New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_002947 | 4755172 = | 103 (1.160) | 6 (0.070) | 4/228 | NT | 6.2% | coding (368/1965 nt) | pvdT | pyoverdine ABC transporter ATP‑binding protein/permease |
? | NC_002947 | 4755215 = | 86 (1.050) | coding (411/1965 nt) | pvdT | pyoverdine ABC transporter ATP‑binding protein/permease |
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TTGCCGAGCTGGACAGCGACGAACTGGCCTGGCTGCGCCGCGAGGCCTTCGGGTTCGTGTTCCAGGGCTACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTGGCCACATCATCCTGGCCGACGAAC > NC_002947/4755025‑4755321 | ttGCCGAGCTGGACAGCGACGAACTGGCCTGGCTGCGCCGCGAGGCCTTCGGGTTCGTGTTCCAGGGCTACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑AAGCC‑GCCGAACGcc < 2:1242713/150‑1 (MQ=255) tGCCGAGCTGGACAGCGACGAACTGGCCTGGCTGCGCCGCGAGGCCTTCGGGTTCGTGTTCCAGGGCTACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCa < 2:1949818/150‑1 (MQ=255) atcacctcggcgccgctatggctgtcgagggcgccggttggttcgtcggccaggatgatgtggccaccgttcatcaaggcccgggcaatcgagacccgttgctgctggccaccggataattgatgcggacggttggcggtgcggctgGcc < 1:818593‑M1/3‑1 (MQ=255) atcacctcggcgccgctatggctgtcgagggcgccggttggttcgtcggccaggatgatgtggccaccgttcatcaaggcccgggcaatcgagacccgttgctgctggccaccggataattgatgcggacggttggcggtgcggctgGcc < 1:494546‑M1/3‑1 (MQ=255) cGAGCTGGACAGCGACGAACTGGCCTGGCTGCGCCGCGAGGCCTTCGGGTTCGTGTTCCAGGGCTACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGc < 1:742933/150‑1 (MQ=255) cGAGCTGGACAGCGACGAACTGGCCTGGCTGCGCCGCGAGGCCTTCGGGTTCGTGTTCCAGGGCTACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGc > 1:1511551/1‑150 (MQ=255) cGAGCTGGACAGCGACGAACTGGCCTGGCTGCGCCGCGAGGCCTTCGGGTTCGTGTTCCAGGGCTACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGc > 2:742933/1‑150 (MQ=255) ctcggcgccgctatggctgtcgagggcgccggttggttcgtcggccaggatgatgtggccaccgttcatcaaggcccgggcaatcgagacccgttgctgctggccaccggataattgatgcggacggttggcggtgcggctgGCCAGGcc < 2:1393462‑M1/8‑1 (MQ=255) aCAGCGACGAACTGGCCTGGCTGCGCCGCGAGGCCTTCGGGTTCGTGTTCCAGGGCTACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCa < 2:1503319/150‑1 (MQ=255) aaGCGACGAACTGGCCTGGCTGCGCCGCGAGGCCTTCGGGTTCGTCCCCAAGCTGTACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACTCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAg < 1:1955043/149‑1 (MQ=255) cgacgaACTGGCCTGGCTGCGCCGCGAGGCCTTCGGGTTCGTGTTCCAGAGCTACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAgcgc < 1:2105607/150‑1 (MQ=255) gacgaACTGGCCTGGCTGCGCCGCGAGGCCTTCGGGTTCGTGTTCCAGGGCTACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGcc > 1:1814431/1‑150 (MQ=255) ctggcTGCGCCGCGAGGCCTTCGGGTTCGTGTTCCAGGGCTACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGgccg > 1:2272055/1‑150 (MQ=255) tggcTGCGCCGCGAGGCCTTCGGGTTCGTGTTCCAGGGCTACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGgccgc > 1:1845387/1‑150 (MQ=255) gcTGCGCCGCGAGGCCTTCGGGTTCGTGTTCCAGGGCTACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGACAGCGCCCTGCGCGGCCgcct > 2:1641667/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCGAGGCCTTCGGGTTCGTGTTCCAGGGCTACCACCGGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCgcctggg > 2:17775/1‑150 (MQ=255) ccgcGAGGCCTTCGGGTTCGTGTTCCAGGGCTACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCgcctgggcct < 2:2272055/150‑1 (MQ=255) ccgcGAGGCCTTCGGGTTCGTGTTCCAGGGCTACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCgcctgggcct > 1:548526/1‑150 (MQ=255) 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ttCGGGTTCGTGTTCCAGGGCTACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGc > 2:1709049/1‑150 (MQ=255) cGGGTTCGTGTTCCAGGGCTACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCAc < 1:300432/150‑1 (MQ=255) tgatgtggccaccgttcatcaaggcccgggcaatcgagacccgttgctgctggccaccggataattgatgcggacggttggcggtgcggctgGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCaa > 1:368616‑M1/93‑150 (MQ=255) cgtctaGGCCTACCGGCTGATCCCTTGCTGCTCGGCCCCTGAAAACGTCGAGATGCCATCCACCTACGCCGGCACTC‑‑CAGCC‑TCCAAACGCCAGACCCGCGCCACCGCCCGACCCGGCCCGCGGGGCCTGGCGGGCCGGACCGCCAACCg > 2:710899/6‑150 (MQ=255) tCCAGGGCTCCCACCCGATTCCCGCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTc < 2:1641537/150‑1 (MQ=255) aGGGCTACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGc > 1:1807913/1‑150 (MQ=255) gccaccgttcatcaaggcccgggcaatcgagacccgttgctgctggccaccggataattgatgcggacggttggcggtgcggctgGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCgcctgggcctg < 1:82784‑M1/41‑1 (MQ=255) tACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCAAGCACTCTCCGGCGGCACACAACAGCCAGCCCACTGCC‑‑GCCC‑CACCACCACCCCCCCCGGCCGCCGGGTCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCaa < 2:1479002/150‑1 (MQ=255) caccTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTa > 1:1380791/1‑150 (MQ=255) accTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGACCGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTAt > 1:770311/1‑150 (MQ=255) 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gaTGCCAGACAACTCCGCCGCCACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCCGGCCCCCGCCACCGCCCGGCTCGGCCGCCTGGGCCTCGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGTATCAATTATCCGGTGGCCCGCAGCAACGTGTCTCGATTGCCTGGGc < 2:236794/150‑1 (MQ=255) agccaTCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTtgat > 2:430724/1‑150 (MQ=255) ccaTCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGc > 1:975368/1‑142 (MQ=255) caTCTACGCCGCTACCC‑‑CAGCA‑GCCGACCGCCCGGACCGCGTCAGCTTTCTGCTTGTCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGaa < 2:397727/150‑1 (MQ=255) aTCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCaa < 1:1435588/99‑1 (MQ=255) aTCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCaa > 2:1435588/1‑99 (MQ=255) tCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCTGGCCTTGATGAACg > 2:1033562/1‑150 (MQ=255) tCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACg > 2:494546/1‑150 (MQ=255) tACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCaa < 1:1501430/83‑1 (MQ=255) aCGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTg < 2:2232131/150‑1 (MQ=255) aCGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTg < 2:830736/150‑1 (MQ=255) gCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTGGc < 1:2066186/150‑1 (MQ=255) gCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTGGc < 2:843792/150‑1 (MQ=255) cGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTGGCca < 1:1401981/150‑1 (MQ=255) cGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAACCCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTGGCca > 1:1067541/1‑150 (MQ=255) gTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTGGCcaca > 2:853877/1‑150 (MQ=255) ccc‑‑cAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCACGCGGGCTCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGCGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTGGCCAcatca > 1:540711/1‑150 (MQ=255) ccc‑‑cAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTGGCCAcatca > 2:2230787/1‑150 (MQ=255) ccc‑‑cAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTGGCCAcatca < 2:1540077/150‑1 (MQ=255) acacaaGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGACTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGGCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTGGCCAcatc < 2:61131/145‑1 (MQ=255) c‑‑cAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTGGCCACatcatc < 1:2271536/150‑1 (MQ=255) c‑‑cAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTAGCCGTCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTGGCCACagcatc < 1:172842/150‑1 (MQ=255) cAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTGGCCACATCATcc < 2:1814431/150‑1 (MQ=255) cc‑gccgAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCCCGGCCGCCTGTGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTGGCCACATCATCCTgg < 1:159714/150‑1 (MQ=255) c‑gccgAACGCCAGGCCCTCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTGGCCACATCATCCTGGc > 1:83367/1‑150 (MQ=255) gAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTGGCCACATCATCCTGGCcgac > 1:1123737/1‑150 (MQ=255) cGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTGGCCACATCATCCTGGCCGACGaa < 2:1807913/150‑1 (MQ=255) GCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGCCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGAGCCTTGATGAACGGTGGCCACATCATCCTGGCCGACGaac < 2:155495‑M1/150‑1 (MQ=255) | TTGCCGAGCTGGACAGCGACGAACTGGCCTGGCTGCGCCGCGAGGCCTTCGGGTTCGTGTTCCAGGGCTACCACCTGATCCCCTCCGGCTCAGCCCAGGAAAACGTCGAGATGCCAGCCATCTACGCCGGTACCC‑‑CAGCC‑GCCGAACGCCAGGCCCGCGCCAGCGCCCTGCTCGGCCGCCTGGGCCTGGCCAGCCGCACCGCCAACCGTCCGCATCAATTATCCGGTGGCCAGCAGCAACGGGTCTCGATTGCCCGGGCCTTGATGAACGGTGGCCACATCATCCTGGCCGACGAAC > NC_002947/4755025‑4755321 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |