New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1838059 = | 13 (1.000) | 4 (0.320) | 4/266 | 1.1 | 26.1% | coding (636/672 nt) | PP_1642 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 1838090 = | 10 (0.790) | coding (667/672 nt) | PP_1642 | hypothetical protein |
CATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGC‑GCA‑CACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGG > NC_002947/1837936‑1838181 | gcgaaggcagttagatttttcgcgggcacgcccgctcccacaggtactgcacaggccttaagtgcggtgcgattactgtgggagcgggcatgcccgcgaatgggagcaacacaaggctcaatgGTTGTCGGTGATGCTGGC‑GCA‑CACCGt < 2:146484‑M1/27‑1 (MQ=255) tGGCAGCGGCGTTGATTGCGCATAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGC‑GCA‑CACCGTCa > 2:194120/1‑150 (MQ=255) gcAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGC‑Gca‑ca > 2:77307/1‑125 (MQ=255) gcAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGC‑Gca‑ca < 1:77307/125‑1 (MQ=255) aGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGC‑GCA‑CACCGTCAACCATTGAGCATTGTGTTGCt > 1:11215/1‑150 (MQ=255) gAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGC‑GCA‑CACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTc < 2:240720/150‑1 (MQ=255) ggTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGC‑GCA‑CACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCa < 1:194120/150‑1 (MQ=255) aaCCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGC‑GCA‑CACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGcg > 2:311499/1‑149 (MQ=255) ccagccagCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGC‑GCA‑CACCGTCAACCATTGAGCATTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGcgaa < 2:11215/150‑4 (MQ=255) gccagcGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGC‑GCA‑CACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGcgaatgg < 1:311499/150‑7 (MQ=255) tctGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGC‑GCA‑CACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCcaca > 2:13918/1‑135 (MQ=255) tctGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGC‑GCA‑CACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCcaca < 1:13918/135‑1 (MQ=255) ccgcgaatgggagcaacacaaggctcaatgGTTGACGGTG‑TGC‑GCCAGCATCACCGACAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAg < 1:146484‑M1/120‑1 (MQ=255) gagCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGC‑GCA‑CACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCgg > 1:48176/1‑144 (MQ=255) gagCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGC‑GCA‑CACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCgg < 2:48176/144‑1 (MQ=255) cacaaggctcaatgGTTGACGGTG‑TGC‑GCCAGCATCACCGACAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTgg > 2:209860‑M1/15‑131 (MQ=255) cacaaggctcaatgGTTGACGGTG‑TGC‑GCCAGCATCACCGACAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTgg < 1:209860‑M1/117‑1 (MQ=255) | CATGGCAGCGGCGTTGATTGCGCAGAAGGTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGC‑GCA‑CACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGG > NC_002947/1837936‑1838181 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |