| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5159794 = | 79 (0.890) | 4 (0.060) | 4/184 | NT | 9.4% | intergenic (+9/+97) | PP_4542/PP_4543 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 5159871 = | 18 (0.270) | intergenic (+86/+20) | PP_4542/PP_4543 | ABC transporter ATP‑binding protein/permease/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
ATTGCCCGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGA > NC_002947/5159645‑5159943 | aTTGCCCGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTgcgc > 1:1311909/1‑150 (MQ=255) ttGCCCGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGcgcg > 2:1383409/1‑150 (MQ=255) gtggcattacctgctgcacccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCt < 2:122185‑M1/6‑1 (MQ=255) tggcattacctgctgcacccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCtt > 1:1295625‑M1/144‑150 (MQ=255) gcattacctgctgcacccggggttgcggcgggcggtggaggattctatgatgtaggaacgggaaggggtcaatgggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCtttt < 1:46447‑M1/9‑1 (MQ=255) tGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTcg > 2:250795/1‑150 (MQ=255) attacctgctgcacccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTcg < 2:1889630‑M1/11‑1 (MQ=255) ggACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTcgc < 1:1360677/150‑1 (MQ=255) gACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTcgcg > 1:1747927/1‑150 (MQ=255) gACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTcgcg > 2:1184927/1‑150 (MQ=255) acctgctgcacccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCgg > 1:95610‑M1/137‑150 (MQ=255) accctctgcacctggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCgg > 2:68106‑M1/137‑150 (MQ=255) aCCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCgg < 1:1041546/150‑1 (MQ=255) cGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGt < 2:1325713/150‑1 (MQ=255) tggtggTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTcgc < 1:721917/142‑1 (MQ=255) tggtggTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTcgc > 2:721917/1‑142 (MQ=255) tgcacccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTcgc > 1:888554‑M1/131‑142 (MQ=255) tgcacccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTcgc < 2:888554‑M1/12‑1 (MQ=255) 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gtggtgCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAAccc > 1:673769/1‑150 (MQ=255) cccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGc > 2:1962618‑M1/127‑150 (MQ=255) ccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCgg < 2:437147‑M1/14‑1 (MQ=255) ccggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCgg > 1:437147‑M1/126‑139 (MQ=255) ggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTcc < 2:650881‑M1/27‑1 (MQ=255) ggggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagagatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGGAAACCCGCTcc < 1:595790‑M1/27‑1 (MQ=255) gCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTcc > 2:1682729/1‑150 (MQ=255) cTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCt > 2:2106756/1‑150 (MQ=255) ggttgcggcgggcggtggaggattttctgctgcaggaacgggaaggggtcaaggggtatgccgaagaggcgcgggggatgttgccctaccgccgggactgagatatctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa > 2:956243‑M1/122‑150 (MQ=255) ggACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTac > 2:1187038/1‑150 (MQ=255) gACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTaca < 2:1183278/150‑1 (MQ=255) cAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAcaca < 2:152654/150‑1 (MQ=255) gggCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGtt < 1:1523927/150‑1 (MQ=255) gggCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGtt < 1:968085/150‑1 (MQ=255) gCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCg > 1:5419/1‑150 (MQ=255) 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aTGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGtt > 1:446439/1‑105 (MQ=255) aTGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGtt < 2:446439/105‑1 (MQ=255) tGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAAc < 2:2252330/77‑1 (MQ=255) tGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAAc > 1:2252330/1‑77 (MQ=255) gTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGACACAGGCAACACAGAtctctc > 2:556690/1‑150 (MQ=255) ttGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCACTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCa < 1:189435/150‑1 (MQ=255) gtgGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGaaaa < 1:1441725/120‑1 (MQ=255) accaccAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTAGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCcgg > 1:971272/1‑150 (MQ=255) gAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCGTGTTCGCGGGGAGACGCGCTGCTACAGAGGTACGCGATCCGTGTAGGAGCGGGATTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGAGCTCTGGGTCCCAGCGGTCGGGGAAc > 2:357704/1‑150 (MQ=25) gAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATc < 2:1662432/75‑1 (MQ=255) gAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATc > 1:1662432/1‑75 (MQ=255) gAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAg < 1:295941/82‑1 (MQ=255) gAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc > 2:217484/1‑98 (MQ=255) gAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 1:217484/98‑1 (MQ=255) gAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAAc < 2:495761/150‑1 (MQ=255) tCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCg < 1:1426744/99‑1 (MQ=255) tCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCg > 2:1426744/1‑99 (MQ=255) cGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCcgcg > 1:650881/1‑150 (MQ=255) atctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCggg > 1:1384549‑M1/18‑75 (MQ=255) atctgtgttgcctgtgcCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCggg < 2:1384549‑M1/58‑1 (MQ=255) acacCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGTTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGAGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTTCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCAt > 1:128633/1‑150 (MQ=255) CGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGa > 1:1704507‑M1/1‑150 (MQ=255) | ATTGCCCGTATGGACCGGCTGGTGGTGCTGGACAAGGGGCGAATTGTCGAGAGTGGCAGCCACAGTGAGTTGCTGGAGCAGCAAGGGCTGTATGCCCGGTTGTGGCACCACCAGACCGGAGGTTTTGTCGGGGTCGATTGACACCTGCGCGGCCTTTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGTTCGCTATCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAAGGCCGGCACAGGCAACACAGATCTCTCAGTCCCGGCGGTAGGGCAACATCCCCCGCGCCTCTTCGGCATACCCCTTGA > NC_002947/5159645‑5159943 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |