New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3478133 = | 46 (0.880) | 3 (0.060) | 3/234 | NT | 6.5% | coding (514/543 nt) | PP_3089 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 3478187 = | 42 (0.840) | coding (460/543 nt) | PP_3089 | hypothetical protein |
GCCGGAAAACCCGGCGCGCTGCGGAACACAGGCCGCCGAAGCGGCCCATGGTTCGGTACGTGCTTAGGCAAACACTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGTCTTCACCACTCTGGTTGCCACCGGCGACAAACTTGACCGAAGAGACCACCACTTCTTCCATGTCGATGG > NC_002947/3478041‑3478324 | gcCGGAAAACCCGGCGCGCTGCGGAACACAGGCCGCCGAAGCGGCCCATGGTTCGGTACGTGCTTAGGCAAAAACTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTa > 1:1219871/1‑150 (MQ=255) ccGGAAAACCCGGCGCGCTGCGGAACACAGGCCGCCGAAGCGGCCCATGGTTCGGTACGTGCTTAGGCAAACACTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAg < 2:640648/150‑1 (MQ=255) aaaaCCCGGCGCGCTGCGGAACACAGGCCGCCGAAGCGGCCCATGGTTCGGTACGTGCTTAGGCAAACACTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAggtgg < 2:692351/150‑1 (MQ=255) cgcTGCGGAACACAGGCCGCCGAAGCGGCCCATGGTTCGGTACGTGCTTAGGCAAACACTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCgg < 1:354242/150‑1 (MQ=255) cgcTGCGGAACACAGGCCGCCGAAGCGGCCCATGGTTCGGTACGTGCTTAGGCAAACACTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCgg < 2:459018/150‑1 (MQ=255) aaCACAGGCCGCCGAAGCGGCCCATGGTTCGGTACGTGCTTAGGCAAACACTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGCCGGTGGTCTTTATGCGGGCAAAGtt < 2:1195408/150‑1 (MQ=255) ggcggtcagcgacctgcccgttgaagaaatcagcttcaactttgcccgcatcaagaccacctacacccagcagaaccgcaccgacggccaggccggcggcaacatcgtgggtggctgggTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGaa < 2:1293494‑M2/31‑1 (MQ=255) caGGCCGCCGAAGCGGCCCATGGTTCGGTACGTGCTTAGGCAAACACTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGAAAGGTAGaat < 2:355226/150‑2 (MQ=255) ccgAAGCGGCCCATGGTTCGGTACGTGCTTAGGCAAACACTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGAttt > 2:93337/1‑150 (MQ=255) aaGCGGCCCATGGTTCGGTACGTGCTTAGGCAAACACTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATttctt < 1:1208683/150‑1 (MQ=255) aaGCGGCCCATGGTTCGGTACGTGCGTAGGCAAACACTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATttctt < 2:655645/150‑1 (MQ=255) gTTCGGTACGTGCTTAGGCAAACACTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGt > 1:651704/1‑150 (MQ=255) ttCGGTACGTGCTTAGGCAAACACTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTc > 1:901796/1‑150 (MQ=255) ttcaactttgcccgcatcaagaccacctacaCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGcc < 2:1293494‑M1/119‑1 (MQ=255) gCTTAGGCAAACACTTTGTTCGTGGTGCGGTCACAGCGACCCACGATGTTGTCGTCGGCCTGGCAGTCAGTGCGGTTCTGCTGGGTGTTGGTGGTCTTGTCGCGAGAAAAGTTGAAGGTGATTTATTCAACGGCGAGGTGGCTGACCggc > 2:425977/1‑148 (MQ=255) aGGCAAACACTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCgg < 1:900165/101‑1 (MQ=255) aGGCAAACACTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCgg > 2:900165/1‑101 (MQ=255) aaaCACTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAGAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGTCTTc > 1:1246379/1‑150 (MQ=255) aaaCACTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGTCTTc < 2:881745/150‑1 (MQ=255) aaaCACTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGTCTTc > 1:413264/1‑150 (MQ=255) acTTTGTTTGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGGCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGGTGAAGCTGATTTCTTCTTCGGGCAGGTCGCTGACCGCCATGTCTTcacca < 2:851642/150‑1 (MQ=255) acTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATttctt > 1:588396/1‑115 (MQ=255) acTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATttctt < 2:588396/115‑1 (MQ=255) cTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGTCTTcaccac > 1:588679/1‑150 (MQ=255) tttGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGAt < 2:993559/87‑1 (MQ=255) tttGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGAt > 1:993559/1‑87 (MQ=255) cgcgGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGTCTTCACCACTCTGGtt < 2:1246379/150‑1 (MQ=255) tCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGc > 1:1201835/1‑112 (MQ=255) tCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGc < 2:1201835/112‑1 (MQ=255) ccagcagaaccgcaccgacggccaggccggcggcaacatcgtgggtggctgggTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAg > 2:945722‑M2/54‑79 (MQ=255) ccagcagaaccgcaccgacggccaggccggcggcaacatcgtgggtggctgggTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAg < 1:945722‑M2/26‑1 (MQ=255) ccacGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCgg > 1:680793/1‑65 (MQ=255) ccacGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCgg < 2:680793/65‑1 (MQ=255) cacGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGt > 2:831734/1‑113 (MQ=255) cacGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGt < 1:831734/113‑1 (MQ=255) cacGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGTCTTCACCACTCTGGTTGCCACCGGCGACAAACTTGAc > 1:665275/1‑150 (MQ=255) cacGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGTCTTCACCACTCTGGTTGCCACCGGCGACAAACTTGAc < 2:1049338/150‑1 (MQ=255) gccgccGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGTCTTCACCACTCTGGTTGCCACCGGCGACAAACTTGACCGAAGAGac < 2:1257628/150‑1 (MQ=255) ccgccgGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGTCTTCACCACTCTGGTTGCCACCGGCGa < 1:1249891/130‑1 (MQ=255) ccgccgGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGTCTTCACCACTCTGGTTGCCACCGGCGa > 2:1249891/1‑130 (MQ=255) gccgGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGTCTTCACCACTCTGGTTGCCACCGGCGACAAACTTGACCGAAGAGaccac < 2:651704/150‑1 (MQ=255) gccgGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGTCTTCACCACTCTGGTTGCCACCGGCGACAAACTTGACCGAAGAGaccac < 2:901796/150‑1 (MQ=255) ccTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGTCTTCACCACTCTGGTTGCCACCGGCGACAAACTTGACCGAAGAGACCACCActt < 1:93337/150‑1 (MQ=255) tgcccGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGTCTTCACCACTCTGGTTGCCACCGGCGACAAACTTGACCGAAGAGACCACCActtct < 1:425977/147‑1 (MQ=255) tGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGTCTTCACCACTCTGGTTGCCACCGGCGACAAACTTGACCGAAGAGACCACCActtct > 1:412186/1‑150 (MQ=255) gTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGTCTTCACCCCTCTGGTTGCCACCGGCGACAAACTTGACCGAAGAGACCACCACTTCTTCCAt < 2:413264/150‑1 (MQ=255) tCGGTGCGGTTCTGCTGGGAGTCGGAGGTCTAGATCCAGGCAAAGTTGAAGCTGATTTTTTTAGCGGTCAGGTCGCTGACCGGCTTGTCTTCACCACTCTGGTTGCCACCGGCGACAAACTTGACCGAAGAGACCACCACTTCTTCCATg > 2:1231572/1‑150 (MQ=255) ggTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGTCTTCACCACTCTGGTTGCCACCGGCGACAAACTTGACCGAAGAGACCACCACTTCTTCCATGTCGATgg > 2:500468/1‑150 (MQ=255) | GCCGGAAAACCCGGCGCGCTGCGGAACACAGGCCGCCGAAGCGGCCCATGGTTCGGTACGTGCTTAGGCAAACACTTTGTTCGCGGTGCGGTCCCAGCCACCCACGATGTTGCCGCCGGCCTGGCCGTCGGTGCGGTTCTGCTGGGTGTAGGTGGTCTTGATGCGGGCAAAGTTGAAGCTGATTTCTTCAACGGGCAGGTCGCTGACCGCCTTGTCTTCACCACTCTGGTTGCCACCGGCGACAAACTTGACCGAAGAGACCACCACTTCTTCCATGTCGATGG > NC_002947/3478041‑3478324 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |