New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4069517 = | 32 (1.010) | 5 (0.160) | 4/238 | NT | 13.6% | coding (2686/3099 nt) | mdtB | multidrug transporter membrane protein |
? | NC_002947 | 4069541 = | 33 (1.090) | coding (2662/3099 nt) | mdtB | multidrug transporter membrane protein |
CAGGGCGAAGTCGATCATCATGATCGCGTTCTTCTTGACGATACCGATCAGCAGGATGATGCCGATGATGGCGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCCGCCAGAATCAGCAGCAGGGTACTCGACAGCGACGCCTGGAAGGCCTCCGCCGCACCCTGGAAGCGGGTCTGCACACCC > NC_002947/4069398‑4069689 | cggaggccttccaggcgtcgctgtcgagtaccctgctgctgattctggcggcggtggtgaccatgtacatcgtgctgggggtgctgtacgaaagctacatccacccgatcaccatcctctcgaccgccgccgacggcagggtcgAGAGGa < 2:680564‑M2/6‑1 (MQ=255) cggaggccttccaggcgtcgctgtcgagtaccctgctgctgattctggcggcggtggtgaccatgtacatcgtgctgggggtgctgtacgaaagctacatccacccgatcaccatcctctcgaccgccgccgacggcagggtcgAGAGGa < 2:413486‑M2/6‑1 (MQ=255) ggCGAAGTCGATCATCATGATCGCGTTCTTCTTGACGATACCGATCAGCAGGATGATGCCGATGATGGCGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCga < 2:515673/141‑1 (MQ=255) ggCGAAGTCGATCATCATGATCGCGTTCTTCTTGACGATACCGATCAGCAGGATGATGCCGATGATGGCGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCga > 1:515673/1‑141 (MQ=255) aaGTCGATCATCATGATCGCGTTCTTCTTGACGATACCGATCAGCAGGATGATGCCGATGATGGCGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATc < 2:681221/150‑1 (MQ=255) gTCGATCATCATGATCGCGTTCTTCTTGACGATACCGATCAGCAGGATGACGCCCATGATGGCGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCgg < 1:266133/150‑1 (MQ=255) tcatcaTGATCGCGTTCTTCTTGACGATACCGATCAGCAGGATGATGCCGATGATGGCGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGAGGGTGATCGGGTGGa > 2:46156/1‑150 (MQ=255) cgttgctgtcgagtaccctgctgctgattctggcggcggtggtgaccatgtacatcgtgctgggggtgctgtacgaaagctacatccacccgatcaccatcctctcgaccgccgccgacggcagggtcgAGAGGATGGTGATCGGGTGGa < 2:388330‑M2/21‑1 (MQ=255) catGATCGCGTTCTTCTTGACGATACCGATCAGCAGGATGATGCCGATGATGGCGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACAGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTa < 1:494520/150‑1 (MQ=255) gttgttCCTGGCGATACCGATCAGCGGGACGATGCCGATGATGGCGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTa < 2:645340/150‑1 (MQ=255) tGACGATACCGATCAGCAGGATGATGCCGATGATGGCGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCAccc > 2:545091/1‑150 (MQ=255) gACGATACCGATCAGCAGGATGATGCCGATGATGGCGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATgg > 2:324692/1‑116 (MQ=255) gACGATACCGATCAGCAGGATGATGCCGATGATGGCGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATgg < 1:324692/116‑1 (MQ=255) gATACCGATCAGCAGGATGATGCCGATGATGGCGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAg > 2:707112/1‑150 (MQ=255) caTCAACAGGCTTATGCCGATGATGGCGATCATTCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGAt < 1:345357/149‑1 (MQ=255) aTCAGCAGGATGATGCCGATGATGGCGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATg < 2:591877/150‑1 (MQ=255) agcagGATGATGCCGATGATGGCGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTAc > 1:389142/1‑150 (MQ=255) cagGATGATGCCGATGATGGCGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACAt < 2:389142/150‑1 (MQ=255) gatgatGCCGATGATGGAGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGt > 2:782333/1‑150 (MQ=255) ccGATGATGGCGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCaccacc > 2:717033/1‑150 (MQ=255) atgGCGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCgccgcc > 1:674401/1‑150 (MQ=255) tgGCGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGGTGTAGCGTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCCGCCa > 2:663618/1‑150 (MQ=255) gATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTca > 2:823850/1‑134 (MQ=255) gATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTca < 1:823850/134‑1 (MQ=255) ggggtgctgtacgaaagctacatccacccgatcaccatcctctCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCgaga > 2:151042‑M1/44‑70 (MQ=255) ggggtgctgtacgaaagctacatccacccgatcaccatcctctCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCgaga < 1:151042‑M1/27‑1 (MQ=255) gTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCCACCAGAATCAGCAGCAGGGTACt > 2:650516/1‑150 (MQ=255) ttACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCCGCCAGAATCAGCAGCAGGGTACTc > 1:845390/1‑150 (MQ=255) ttACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCAGCCAGAATCAGCAGCAGGGTACTc > 1:601633/1‑150 (MQ=255) cGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATgg < 2:530825/60‑1 (MQ=255) cGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATgg > 1:530825/1‑60 (MQ=255) tccacccgatcaccatcctctCGACC‑CTGCCGTCGGCGGCGGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCCGCCAGAATCAGCAGCAGGGTACTCGACAGCAACg < 2:388330‑M1/129‑1 (MQ=255) cAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCCGCCAGAATCAGCAGCAGGGTACTCGACAGCGACGCCTg > 2:146442/1‑150 (MQ=255) gCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCCGCCAGAATCAGCAGCAGGGTACTCGACAGCGACGCCTGGAAg < 1:146442/150‑1 (MQ=255) cAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCCGCCAGAATCAGCAGCAGGGTACTCGACAGCGACGCCTGGAAGGc < 1:707112/150‑1 (MQ=255) aaGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCCGCCAGAATCAGCAGCAGGGTACTCGACa < 1:598124/130‑1 (MQ=255) aaGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCCGCCAGAATCAGCAGCAGGGTACTCGACa > 2:598124/1‑130 (MQ=255) tcctctCGACC‑CTGCCGTCGGCGGCGGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCCGCCAGAATCAGCAGCAGGGTACTCGACAGCGACGCCTGGAAGGCCTccg < 2:413486‑M1/144‑1 (MQ=255) tcctctCGACC‑CTGCCGTCGGCGGCGGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCCGCCAGAATCAGCAGCAGGGTACTCGACAGCGACGCCTGGAAGGCCTccg < 2:680564‑M1/144‑1 (MQ=255) gCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCCACCAGAATCAGCAGCAGGGTACTCGACAGCGACGCCTGGAAGGCCTccgcc < 1:650516/150‑1 (MQ=255) tctcgaccctgccgtcggcggcggtcgAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCAcccc > 2:151042‑M2/28‑70 (MQ=255) tctcgaccctgccgtcggcggcggtcgAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCAcccc < 1:151042‑M2/43‑1 (MQ=255) gggggCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCCGCCAGAATCAGCAGCAGGGTACTCGACAGCGACGCCTGGAAGGCCTCCGCCGCa > 2:845390‑M1/6‑150 (MQ=255) cgccgACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCCGCCAGAATCAGCAGCAGGGTACTCGACAGCGACGCCTGGAAGGCCTCCGCCGCACCCTGGaa > 1:112453/1‑150 (MQ=255) gACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCCGCCAGAATCAGCAGCAGGGTACTCGACAGCGACGCCTGGCCGGCCTCCGCCGCATCCTGGAAGCgg < 1:19826/150‑1 (MQ=255) cGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCCGCCAGAATCAGCAGCAGGGTACTCGACAGCGACGCCTGGAAGGCCTCCGCCGCACCCTGGAAGCGGGt < 2:112453/150‑1 (MQ=255) gAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCCGCCAGAATCAGCAGCAGGGTACTCGACAGCGACGCCTGGAAGGCCTCCGCCGCACCCTGGAAGCGGGTCTGCACAccc > 1:146369‑M2/2‑150 (MQ=255) | CAGGGCGAAGTCGATCATCATGATCGCGTTCTTCTTGACGATACCGATCAGCAGGATGATGCCGATGATGGCGATCATGCCCAGGTCGTTACCGCTGATGAGCAAGGCCAGCAAGGCACCGACCGCCGCCGACGGCAG‑GGTCGAGAGGATGGTGATCGGGTGGATGTAGCTTTCGTACAGCACCCCCAGCACGATGTACATGGTCACCACCGCCGCCAGAATCAGCAGCAGGGTACTCGACAGCGACGCCTGGAAGGCCTCCGCCGCACCCTGGAAGCGGGTCTGCACACCC > NC_002947/4069398‑4069689 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |