New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2660074 = | 50 (0.950) | 5 (0.100) | 4/228 | NT | 9.7% | coding (305/1536 nt) | PP_2331 | membrane protein |
? | NC_002947 | 2660112 = | 47 (0.970) | coding (267/1536 nt) | PP_2331 | membrane protein |
CCAGGCTGTCACGGAAGGTCGGGCCTTTGACCTTGGTCTTCTCGTTGCTGTAGCGCTTGGTCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCGGTTCAGCGGTGGCACGAACATCTGCACCTTGACCGGGTCCTTGCTGCTGGCCACGAACTCGACCTTGGCGTCGATGTTCCACAGGTC > NC_002947/2659970‑2660258 | ccAGGCTGTCACGGAAGGTCGGGCCTTTGACCTTGGTCTTCTCGTTGCTGTAGCGCTTGGTCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATgt > 2:507055/1‑149 (MQ=255) cAGGCTGTCACGGAAGGTCGGGCCTTTGACCTTGGTCTTCTCGTTGCTGTAGCGCTTGGTCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCt > 2:175594/1‑150 (MQ=255) cAGGCTGTCACGGAAGGTCGGGCCTTTGACCTTGGTCTTCTCGTTGCTGTAGCGCTTGGTCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCt > 1:718714/1‑150 (MQ=255) ggCTGTCACGGAAGGTCGGGCCTTTGACCTTGGTCTTCTCGTTGCTGTAGCGCTTGGTCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGa < 1:175594/150‑1 (MQ=255) tGTCACGGAAGGTCGGGCCTTTGACCTTGGTCTTCTCGTTGCTGTAGCGCTTGGTCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGAccc > 2:107158/1‑150 (MQ=255) cACGGAAGGTCGGGCCTTTGACCTTGGTCTTCTCGTTGCTGTAGCGCTTGGTCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGt < 2:626930/150‑1 (MQ=255) gAAGGTCGGGCCTTTGACCTTGGTCTTCTCGTTGCTGTAGCGCTTGGTCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAgtt > 1:1373134/1‑150 (MQ=255) gTCGGGCCTTTGACCTTGGTCTTCTCGTTGCTGTAGCGCTTGGTCCGTACCAGGCTGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCCAAACGCGAACGGTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGttgttg < 1:748496/150‑1 (MQ=255) gTCGGGCCTTTGACCTTGGTCTTCTCGTTGCTGTAGCGCTTGGTCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGttgttg < 1:1382530/150‑1 (MQ=255) ggCCTTTGACCTTGGTCTTCTCGTTGCTGTAGCGCTTGGTCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGgaga < 2:703667/150‑1 (MQ=255) cTTTGACCTTGGTCTTCTCGTTGCTGTAGCGCTTGGTCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGa > 2:1093997/1‑150 (MQ=255) aCCTTGGTCTTCTCGTTGCTGTAGCGCTTGGTCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGctc > 2:134981/1‑150 (MQ=255) ttctCGTTGCTGTAGCGCTTGGTCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGga > 2:910082/1‑131 (MQ=255) ttctCGTTGCTGTAGCGCTTGGTCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGga < 1:910082/131‑1 (MQ=255) gTTGCTGTAGCGCTTGGTCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGga > 2:273321/1‑126 (MQ=255) gTTGCTGTAGCGCTTGGTCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGga < 1:273321/126‑1 (MQ=255) gcgggaGCGTTTGGTCCGTCCCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACTGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTCGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTa < 2:197809/145‑1 (MQ=255) tGTAGCGCTTGGTCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGgaga > 1:1131988/1‑123 (MQ=255) tGTAGCGCTTGGTCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGgaga < 2:1131988/123‑1 (MQ=255) tCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTgg > 1:705656/1‑108 (MQ=255) tCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTgg < 2:705656/108‑1 (MQ=255) tCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGga > 2:1207465/1‑109 (MQ=255) tCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGga < 1:1207465/109‑1 (MQ=255) tACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCGGTTCAGCGGTgg < 2:718714/150‑1 (MQ=255) cAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAgttgt > 2:1135727/1‑98 (MQ=255) cAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAgttgt < 1:1135727/98‑1 (MQ=255) cAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAg < 2:1004904/109‑1 (MQ=255) cAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAg > 1:1004904/1‑109 (MQ=255) agtagAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCGGTTCAGCGGTGGCACGAACATCt < 2:353801/150‑1 (MQ=255) agagGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATg > 1:1384096/1‑95 (MQ=255) agagGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATg < 2:1384096/95‑1 (MQ=255) agagGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCGGTTCAGCGGTGGCACGAACATCTGCa > 2:478637/1‑150 (MQ=255) gagGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCGGTTCAGCGGTGGCACGAACAt < 1:1333135/144‑1 (MQ=255) gagGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCGGTTCAGCGGTGGCACGAACAt > 2:1333135/1‑144 (MQ=255) ggTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAg < 1:973254/105‑1 (MQ=255) ggTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAg > 2:973254/1‑105 (MQ=255) tGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCGGTTCAGCGGTGGCACGAACATCTGCACCTTGAcc < 1:134981/150‑1 (MQ=255) gTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCtctc > 2:135173/1‑93 (MQ=255) gTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCtctc < 1:135173/93‑1 (MQ=255) cACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTcg > 1:1229319/1‑107 (MQ=255) cACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTcg < 2:1229319/107‑1 (MQ=255) CGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGTTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCGGTTCAGCGGTGGCACGAACATCTGCACCTTGACCGGGTCCTTGCTGCTGGCCACGaa > 1:507055‑M1/1‑150 (MQ=255) gacggcaaccgcaaggttacctggtcggcacgGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCgg < 1:1158643‑M2/61‑1 (MQ=255) gacggcaaccgcaaggttacctggtcggcacgGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCgg > 2:1158643‑M2/33‑93 (MQ=255) gacggcaaccgcaaggttacctggtcggcacgGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCGGTTCAGCGGTGGCACGAACATCTGCACCTTGACCGGGTCCTTGCTGCTGGCCACGAAc > 1:988166‑M2/33‑150 (MQ=255) acggcaaccgcaaggttacctggtcggcacgGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTcgc > 1:430123‑M2/32‑90 (MQ=255) acggcaaccgcaaggttacctggtcggcacgGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTcgc < 2:430123‑M2/59‑1 (MQ=255) ACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCGGTTCAGCGGTGGCACGAACATCTGCACCTTGACCGGGTCCTTGCTGCTGGCCACGAACt < 1:451989‑M1/150‑1 (MQ=255) aaCCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCGGTTCAGCGGTGGCACGAACATCTGCACCTTGACCGGGTCCTTGCTGCTGGCCACGAACTCGACCtt < 2:451989/150‑1 (MQ=255) aCCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCGGTTCAGCGGTGGCACGAACATCTGCACCTTGACCGGGTCCTTGCTGCTGGCCACGAACTCGACCTTg > 1:52997/1‑150 (MQ=255) cTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGACACTCTCGTTGAGGCTGCCAATATCGGGTTGCAGCGGTGGCACGAACATCTGCACCTTGACCGGGTCCTTGCTGCTGGCCACGAACTCGACCTTGGc > 1:173517/1‑150 (MQ=255) cTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCGGTTCAGCGGTGGCACGAACATCTGCACCTTGACCGGGTCCTTGCTGCTGGCCACGAACTCGACCTTGGc > 2:603596/1‑150 (MQ=255) ttGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCGGTTCAGCGGTGGCACGAACATCTGCACCTTGACCGGGTCCTTGCTGCTGGCCACGAACTCGACCTTGGCg > 2:776503/1‑150 (MQ=255) tGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGAAGTAGGCGCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCGGTTCAGCGGTGGCACGAACATCTGCACCTTGACCGGGTCCTTGCTGCTGGCGACGAACTCGACCTTGGCGt > 1:748758/1‑150 (MQ=255) ttGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCGGTTCAGCGGTGGCACGAACATCTGCACCTTGACCGGGTCCTTGCTGCTGGCCACGAACTCGACCTTGGCGTCGATg > 2:1201594/1‑150 (MQ=255) cacgGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGACGTTGACGTAGTCGCGGTTCAGCGGTGGCACGAACATCTGCACCTTGACCGGGTCCTTGCTGCTGGCCACGAACTCGACCTTGGCGTCGATGTTCCACAGgt < 1:313123‑M2/146‑1 (MQ=255) acgGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCGGTTCAGCGGTGGCACGAACATCTGCACCTTGACCGGGTCCTTGCTGCTGGCCACGAACTCGACCTTGGCGTCGATGTTCCACAGgtc < 1:484227‑M2/147‑1 (MQ=255) | CCAGGCTGTCACGGAAGGTCGGGCCTTTGACCTTGGTCTTCTCGTTGCTGTAGCGCTTGGTCAGTACCAGGCGGTAGTAGAGGGTCTGGTTGCCACTGGCGCGACGTGCCGACCAGGTAACCTTGCGGTTGCCGTCGGCACGGTTGATGCTGACCCCGTAGTTGTTGGAGATGAAGCTCTCGTTGAGGCTGACGTAGTCGCGGTTCAGCGGTGGCACGAACATCTGCACCTTGACCGGGTCCTTGCTGCTGGCCACGAACTCGACCTTGGCGTCGATGTTCCACAGGTC > NC_002947/2659970‑2660258 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |