGGGCAGTGCTCATGCTGGAAATTGCCCCAGCAAAGCGCCTGGGAGCATGAGGTTGCCACCGCAT‑GGTGCGTAACCTGTGCAGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCCGCCCTCAGGCCTTGCGATATCCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTATAGCTGGCCCATAAATTGCTGATCTACCTCATCCCGGGCTGTCAACGTCGACAGCCCTCACCACTTCACGACAAAGGCGCCGTGTTGCCCCGCTTGCATCAGCATGCCGGGGC > NC_002947/1899160‑1899453 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |