| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 364569 = | 61 (1.930) | 6 (0.210) | 5/226 | NT | 10.8% | intergenic (‑33/+91) | PP_0303/caiX | dehydrocarnitine cleavage enzyme/carnitine uptake ABC transporter substrate‑binding protein |
| ? | NC_002947 | 364652 = | 44 (1.520) | intergenic (‑116/+8) | PP_0303/caiX | dehydrocarnitine cleavage enzyme/carnitine uptake ABC transporter substrate‑binding protein | |||||
TGAGGGCGCAGGTGATGATGACGTCGTGGTTCATGGTGCAGTTCCTTGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAGGTGGTCACACCCTCAAGCCAGCGGGCCTTGTCCTCGGGGTGGTCCTTGAGCCACTGGCGGGCTGATTCCAGCGCGTCCTTGT > NC_002947/364503‑364790 | tGAGGGCGCAGGTGATGATGACGTCGTGGTTCATGGTGCAGTTCCTTGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAg < 1:799243/150‑1 (MQ=255) cgcAGGTGATGATGACGTCGTGGTTCATGGTGCAGTTCCTTGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCt < 2:320780/150‑1 (MQ=255) cAGGTGATGATGACGTCGTGGTTCATGGTGCAGTTCCTTGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGt < 1:492762/150‑1 (MQ=255) cttcgatggcaagccggctgcggacaacctcaagcttaccgccaactgacagggcccTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTc < 1:182137‑M1/93‑1 (MQ=255) ggTGATGATGACGTCGTGGTTCATGGTGCAGTTCCTTGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCa < 2:382768/150‑1 (MQ=255) tcgatggcaagccggctgcggacaacctcaagcttaccgccaactgacagggcccTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAg > 2:182137‑M1/56‑150 (MQ=255) tgatgttgaCGTTGTGGTTCATTGTTCAGTTCCTTGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGt < 2:476297/150‑1 (MQ=255) tgatgaCGTCGTGGTTCATGGTGCAGTTCCTTGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTgg < 1:779760/150‑1 (MQ=255) gtGGGTCATGGTGCAGTTCCTTGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGTAGCGGGCTTGCCCGCGAAGGGGCCCTGTCCGTTGGCGGTACGCtt > 2:290999/1‑150 (MQ=39) tGGTTCATGGTGCAGTTCCTTGTGCTGTGGGTGTTGTATTTTTCGCGGGCATGCCAGCATGCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTg < 1:438008/150‑1 (MQ=255) ggTTCATGGCGCATTTCTGTGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCCCGCACAGAGCGTCGATCTGAGCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGa < 1:277733/150‑1 (MQ=255) gTTCATGGTGCAGTTCCTTGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAg < 2:156966/150‑1 (MQ=255) gTTCATGGTGCAGTTCCTTGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCCCTGTACTCGTGTGAGCGGGTTTGCGCGCGGGAGATCACCGTCATTTTGGGGTAAGGTTGAg > 2:780475/1‑150 (MQ=25) ttCATGGTGCAGTTCCTTGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGCGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAgg > 2:761286/1‑150 (MQ=255) cATGGTGCAGTTCCTTGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGGGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGtt < 1:492613/150‑1 (MQ=255) aGTTCCTTGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCGCACAGGATCAATGTGATCCCGAGGGTGGCGCTGTACCCGTGTGAGCGGGCTTGCCCGCCAAAGGGCCCTGTCGATTTGCGGTAAGCTTGATGTTGTCCGCAg > 2:262667/1‑150 (MQ=255) aGTTCCTTGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAg < 2:50792/150‑1 (MQ=255) gTTCCTTGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGACCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGc > 1:241780/1‑150 (MQ=255) ttCCTTGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGcc < 1:626599/150‑1 (MQ=255) cTTGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGc > 2:686688/1‑150 (MQ=255) ttGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCt > 1:667448/1‑150 (MQ=255) tgtgATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACGGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGATGTTGTCCGCAGCCGGCtt < 1:6154/150‑1 (MQ=255) tgATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGAACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGc > 1:742953/1‑150 (MQ=255) tGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGCGTGTGGCGCTGTCCCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGCAACGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCAt < 2:58612/150‑1 (MQ=255) gTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTTTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGa < 1:236897/125‑1 (MQ=255) gTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGa > 2:236897/1‑125 (MQ=255) ctgacagggccctttcgcgggcaagcccgctcccacgggtacagcgccacactcgggatcacattgatcctgtgggagcgggcatgcccgcgaaaGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGa > 2:182137‑M2/96‑150 (MQ=255) gacagggccctttcgcgggcaagcccgctcccacgggtacagcgccacactcgggatcacattgatcctgtgggagcgggcatgcccgcgaaaGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAg < 1:182137‑M2/57‑1 (MQ=255) ttGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAgg > 1:116530/1‑120 (MQ=255) ttGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAgg < 2:116530/120‑1 (MQ=255) ttGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAggtg < 1:27566/150‑1 (MQ=255) tGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAggtgg < 1:554994/150‑1 (MQ=255) ggCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAggtggt < 1:761286/150‑1 (MQ=255) cTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCg < 2:130257/104‑1 (MQ=255) cTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCg > 1:130257/1‑104 (MQ=255) cTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTg < 2:749169/134‑1 (MQ=255) cTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTg > 1:749169/1‑134 (MQ=255) tttttCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGa > 1:384020/1‑113 (MQ=255) tttttCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGa < 2:384020/113‑1 (MQ=255) GCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAGGTGGTCACACCCTc < 2:651448‑M1/150‑1 (MQ=255) GCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGAGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTCCCATCGAAGGTGGTCAGCCCCTc < 2:183348‑M1/150‑1 (MQ=255) aagcccgctcccacgggtacagcgccacactcgggatcacattgatcctgtgggagcgggcttgcccgcgaaaGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAGGTGGTCACACCCTCAAGCCa > 1:3213‑M2/74‑150 (MQ=255) ccgctcccacgggtacagcgccacactcgggatcacattgatcctgtgggagcgggcatgcccgcgaaaGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAGGTGGTCACACCCTCAAGCCAGCgg > 1:501805‑M2/70‑150 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAGGTGGTCACACCCTCAAGCCAGCgg < 1:651448/150‑1 (MQ=255) cccGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAGGTGGTCACACCCTCAAGCCAGCGGGCCTTGTCCTCGGGGTGGTCCttc < 2:763501/150‑2 (MQ=255) gAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGATCGGGCTTCCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAGGTGGTCACACCCTCAAGCCAGCGGGCCTTGTCCTCGGGGTGGTCCTTGAGc < 1:361938/150‑1 (MQ=255) cTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAGGTGGTCACACCCTCaa < 1:431128/105‑1 (MQ=255) cTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAGGTGGTCACACCCTCaa > 2:431128/1‑105 (MQ=255) tGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAGGTGGCCACACCCTCAAGCCAGCGGGCCTTGTCCTCGGGGTGGTCCTTGAGCCACTGGCGGGc < 1:572088/150‑1 (MQ=255) aCCCGTGGGGACGCGCGTGCCCGAGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAGGTGGTCACACCCTCAAGCCAGCGGGCCTTGTCCTCGGGGTGGTCCTTGAGCCACTGGCGGGCTGa < 1:422364/150‑1 (MQ=255) gtaggAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGGCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAGGTGGTCACACCCTCAAGCCAGCGGGCCTTGTCCTCGGGGCGGTCCTTGACCCACTGGCGGACTGCTTcc > 2:96246/4‑150 (MQ=255) tGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGACCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAGGTGGTCACACCCTCAAGCCAGCGGGCCTTGTCCTCGGGGTGGTCCTTGAGCCACTGGCGGGCTGATTCCa < 2:241780/150‑1 (MQ=255) tttcgcgggcaagcccgcgaaaGGGCCCTGTTAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAGGTGGTCACACCCTCAAGCCAGCGGGCCTTGTCCTCGGGGTGGTCCTTGa > 2:349394‑M2/23‑128 (MQ=255) tttcgcgggcaagcccgcgaaaGGGCCCTGTTAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAGGTGGTCACACCCTCAAGCCAGCGGGCCTTGTCCTCGGGGTGGTCCTTGa < 1:349394‑M2/106‑1 (MQ=255) ggAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAGGTGGTCACACCCTCAAGCCAGCGGGCCTTGTCCTCGGGGTGGTCCTTGAGCCACTGGCGGGCTGATTCCAgc < 1:224660/150‑1 (MQ=255) ggCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAggtggt < 2:720301/77‑1 (MQ=255) ggCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAggtggt > 1:720301/1‑77 (MQ=255) tgcccgcgaaaGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAGGTGGTCACACCCTCAAGCCAGCGGGCCTTGTCCTCGGGGTGGTCCTTGAGCCACTGGCGGGCTGATTCCAGCGCGTCCTtgt < 2:742953‑M2/139‑1 (MQ=255) ccgcgaaaGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAggtggt < 2:119169‑M2/62‑1 (MQ=255) ccgcgaaaGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAggtggt > 1:119169‑M2/9‑70 (MQ=255) | TGAGGGCGCAGGTGATGATGACGTCGTGGTTCATGGTGCAGTTCCTTGTGATGTCGGTGTTGGCTTTTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGATCAATGTGATCCCGAGTGTGGCGCTGTACCCGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAAGGGCCCTGTCAGTTGGCGGTAAGCTTGAGGTTGTCCGCAGCCGGCTTGCCATCGAAGGTGGTCACACCCTCAAGCCAGCGGGCCTTGTCCTCGGGGTGGTCCTTGAGCCACTGGCGGGCTGATTCCAGCGCGTCCTTGT > NC_002947/364503‑364790 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |