| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 2813357 = | 48 (0.910) | 7 (0.140) | 5/234 | NT | 13.8% | coding (499/1017 nt) | pheS | phenylalanine‑‑tRNA ligase subunit alpha |
| ? | NC_002947 | 2813386 = | 42 (0.840) | coding (528/1017 nt) | pheS | phenylalanine‑‑tRNA ligase subunit alpha | |||||
TTGCCGAAGGCCCAGAAGTGGAAGACGACTACCACAACTTCGAAGCGCTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGTCGAAGGCCTGCTGATCGATCGCGATATCAACTTCGCCGACCTCAAGGGCA > NC_002947/2813238‑2813534 | ttGCCGAAGGCCCAGAAGTGGAAGACGACTACCACAACTTCGAAGCGCTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGa < 2:918376/150‑1 (MQ=255) gCCGAAGGCCCAGAAGTGGAAGACGACTACCACAACTTCGAAGCGCTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGAcc > 1:297715/1‑150 (MQ=255) aGGCCCAGAAGTGGAAGACGACTACCACAACTTCGAAGCGCTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCCCACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGa < 1:260868/150‑1 (MQ=255) aGGCCCAGAAGTGGAAGACGACTACCACAACTTCGAAGCGCTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGa < 2:839924/150‑1 (MQ=255) aGGCCCAGAAGTGGAAGACGACTACCACAACTTCGAAGCGCTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGa < 1:400412/150‑1 (MQ=255) cAGAAGTGGAAGACGACTACCACAACTTCGAAGCGCTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCa < 1:1057061/150‑1 (MQ=255) aGAAGTGGAAGACGACTACCACAACTTCGAAGCGCTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCAc < 2:297715/150‑1 (MQ=255) aGAAGTGGAAGACGACTACCACAACTTCGAAGCGCTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCAACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCAc < 1:533542/150‑1 (MQ=255) gAAGTGGAAGACGACTACCACAACTTCGAAGCGCTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGa < 2:1257033/143‑1 (MQ=255) gAAGTGGAAGACGACTACCACAACTTCGAAGCGCTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGa > 1:1257033/1‑143 (MQ=255) acgacTACCACAACTTCGAAGCGCTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGTCACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCa < 1:953416/150‑1 (MQ=255) ccACAACTTCGAAGCGCTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATgg > 1:1183648/1‑125 (MQ=255) ccACAACTTCGAAGCGCTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATgg < 2:1183648/125‑1 (MQ=255) ccACAACTTCGAAGCGCTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCAt > 1:994246/1‑150 (MQ=255) cTTCGAAGCGCTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATtgtgtg < 2:994246/150‑1 (MQ=255) tCGAAGCGCTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGa < 2:1181260/111‑1 (MQ=255) tCGAAGCGCTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGa > 1:1181260/1‑111 (MQ=255) gcTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCCTGGAGTCCACCCAGACGCCCATTCGCATTGTGTGCGCGGGcag > 2:1359773/1‑148 (MQ=255) cTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCcgc < 2:785645/150‑1 (MQ=255) tCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCAt > 2:736412/1‑133 (MQ=255) tCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCAt < 1:736412/133‑1 (MQ=255) tGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTg > 1:1070332/1‑150 (MQ=255) accaccCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATg < 2:647137/92‑1 (MQ=255) accaccCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATg > 1:647137/1‑92 (MQ=255) caccCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCt < 2:914363/142‑1 (MQ=255) caccCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCt > 1:914363/1‑142 (MQ=255) atacgcggcccgggcacacaatgcgaatgggcggctgggtggactccatggtcCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCAt > 2:12320‑M1/54‑88 (MQ=255) atacgcggcccgggcacacaatgcgaatgggcggctgggtggactccatggtcCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCAt < 1:12320‑M1/35‑1 (MQ=255) ccGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCAcc < 2:502514/96‑1 (MQ=255) ccGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCAcc > 1:502514/1‑96 (MQ=255) gATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTc > 1:1149341/1‑150 (MQ=255) cGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATAc > 1:1285127/1‑118 (MQ=255) cGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATAc < 2:1285127/118‑1 (MQ=255) ttCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCt < 1:188062/115‑1 (MQ=255) ttCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCt > 2:188062/1‑115 (MQ=255) aCTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAgg < 1:213519/150‑1 (MQ=255) cTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCAcc < 1:1342048/127‑1 (MQ=255) cTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCAcc > 2:1342048/1‑127 (MQ=255) attCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGt > 2:20361/2‑150 (MQ=255) aaTGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGTCGaa > 2:715418/1‑150 (MQ=255) aTGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGTCGAAg < 1:2231/150‑1 (MQ=255) gCCAACATGCTGCTGTGCACCGACACCGCTCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGTCGAAGGc < 2:1149341/150‑1 (MQ=255) atggtccgcacctgcaccggcgaggtgtgggtgcgGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGtat > 2:12320‑M2/36‑88 (MQ=255) atggtccgcacctgcaccggcgaggtgtgggtgcgGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGtat < 1:12320‑M2/53‑1 (MQ=255) tgctgcGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGTCGAAGGCCTGCTgatcg > 2:386240/1‑150 (MQ=255) gcacctgcaccggcgaggtgtgggtgcgGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGc < 1:590326‑M2/46‑1 (MQ=255) gcacctgcaccggcgaggtgtgggtgcgGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGc > 2:590326‑M2/29‑74 (MQ=255) gcacctgcaccggcgaggtgtgggtgcgGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGAt > 2:509563‑M2/29‑115 (MQ=255) gcacctgcaccggcgaggtgtgggtgcgGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGAt < 1:509563‑M2/87‑1 (MQ=255) gcacctgcaccggcgaggtgtgggtgcgGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGTCGAAGGCCTGCTGATCGATctcg > 1:7377‑M2/29‑150 (MQ=255) cccACACCTTGCCGATGCAGGTACGAATCTTCGAGGCGAGCAGGCCCCCTTTGCGTATTTTGTGCCCGGGCCGCGTAGACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGTCGAAGGCCTGCTGATCGATCGCGata > 2:1085982/1‑150 (MQ=255) CCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGTCGAAGGCCTGCTgat < 2:1238288‑M1/138‑1 (MQ=255) CCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGTCGAAGGCCTGCTgat > 1:1238288‑M1/1‑138 (MQ=255) CCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGTCGAAGGCCTGCTGATCGATCGCGatat < 1:161372‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGTCGAAGGCCTGCTGATCGAGCGCGatat < 2:1104833‑M1/150‑1 (MQ=255) acacCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGTCGAAGGCctg > 2:793664/1‑131 (MQ=255) acacCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGTCGAAGGCctg < 1:793664/131‑1 (MQ=255) tCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGTCGAAGGCCTGCTGATCGATCGCGATATCAACTTc > 2:164875/1‑150 (MQ=255) gCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGTCGAAGGCCTGCTGATCGATCGCGATATCAACTTCGc > 1:1048151/1‑150 (MQ=255) gCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGTCGAAGGCCTGCTGATCGATCGCGATATCAACTTCGCCGACCt > 2:524571/1‑150 (MQ=255) ggtgcgGACCAGTGAGTCCACCCAGCCGTCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGTCGAAGGCCTGCTGATCGATCGCGATATCAACTTCGCCGACCTCaa < 2:7377‑M2/144‑1 (MQ=255) gGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGTCGAAGGCCTGCTGATCGATCGCGATATCAACTTCGCCGACCTCAAGGGCa < 1:524571‑M2/149‑1 (MQ=255) | TTGCCGAAGGCCCAGAAGTGGAAGACGACTACCACAACTTCGAAGCGCTCAACATCCCTGGCCACCACCCGGCGCGGGCGATGCACGACACCTTCTACTTCAATGCCAACATGCTGCTGCGCACCCACACCTCGCCGGTGCAGGTGCGGACCATGGAGTCCACCCAGCCGCCCATTCGCATTGTGTGCCCGGGCCGCGTATACCGCTGCGACTCGGATATCACCCACTCGCCGATGTTCCACCAGGTCGAAGGCCTGCTGATCGATCGCGATATCAACTTCGCCGACCTCAAGGGCA > NC_002947/2813238‑2813534 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |