| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5506637 | 34 (1.070) | 5 (0.210) | 4/190 | NT | 15.1% | intergenic (+48/‑151) | PP_4839/cycA | iron‑regulated membrane protein/D‑alanine/beta‑alanine/D‑serine/glycine permease |
| ? | NC_002947 | = 5506650 | 30 (1.240) | intergenic (+61/‑138) | PP_4839/cycA | iron‑regulated membrane protein/D‑alanine/beta‑alanine/D‑serine/glycine permease | |||||
GTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGACTGCA > NC_002947/5506488‑5506783 | gtgctggGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGGGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGGGGGTAAACCCGCTCCTAC > 1:724346‑M1/1‑150 (MQ=255) ctggGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAg < 2:801304/150‑1 (MQ=255) ggggTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGa > 1:142221/1‑150 (MQ=255) ggggGATGTGCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGAc < 2:724346/150‑1 (MQ=255) tGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGtt < 2:786290/150‑1 (MQ=255) ttCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAg < 1:638341/138‑1 (MQ=255) ttCCCGCGGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAg > 2:638341/1‑138 (MQ=255) cacgcTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTCTTTTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACGCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtag > 1:816506‑M2/3‑146 (MQ=255) ccGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtagg < 1:151797‑M2/150‑6 (MQ=255) ggtgggtgTGTCTATGGTGGTGATGTTGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgg < 1:87000‑M1/150‑24 (MQ=255) ggtggGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgg > 2:194736‑M2/1‑140 (MQ=255) gtggGGGTGTCGAGTGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcggg > 1:485917‑M2/1‑139 (MQ=255) aTGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCGACGAGGGACCGCGTTgtaggcgcgtgtttacccgcgaa > 2:813942‑M2/1‑127 (MQ=255) ggtggtGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaaga < 1:1529‑M2/150‑26 (MQ=255) gtgATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcc > 2:5147‑M2/1‑121 (MQ=255) tgATGTGGGGGGAGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTACGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAAGCCg > 2:372792/1‑150 (MQ=255) gATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGACTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGAc > 1:170205/1‑113 (MQ=255) gATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGACTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGAc < 2:170205/113‑1 (MQ=255) gATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGCTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCgg < 1:693627/150‑1 (MQ=255) tttGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAg > 1:448457/1‑150 (MQ=255) gtggtgAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcggg > 1:293680‑M1/1‑84 (MQ=255) gtggtgAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcggg < 2:293680‑M1/108‑25 (MQ=255) cgccgcCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCaga < 2:227305/150‑1 (MQ=255) cgccgcCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCaga < 2:151797/150‑1 (MQ=255) cTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTc > 2:347385/1‑150 (MQ=255) ttGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTCGGATCCCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAACGGCGAAAAGTTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTcg > 1:574555/1‑150 (MQ=37) ttGGCCAGCGCTTGAGCCTTGCGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGTTCCTACGCGGGAGCGCGTTGTAGAAGCGAATATACCCGCGTAGGGACCGATAGAAGCGAGATGTGGAGCTGAAAATGCAGAGTCGATCtttag > 2:95122/1‑146 (MQ=19) cAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATc < 2:236142/140‑1 (MQ=255) cAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATc > 1:236142/1‑140 (MQ=255) aGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgg > 1:84556‑M1/1‑57 (MQ=255) aGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgg < 2:84556‑M1/80‑24 (MQ=255) gcTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGc < 2:675863/112‑1 (MQ=255) gcTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGc > 1:675863/1‑112 (MQ=255) ccTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAAc > 2:417468/1‑150 (MQ=255) ttGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCGGCTGATACGCAGCACGAAGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGGCTATCTGTCGCGCCCCGATCTTGAAcgc > 2:120898/1‑150 (MQ=37) ttGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCACCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGTCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAAcgc > 1:355398/1‑150 (MQ=255) tgtTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAAcgcgcg > 2:705108/1‑150 (MQ=255) ttGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTc > 1:785878/1‑118 (MQ=255) ttGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTc < 2:785878/118‑1 (MQ=255) ttGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCgt < 1:799998/149‑1 (MQ=255) ttGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCgt > 2:799998/1‑149 (MQ=255) tctttccTCTGAGCGGATAAACCCGTTCCTACGAGGGACCGGTTTGTAGAATCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTtagccta < 1:120898/145‑1 (MQ=255) tGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTtagcctagc > 2:236016/1‑150 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcac > 2:5147‑M1/1‑29 (MQ=255) ctctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTtagcctagc > 2:298537/1‑146 (MQ=255) ctctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTtagcctagc < 1:298537/146‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccacc < 1:1529‑M1/150‑126 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACACGCGCCTACaacgcggtccctcgtcggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccat > 2:813942‑M1/1‑23 (MQ=255) cgcgGGTAAACCCGCTCGTGCGAGGGCCCGCGTTGTAGGGGCGGGTTTACCCGAGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACct < 2:44229/150‑1 (MQ=255) gggTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTg > 2:851059/1‑150 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACaag < 2:142221/150‑1 (MQ=255) cccGCTCGTACGAGGGACGGCCTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCAAGCCGGCTACCTCTGACaagaa < 2:440693/150‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccacactcgacacccccac > 1:485917‑M1/1‑11 (MQ=255) cccGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccac > 1:293680‑M2/1‑24 (MQ=255) cccGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccac < 2:293680‑M2/108‑85 (MQ=255) ccGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccacc > 2:194736‑M1/1‑10 (MQ=255) ccGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccacccccaacatcaccaccatagacacacccacc < 1:87000‑M2/150‑128 (MQ=255) ccGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgct > 1:84556‑M2/1‑23 (MQ=255) ccGCTCCTACGAGGGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgct < 2:84556‑M2/80‑58 (MQ=255) gCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGAc < 1:417468/150‑1 (MQ=255) ccTACaacgcggtccctcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccaccagcgg < 1:151797‑M1/150‑146 (MQ=255) cTACaacgcggtccctcgtaggagcgcgtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccaaaagaccaccatcgacacccccaccagcgtg > 1:816506‑M1/1‑4 (MQ=255) cTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGACTGCa < 2:1529/150‑1 (MQ=255) | GTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGGGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGACTGCA > NC_002947/5506488‑5506783 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |