New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4782055 | 23 (0.730) | 4 (0.130) | 4/236 | NT | 12.5% | coding (5304/7887 nt) | pvdJ | non‑ribosomal peptide synthetase |
? | NC_002947 | = 4782115 | 34 (1.130) | coding (5244/7887 nt) | pvdJ | non‑ribosomal peptide synthetase |
CACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCGCGGCGGCGTC > NC_002947/4781910‑4782202 | cACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGt < 2:647387/150‑1 (MQ=255) aCGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGtt < 1:199062/150‑1 (MQ=255) gTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCggcgctggcgc < 1:403261/150‑1 (MQ=255) gCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGATGCGCCAAAATAGCTTTTTGCTCGTTGGTTATTTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGC < 1:531025‑M1/150‑1 (MQ=255) cAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCG > 2:526560‑M1/1‑150 (MQ=255) aGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCG > 2:43714‑M1/1‑149 (MQ=255) aGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGACAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCG < 1:43714‑M1/149‑1 (MQ=255) cAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGaa > 1:211545/1‑150 (MQ=255) aGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGTCGCTGCGGTCGatc < 2:249975/150‑3 (MQ=255) aGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAAc < 2:696559/150‑1 (MQ=255) aGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAAc < 2:624088/150‑1 (MQ=255) ccAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAg > 1:569539/1‑150 (MQ=255) cTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCg > 2:487873/1‑150 (MQ=255) cACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGccgaccgcgctgccgttcgaccg < 2:806281‑M1/150‑24 (MQ=255) ccGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTtgca > 1:713872‑M2/1‑146 (MQ=255) tCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGNGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGAGGTGGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCt > 1:340281/1‑150 (MQ=255) ggCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCCTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATc > 2:243255/1‑150 (MQ=255) cgcgcTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCAc < 1:360467/150‑1 (MQ=255) gcgcTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCAaggtttcgagcggccgaccgcgctgccgttcgaccgcagcgccagcgccgagcacaaccatgcagcagt > 2:84303‑M1/1‑64 (MQ=255) gcgcTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCAaggtttcgagcggccgaccgcgctgccgttcgaccgcagcgccagcgccgagcacaaccatgcagcagt < 1:84303‑M1/133‑70 (MQ=255) gcgcTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCAcg > 2:803581/1‑150 (MQ=255) cTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGaa < 1:589874/93‑1 (MQ=255) cTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGaa > 2:589874/1‑93 (MQ=255) tGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCAaggtttcgagcggccgaccgcgctgccgttcgaccgcagcgccagcgccgagcacaaccatgca < 1:477994‑M1/115‑65 (MQ=255) tGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCAaggtttcgagcggccgaccgcgctgccgttcgaccgcagcgccagcgccgagcacaaccatgca > 2:477994‑M1/1‑51 (MQ=255) cgctcTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTc < 2:418524/150‑1 (MQ=255) tCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGccgaccgcgctgccgttcgacc > 2:353100‑M1/1‑66 (MQ=255) tCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGccgaccgcgctgccgttcgacc < 1:353100‑M1/88‑23 (MQ=255) tCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTgc > 2:414264/1‑150 (MQ=255) gTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGAt < 1:770667/150‑1 (MQ=255) gTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGAt < 1:243255/150‑1 (MQ=255) acCAGCTCATCGGCCACTGCTGCACGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAg > 1:69376/1‑150 (MQ=255) gCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAgcgc > 2:561942/1‑150 (MQ=255) ccACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGcgcg > 2:648007/1‑150 (MQ=255) ccACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGcgcg > 1:720045/1‑150 (MQ=255) aCTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTtgcagcagtggccgatgagctggtgtacctgacccgcgagcaaagcgcgcaggtggcgcagcgc > 2:84303‑M2/1‑69 (MQ=255) aCTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTtgcagcagtggccgatgagctggtgtacctgacccgcgagcaaagcgcgcaggtggcgcagcgc < 1:84303‑M2/133‑65 (MQ=255) aCTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCgcggc < 2:720045/150‑1 (MQ=255) gctgcATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCgcggcggc < 1:579689/150‑1 (MQ=255) tgcAaggtttcgagcggccgaccgcgctgccgttcgaccgcagcgccagcgccgagcacaaccatgcagcagtggccgatgagctggtgtacctgacccgcgagcaaagcgcgcaggtggcgcagcgcgcccaggcggcacagttgacgg > 1:713872‑M1/1‑4 (MQ=255) tgcATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGccgaccgcgctgccgttcga > 2:46996‑M1/1‑31 (MQ=255) tgcATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGccgaccgcgctgccgttcga < 1:46996‑M1/51‑21 (MQ=255) tgcATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTtgcagcagtggccgatgagctggtgtacctgacccgcgagcaaagcgcgca > 2:477994‑M2/1‑64 (MQ=255) tgcATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTtgcagcagtggccgatgagctggtgtacctgacccgcgagcaaagcgcgca < 1:477994‑M2/115‑52 (MQ=255) tgcATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCGCGGCGGCGt > 1:776420/1‑150 (MQ=255) gcATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCGCGGCGGCGTc < 1:803581/150‑1 (MQ=255) | CACGGTCGCCGCTGTAGCGTTGCAGTAACAGTGCCCAGGCGCCTTGCACCAGGGTGTTGACCGTCAACTGTGCCGCCTGGGCGCGCTGCGCCACCTGCGCGCTTTGCTCGCGGGTCAGGTACACCAGCTCATCGGCCACTGCTGCATGGTTGTGCTCGGCGCTGGCGCTGCGGTCGAACGGCAGCGCGGTCGGCCGCTCGAAACCTTGCAGCTCATTGCGCCAGAAATCACGCGAAGCCTCACGGTCCCATCGCTGCAGCAAGGCGATGAAGTCGCGGTAGCGCGGCGGCGTC > NC_002947/4781910‑4782202 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |