New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5164490 | 101 (1.140) | 8 (0.090) | 8/236 | NT | 7.1% | coding (3438/3906 nt) | hrpA | ATP‑dependent helicase HrpA |
? | NC_002947 | = 5164525 | 112 (1.320) | coding (3403/3906 nt) | hrpA | ATP‑dependent helicase HrpA |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
GGTACACCAGGTTGCCTAGCTGCTGCTTGATGTCGTTCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGATGCAACTGTCCAGGCTGGCCAGCAGAATGTCTTCGACCAGCGCTTCTACCCGCCCCATTTCACGGTACAGCA > NC_002947/5164342‑5164638 | ggTACACCAGGTTGCCTAGCTGCTGCTTGATGTCGTTCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGccc < 1:1183082/150‑1 (MQ=255) gTACACCAGGTTGCCTAGCTGCTGCTTGATGTCGTTCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCa < 1:1996763/150‑1 (MQ=255) acCAGGTTGCCTAGCTGCTGCTTGATGTCGTTCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCa > 2:179054/1‑146 (MQ=255) acCAGGTTGCCTAGCTGCTGCTTGATGTCGTTCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCa < 1:179054/146‑1 (MQ=255) ccAGGTTGCCTAGCTGCTGCTTGATGTCGTTCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGc > 1:1495235/1‑150 (MQ=255) ccAGGTTGCCTAGCTGCTGCTTGATGTCGTTCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGc > 1:624666/1‑150 (MQ=255) gCCTAGCTGCTGCTTGATGTCGTTCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCtt < 2:667644/150‑1 (MQ=255) cTAGCTGCTGCTTGATGTCGTTCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGc < 2:624666/150‑1 (MQ=255) cTAGCTGCTGCTTGATGTCGTTCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGc > 1:1389574/1‑150 (MQ=255) gctgctgctTGATGTCGTTCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGtt > 2:2158610/1‑150 (MQ=255) tgctgctTGATGTCGTTCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTca < 2:1983642/150‑1 (MQ=255) ctgctTGATGTCGTTCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTcagc < 1:235452/150‑1 (MQ=255) ctTGATGTCGTTCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGtt < 2:2072171/143‑1 (MQ=255) ttGATGTCGTTCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTcagccagc < 1:1916757/150‑1 (MQ=255) gTCGTTCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTTCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCcagctgccgcgctggctgaacgcaagcgcggc < 1:700134‑M1/150‑33 (MQ=255) tCGTTCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCAAAACGCTCGGCATGCTCGGCCcagctgccgcgctggctgaacgcaagcgcggca < 1:1979105‑M1/150‑34 (MQ=255) gTTCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCCTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCaa > 2:1074951/1‑150 (MQ=255) ttCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGGTCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGccgct < 1:739767/150‑4 (MQ=255) cAGTGCCCCCGTTTGGCCCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAggc > 2:1266775‑M2/1‑147 (MQ=255) cAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAggc < 2:1441394‑M2/150‑4 (MQ=255) gTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAggccg < 1:1138160‑M2/150‑6 (MQ=255) aCCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCt > 2:801391/1‑150 (MQ=255) ccGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCtt > 2:1933921/1‑150 (MQ=255) tCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGTACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCttggccgcgctggctgaacgcaagcgcggcagctgggccgagcatgccgagc > 1:1939400‑M1/1‑95 (MQ=255) tCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCg > 1:1420626/1‑112 (MQ=255) tCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCa > 2:640023/1‑150 (MQ=255) tCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCa > 1:2239784/1‑150 (MQ=255) gTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTTCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTGGCCCTGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACgg > 1:1331238/1‑150 (MQ=255) gTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGt < 1:2374979/142‑1 (MQ=255) tCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGgt > 1:1992295/1‑150 (MQ=255) aTCTTGCCCTTGAAGCGTGTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGgttgt > 1:433521/1‑150 (MQ=255) cccTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCt < 1:1074951/150‑1 (MQ=255) ttGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCa > 2:270989/1‑150 (MQ=255) tGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCACGGTCTGCTTTGCCAGGCGCTCCGCATGCTCGGCCCGGCTGCCGCTCTTGCGTTCAGCCACCGCGTCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGAAACGGTTGTTCGACTTCaa < 2:904026/150‑1 (MQ=255) tGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTCCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCaa < 1:1933921/150‑1 (MQ=255) gCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGTTTCAGCACTTCCAGAGTCTGCTTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGAt < 1:367795/150‑1 (MQ=255) gCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGAt < 1:1803634/150‑1 (MQ=255) tttCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCTTGGCCGcgct > 1:957156/1‑111 (MQ=255) tGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCGAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGATGCAACTg > 2:430666/1‑150 (MQ=255) 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(MQ=255) cGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGATGc > 2:1349391/1‑93 (MQ=255) gCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGATGCAACTGTCCAGGCTGGCCAGCAGAATGTCTTCGa < 1:147664/124‑1 (MQ=255) cATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGATGCAACTGTCCAGGCTGGCCAGCAGAAt > 2:339342/1‑115 (MQ=255) cATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGATGCAACTGTCCAGGCTGGCCAGCAGAAt < 1:339342/115‑1 (MQ=255) cATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGATTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGATGCAACTGTCCAGGCTGGCCAGCAGAATGTCTTCGACCAGCGCTTCTACCCGCCCCATTTCAc < 2:2313296/150‑1 (MQ=255) aTGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAggccgagcatgccgagcgcctggcaaggcagaccctggaagtgctgaa > 1:1071202‑M2/1‑45 (MQ=255) aTGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAggccgagcatgccgagcgcctggcaaggcagaccctggaagtgctgaa < 2:1071202‑M2/93‑49 (MQ=255) aTGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGATGCAACTGTCCAGGCTGGCcagca < 2:2314933/110‑1 (MQ=255) tGCTCGGCCCAGCTTCCCCCCTTGCTTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGATGCAACTGTCCAGGCTGGCCAGCAGAATGTCTTCGACCAGCGCTTCTACCCGCCCCATTTCACgg < 2:1022018/150‑1 (MQ=255) tGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGATGCAACTGTCCAGGCTGGCCAGCAGAATGTCTTCGACCAGCGCTTCTACCCGCCCCATTTCACgg > 1:2179179/1‑150 (MQ=255) cTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGATGCAACTGTCCAGGCTGGCCAGCAGAATGTCTTCGACCAGCGCTTCTACCCGCCCCATTTCACGGTa > 2:1212716/1‑150 (MQ=255) tCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGATGCAACTGTCCAGGCTGGCCAGCAGAATGTCTTCGACCAGCGCTTCTACCCGCCCCATTTCACGGTAc > 1:1624071/1‑150 (MQ=255) cGGCCttggccgcgctggctgaacgcaagcgcggcagctgggccgagcatgccgagcgcctggcaaggcagaccctggaagtgctgaagctgtggcatggtctgcagaaacgcttcaagggcaagatcgacctgagccaagcggtggcac < 1:1138160‑M1/150‑146 (MQ=255) gCCttggccgcgctggctgaacgcaagcgcggcagctgggccgagcatgccgagcgcctggcaaggcagaccctggaagtgctgaagctgtggcatggtctgcagaaacgcttcaagggcaagatcgacctgggccaaacgggggcactg > 2:1266775‑M1/1‑3 (MQ=255) gCCttggccgcgctggctgaacgcaagcgcggcagctgggccgagcatgccgagcgcctggcaaggcagaccctggaagtgctgaagctgtggcatggtctgcagaaacgcttcaagggcaagatcgacctgagccaagcggtggcactg < 2:1441394‑M1/150‑148 (MQ=255) gCCttggccgcgctggctgaacgcaagcgcggcagctgggccgagcatgccgagcgcctggcaaggcagaccctggaagtgc < 2:1915087‑M1/82‑80 (MQ=255) gCCttggccgcgctggctgaacgcaagcgcggcagctgggccgagcatgccgagcgcctggcaaggcagaccctggaagtgc > 1:1915087‑M1/1‑3 (MQ=255) ccAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCGCtgggccgagcatgccgagcgcctggcaaggcagaccctggaagtgctgaagctgtggcatggtct > 2:1396951‑M2/1‑36 (MQ=255) ccAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGAt > 1:2347536/1‑78 (MQ=255) ccAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGAt < 2:2347536/78‑1 (MQ=255) ccAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGATGCaa < 1:1448508/82‑1 (MQ=255) ccAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGATGCaa > 2:1448508/1‑82 (MQ=255) ccAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGATGCAACTGTCCAGGCTGGCCAGCAGAATGTCTTCGACCAGCGCTTCTACCCGCCCCATTTCa > 2:1767147/1‑139 (MQ=255) ccAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGATGCAACTGTCCAGGCTGGCCAGCAGAATGTCTTCGACCAGCGCTTCTACCCGCCCCATTTCa < 1:1767147/139‑1 (MQ=255) | GGTACACCAGGTTGCCTAGCTGCTGCTTGATGTCGTTCAGTGCCACCGCTTGGCTCAGGTCGATCTTGCCCTTGAAGCGTTTCTGCAGACCATGCCACAGCTTCAGCACTTCCAGGGTCTGCCTTGCCAGGCGCTCGGCATGCTCGGCCCAGCTGCCGCGCTTGCGTTCAGCCAGCGCGGCCAAGGCCGCACCTTCACGTGGCAACGGTTGTTCGCCTTCAAGGATGCAACTGTCCAGGCTGGCCAGCAGAATGTCTTCGACCAGCGCTTCTACCCGCCCCATTTCACGGTACAGCA > NC_002947/5164342‑5164638 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |