New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3806613 = | 105 (1.190) | 9 (0.110) | 8/234 | NT | 8.3% | coding (1186/2544 nt) | PP_3364 | two‑component system response regulator |
? | NC_002947 | 3806646 = | 98 (1.160) | coding (1219/2544 nt) | PP_3364 | two‑component system response regulator |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
GGTTGATGTCGCTGATTCCCTGCGACGGCATCGGCATGTCGCTGCTAGGCCGCTGGTCGTGCGCAGGGCTGGCGCCGCCCCAAACGGCCGTGCCTGATCTGCTGCGCCTGGCAGACATGGTCAGCGAAGGCCGAATCTGGGCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTGTCTGGTGTGCTGATTATTCCGATGTCGCAACACCCAAGGGATTACTTGATCTTCTTCCGCAAGGAGGTGGTCGAGACACTCGATTGGGCCGGGGACCCGAA > NC_002947/3806464‑3806761 | ggTTGATGTCGCTGATTCCCTGCGACGGCATCGGCATGTCGCTGCTAGGCCGCTGGTCGTGCGCAGGGCTGGCGCCGCCCCAAACGGCCGTGCCTGATCTGCTGCGCCTGGCAGACATGGTCAGCGAAGGCCGAATCTGGGCGTCCAATc < 1:1382167/150‑1 (MQ=255) gTTGATGTCGCTGATTCCCTGCGACGGCATCGGCATGTCGCTGCTAGGCCGCTGGTCGTGCGCAGGGCTGGCGCCGCCCCAAACGGCCGTGCCTGATCTGCTGCGCCTGGCAGACATGGTCAGCGAAGGCCGAATCTGGGCGTCCAATCg > 1:845100/1‑150 (MQ=255) gtcgcccaacgcgccgctgtcataggtcttgttcgggtccccggcccaatcgagtgtctcgaccacctccttgcggaagaagatcaagtaatcccttgggtgttgcgacatcggaataatcagcacaccagacacatcattaaaataCGc < 2:1077269‑M1/3‑1 (MQ=255) tGATGTCGCTGATTCCCTGCGACGGCATCGGCATGTCGCTGCTAGGCCGCTGGTCGTGCGCAGGGCTGGCGCCGCCCCAAACGGCCGTGCCTGATCTGCTGCGCCTGGCAGACATGGTCAGCGAAGGCCGAATCTGGGCGTCCAATCGcc < 2:1213988/150‑1 (MQ=255) tGATGTCGCTGATTCCCTGCGACGGCATCGGCATGTCGCTGCTAGGCCGCTGGTCGTGCGCAGGGCTGGCGCCGCCCCAAACGGCCGTGCCTGATCTGCTGCGCCTGGCAGACATGGTCAGCGAAGGCCGAATCTGGGCGTCCAATCGcc < 2:108734/150‑1 (MQ=255) cgcccaacgcgccgctgtcataggtcttgttcgggtccccggcccaatcgagtgtctcgaccacctccttgcggaagaagatcaagtaatcccttgggtgttgcgacatcggaataatcagcacaccagacacatcattaaaataCGCCt > 2:368077‑M1/146‑150 (MQ=255) cgcccaacgcgccgctgtcataggtcttgttcgggtccccggcccaatcgagtgtctcgaccacctccttgcggaagaagatcaagtaatcccttgggtgttgcgacatcggaataatcagcacaccagacacatcattaaaataCGCCt > 1:679570‑M1/146‑150 (MQ=255) gcccaacgcgccgctgtcataggtcttgttcgggtccccggcccaatcgagtgtctcgaccacctccttgcggaagaagatcaagtaatcccttgggtgttgcgacatcggaataatcagcacaccagacacatcattaaaataCGCCTg < 2:1663311‑M1/6‑1 (MQ=255) tCGCTGATTCCCTGCGACGGCATCGGCATGTCGCTGCTAGGCCGCTGGTCGTGCGCAGGGCTGGCGCCGCCCCAAACGGCCGTGCCTGATCTGCTGCGCCTGGCAGACATGGTCAGCGAAGGCCGAATCTGGGCGTCCAATCGCCTGTCg > 2:794495/1‑150 (MQ=255) tCGCTGATTCCCTGCGACGGCATCGGCATGTCGCTGCTAGGCCGCTGGTCGTGCGCAGGGCTGGCGCCGCCCCAAACGGCCGTGCCTGATCTGCTGCGCCTGGCAGACATGGTCAGCGAAGGCCGAATCTGGGCGTCCAATCGCCTGTCg > 1:949579/1‑150 (MQ=255) ccTGCGACGGCATCGGCATGTCGCTGCTAGGCCGCTGGTCGTGCGCAGGGCTGGCGCCGCCCCAAACGCCCGTGCCTGATCTGCTGCGCCTGGCAGACATGGTCAGCGAAGGCCGAATCTGGGCGTCCAATCGCCCGGCGACGGTGCTTc > 1:404852/1‑150 (MQ=255) cTGCGACGGCATCGGCATGTCGCTGCTAGGCCGCTGGTCGTGCGCAGGGCTGGCGCCGCCCCAAACGGCCGTGCCTGATCTGCTGCGCCTGGCAGACATGGTCAGCGAAGGCCGAATCTGGGCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTcc < 2:159156/150‑1 (MQ=255) tGCGACGGCATCGGCATGTCGCTGCTAGGCCGCTGGTCGTGCGCAGGGCTGGCGCCGCCCCAAACGGCCGTGCCTGATCTGCTGCGCCTGGCAGACATGGTCAGCGAAGGCCGAATCTGGGCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCg > 2:229828/1‑150 (MQ=255) gACGGCATCGGCATGTCGCTGCTAGGCCGCTGGTCGTGCGCAGGGCTGGCGCCGCCCCAAACGGCCGTGCCTGATCTGCTGCGCCTGGCAGACATGGTCAGCGAAGGCCGAATCTGGGCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCg < 2:1667891/150‑1 (MQ=255) atcggcatGTCGCTGCTAGGCCGCTGGTCGTGCGCAGGGCTGGCGCCGCCCCAAACGGCCGTGCCTGATCTGCTGCGCCTGGCAGACATGGTCAGCGAAGGCCGAATCTGGGCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTc < 2:2287809/143‑1 (MQ=255) atcggcatGTCGCTGCTAGGCCGCTGGTCGTGCGCAGGGCTGGCGCCGCCCCAAACGGCCGTGCCTGATCTGCTGCGCCTGGCAGACATGGTCAGCGAAGGCCGAATCTGGGCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAg > 2:2078791/1‑150 (MQ=255) atcggcatGTCGCTGCTAGGCCGCTGGTCGTGCGCAGGGCTGGCGCCGCCCCAAACGGCCGTGCCTGATCTGCTGCGCCTGGCAGACATGGTCAGCGAAGGCCGAATCTGGGCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAg < 1:794495/150‑1 (MQ=255) cggcatGTCGCTGCTAGGCCGCTGGTCGTGCGCAGGGCTGGCGCCGCCCCAAACGGCCGTGCCTGATCTGCTGCGCCTGGCAGACATGGTCAGCGAAGGCCGAATCTGGGCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGc < 2:711571/150‑1 (MQ=255) 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ggctcgaTCTTGGCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTGTCTGGTGTGCTGATTATTCCGATGTCGCAACACCCAAGGGATTACTTGATCTTCTTCCGCAAGGAGGTGGTCGAGACACTc < 2:1340513/144‑1 (MQ=255) accagacacatcattaaaataCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTGTCTGGTGTGCTGATTATTCCGATGTCGCAACACCCAAGGGATTACTTGATCTTCTTCCGCAAGGAGGTGGTCGAGACACTc < 1:1183077‑M1/129‑1 (MQ=255) ccGAATCTGGGCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTGTCTGGTGTGCTGa < 1:1527525/80‑1 (MQ=255) ccGAATCTGGGCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTGTCTGGTGTGCTGATTATTCCGATGTCGAAACACCCAAGGGATTACTTGATCTTCTTCCGCAAGGAGGTGGTCGAGACACTCGa < 2:214820/150‑1 (MQ=255) cGAATCTGGGCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTGTTTTAATGATGTGTCTGGTTTGCTGATTATTCCGATGTCGCAACACCCAAGTGATTACTTGATCTTCTTCCGCAAGGAGGTGGTCGAGACACTCGAt > 1:60631/1‑150 (MQ=255) cGAATCTGGGCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTTTCTGGTGTGCTGATTATTCCGATGTCGCAACACCCAAGGGATTACTTGATCTTCTTCCGCAAGGAGGTGGTCGAGACACTCGAt < 2:1442107/150‑1 (MQ=255) cGAATCTGGGCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTGTCTGGTGTGCTGATTATTCCGATGTCGCAACACCCAAGGGATTACTTGATCTTCTTCCGCAAGGAGGTGGTCGAGACACTCGAt < 1:394363/150‑1 (MQ=255) aaTCTGGCCTTCCAATCTCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTGTCTGGTGTGCTGATTATTCCGATGTCGCAACACCCAAGGGATTACTTGATCTTCTTCCGCAAGGAGGTGGTCGAGACACTCGATTg < 1:945255/150‑1 (MQ=255) aTCTGGGCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTGTCTGGTGTGCTGATTATTCCGATGTCGCAACACCCAAg < 2:199724/101‑1 (MQ=255) tCTGGGCGTCCGATCGGGTGGCGAAGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTGGCTGGTGTGCTGATTATTCCGATGTCGCAACACCCAAGGGATTACTTGATCTTCTTCCGCAAGGAGGTGGTCGAGACACTCGATTggg < 2:912119/150‑1 (MQ=255) tCTGGGCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTGTCTGGTGTGCTGATTATTCCGATGTCGCAACACCCAAGGGATTCCTTGATCTTCTTCCGCAAGGAGGTGGTCGAGACACTCGATTggg < 1:1260339/150‑1 (MQ=255) gggCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTGTCTGGTGTGCTGATTATTCCGATGTCGCAACACCCAAGGGATTACTTGATCTTCTTCCGCAAGGAGGTGGTCga > 2:2344889/1‑133 (MQ=255) gggCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTGTCTGGTGTGCTGATTATTCCGATGTCGCAACACCCAAGGGATTACTTGATCTTCTTCCGCAAGGAGGTGGTCga < 1:2344889/133‑1 (MQ=255) ggCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTGTCTGGTGTGCTGATTATTCCGATGTCGCAACACCCAAGGGATTACTTGATCTTCTTCCGCAAGGAGGTGGTCGAGACACTCGATTGGGCCgg < 2:1144059/150‑1 (MQ=255) ggCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTGTCTGGTGTGCTGATTATTCCGATGTCGCAACACCCAAGGGATTACTTGATCTTCTTCCGCAAGGAGGTGGTCGAGACACTCGATTGGGCCgg < 2:840229/150‑1 (MQ=255) cattaaaataCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTGTCTGGTGTGCTGATTATTCCGATGTCGCAACACCCAAGGGATTACTTGATCTTCTTCCGCAAGGAGGTGGTCGAGACACTCGATTGGGCCgg > 2:1183077‑M1/11‑150 (MQ=255) gCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTGTCTGGTGTGCTGATTATTCCGATGTCGCAACACCCAAGGGATTACTTGATCTTCTTcc > 1:2383254/1‑115 (MQ=255) aTCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTGTCTGGTGTGCTGATTATTCCGATGTCGCAACACCCAAGGGATTACTTGATCTTCTTCCGCAAGGAGGTGGTCga > 2:1682294/1‑124 (MQ=255) tCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTGTCTGGTGTGCTGATTATTCCGATGTCGCAACACCCAAGGGATTACTTGATCTTCTTCCGCAAGGAGGTGGTCGAGACACTCGATTGGGCCGGGGACCCGaa < 2:222391/150‑1 (MQ=255) | GGTTGATGTCGCTGATTCCCTGCGACGGCATCGGCATGTCGCTGCTAGGCCGCTGGTCGTGCGCAGGGCTGGCGCCGCCCCAAACGGCCGTGCCTGATCTGCTGCGCCTGGCAGACATGGTCAGCGAAGGCCGAATCTGGGCGTCCAATCGCCTGTCGACGGTGCTTCCGTCGGCCCAGGCGTATTTTAATGATGTGTCTGGTGTGCTGATTATTCCGATGTCGCAACACCCAAGGGATTACTTGATCTTCTTCCGCAAGGAGGTGGTCGAGACACTCGATTGGGCCGGGGACCCGAA > NC_002947/3806464‑3806761 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |