| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 2472183 | 54 (0.610) | 8 (0.130) | 6/168 | NT | 15.4% | intergenic (+44/+105) | PP_2166/PP_2167 | anti‑anti‑sigma factor/PhoD‑like phosphatase |
| ? | NC_002947 | = 2472229 | 51 (0.850) | intergenic (+90/+59) | PP_2166/PP_2167 | anti‑anti‑sigma factor/PhoD‑like phosphatase | |||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GTGGTGCGCTCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCGGTTTTTAAACTCTGTAGCCTCACCCCCGCCAGCATC > NC_002947/2472035‑2472332 | gtggtgCGCTCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTacg > 1:783845/1‑150 (MQ=255) tgCGCTCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacctg > 1:1593538‑M1/1‑145 (MQ=255) tCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCTTCCCTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTgc < 1:1270715/150‑1 (MQ=255) tCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTgc > 2:1675432/1‑150 (MQ=255) tCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCATTCCATGATCTGGTAGATGCGCTGGAGCGGACCAGCGAACGGGGAGGAGCCCGGCGCTTCGCGGGTAAGCCCGCCCCTACGACGGCCTgc > 1:1740325/1‑150 (MQ=255) aaGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacctgattggggg > 2:1841130‑M1/1‑137 (MQ=255) ggCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCaaa > 2:658391/2‑150 (MQ=255) gCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCt > 1:483767/1‑140 (MQ=255) gCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCt < 2:483767/140‑1 (MQ=255) gCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAac < 1:2012032/150‑1 (MQ=255) tGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAacac > 2:2061903/1‑150 (MQ=255) ggCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAt < 2:1301236/150‑1 (MQ=255) cgcACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAtgt < 2:1221160/150‑1 (MQ=255) cgcACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAtgt < 1:1675432/150‑1 (MQ=255) cacaAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAtgtgt < 2:2161395/150‑1 (MQ=255) cacaAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGATGTGAAATAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAtgtgt < 1:1354306/150‑1 (MQ=38) aaGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAtgt > 1:646941/1‑145 (MQ=255) gATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGTGGGTAAACCCGCTCCTACacctgattgggggtggccccacattcgtgcttg < 2:347861‑M1/150‑34 (MQ=255) 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(MQ=255) gCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCa > 1:227735/1‑128 (MQ=255) gCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCa < 2:227735/128‑1 (MQ=255) ccTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAgg < 2:280300/150‑1 (MQ=255) cTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtc > 2:770216‑M1/1‑104 (MQ=255) cTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGgt < 1:939328/150‑1 (MQ=255) cTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGgt < 1:1058481/150‑1 (MQ=255) tGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTg > 2:1745200‑M2/1‑149 (MQ=255) tCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACagctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcg < 1:865970‑M1/150‑56 (MQ=255) tCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcg < 1:1568622‑M2/150‑10 (MQ=255) tCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTATTGGCGGGTAAACCCGCTCCTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcg < 1:770216‑M1/150‑56 (MQ=255) ccAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgg < 2:1593538‑M1/150‑57 (MQ=255) ccAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgg < 1:1841130‑M1/150‑57 (MQ=255) ccAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgg > 2:783845‑M2/1‑140 (MQ=255) cAACCGCGAAGCATTCCATGATCTGGTCGATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACATCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcggg > 2:1740325‑M2/1‑139 (MQ=255) cTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgggtttacccgcgaa > 2:1568622‑M2/1‑127 (MQ=255) ttCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAt > 1:41173/1‑104 (MQ=255) tCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgggtttacccgcgaaga > 2:1747516‑M2/1‑125 (MQ=255) cATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgggtttacccgcgaagagg > 1:2061903‑M2/1‑123 (MQ=255) aTGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGCGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCCCGGGTAAACCCGCTCCCCCGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgggtttacccgcgacgaggc > 2:76811‑M2/1‑122 (MQ=255) tCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATATCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAacac < 1:712757/92‑1 (MQ=255) tCTGGTAAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATATCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAacac > 2:712757/1‑92 (MQ=255) gagcTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCaaa > 2:391307/1‑68 (MQ=255) gagcTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCaaa < 1:391307/68‑1 (MQ=255) cTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAtgtgt > 1:2065645/1‑76 (MQ=255) cTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAAtgtgt < 2:2065645/76‑1 (MQ=255) ccTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgg > 1:1877804‑M2/1‑83 (MQ=255) ccTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgg < 2:1877804‑M2/93‑11 (MQ=255) ccTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCg > 1:1185083/1‑150 (MQ=255) cTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtag < 2:1416152‑M2/86‑5 (MQ=255) cTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtag > 1:1416152‑M2/1‑82 (MQ=255) 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cGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTgtaggagcgggtttacccgccaataggccggcacaggctatagatcagctccgctccagcgcattgaccagatcatggaaggcttcgcggttgga < 1:770216‑M2/150‑96 (MQ=255) cGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGCTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatagatcagctccgctccagcgcattgaccagatcatggaaggcttcgcggttgga < 1:865970‑M2/150‑96 (MQ=255) gCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCGGTTTTTAAACTCTGTAGACTCACCCCCGc > 2:1377508/1‑150 (MQ=255) tCCTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgggtttacccgc > 2:334102‑M1/1‑6 (MQ=255) tCCTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgggtttaccc > 2:463764‑M1/1‑6 (MQ=255) tCCTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgggtttaccc < 1:463764‑M1/70‑65 (MQ=255) ccTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCGGTTTTTAAACTCTGTAGCCTCACCCCCGCCAg < 2:1185083/150‑1 (MQ=255) cTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacag < 2:1416152‑M1/86‑83 (MQ=255) cTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacag > 1:1416152‑M1/1‑4 (MQ=255) cTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgg < 2:1733925‑M1/60‑57 (MQ=255) cTACacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgg > 1:1733925‑M1/1‑4 (MQ=255) cTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAActct < 2:521583/100‑1 (MQ=255) cTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCGGTTTTTAAACTCTg < 1:2120794/131‑1 (MQ=255) cTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCGGTTTTTAAACTCTGTAGCCTCACCCCCGCCAGc < 1:133185/150‑1 (MQ=255) tACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTg > 1:988781/1‑89 (MQ=255) cacctgattgggggtggacacacattggtgtttgggcgcaggccgtcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggcacaggctatagatcagctccgctccagcgcattgaccagatcatggaaggcttcgcggttggagtcattca > 2:1745200‑M1/1‑1 (MQ=255) | GTGGTGCGCTCCAAGGTGCTGGAGGCGCACAAGATCCTCATGGGCCTGAATGACTCCAACCGCGAAGCCTTCCATGATCTGGTCAATGCGCTGGAGCGGAGCTGATCTATAGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGACGGCCTGCGCCCAAACACCAATGTGTGTCCACCCCCAATCAGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCTGTAAAAACTCTGAATCTCACTACGCCCGGTTTTTAAACTCTGTAGCCTCACCCCCGCCAGCATC > NC_002947/2472035‑2472332 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |