| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5506609 = | 40 (0.450) | 14 (0.210) | 11/188 | NT | 29.3% | intergenic (+20/‑179) | PP_4839/cycA | iron‑regulated membrane protein/D‑alanine/beta‑alanine/D‑serine/glycine permease |
| ? | NC_002947 | 5506680 = | 37 (0.550) | intergenic (+91/‑108) | PP_4839/cycA | iron‑regulated membrane protein/D‑alanine/beta‑alanine/D‑serine/glycine permease | |||||
Only 100 of 145 total aligned reads displayed.
TGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGT‑GATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCG > NC_002947/5506461‑5506745 | gggaGGGCGGCAGTGGCCGGGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGCTCCCGCGTGTGGGCGTTTCGATGGTGGT‑GCTGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGTTGG < 2:732009‑M1/149‑1 (MQ=255) ggtgcggttcatctgtcgctatgggtgaggtttgcgtcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccgg < 2:1100140‑M1/2‑1 (MQ=255) gtgcggttcatctgtcgctatgggtgaggtttgcgtcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatagacgctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGc < 1:737715‑M1/3‑1 (MQ=255) tgcggttcatctgtcgctatgggtgaggtttgcgtcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGcc < 2:1815574‑M1/4‑1 (MQ=255) ggggggcagtgGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGT‑GATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTC < 1:1459728‑M1/146‑1 (MQ=255) cggcAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGT‑GATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTC < 2:2259526‑M1/150‑1 (MQ=255) ttcatctgtcgctatgggtgaggtttgcgtcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCCTCTTc > 1:844889‑M1/142‑150 (MQ=255) aGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGT‑GATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGG < 1:1924676‑M1/150‑1 (MQ=255) aGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGT‑GATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGG < 1:1413423‑M1/150‑1 (MQ=255) ccGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGT‑GATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAA > 1:1581260‑M1/1‑150 (MQ=255) cGTGCTGCTGGCGCTGTGGTTGAGGTTGCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGAGCTCGAACAGGATCG‑GCACCGGTTAGTGGTGAGGCGCCCCCTGGTCTTGGCCAGCGTTCGGGTCTTGCGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAAc < 1:551393/150‑1 (MQ=255) cGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGT‑GATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAAC > 1:2134544‑M1/1‑150 (MQ=255) cGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGT‑GATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAAC < 1:2255018‑M1/150‑1 (MQ=255) 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gggggTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGT‑GATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGG > 1:547361‑M1/1‑129 (MQ=255) gggTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGT‑GATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GAc > 1:493238/1‑150 (MQ=255) ggTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGT‑GATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggt > 1:1175346‑M1/1‑142 (MQ=255) gtcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCCTCTTCGCggg > 1:1650510‑M1/114‑127 (MQ=255) gtcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCCTCTTCGCggg < 2:1650510‑M1/14‑1 (MQ=255) tcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGc > 2:1457742‑M1/113‑115 (MQ=255) tcataggctgcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGc < 1:1457742‑M1/3‑1 (MQ=255) gATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGT‑GATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGA‑GACcgcg > 1:621097/1‑150 (MQ=255) gcagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAgg < 1:2175005‑M1/47‑1 (MQ=255) cagtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGa > 2:2175005‑M1/103‑150 (MQ=255) agtcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAg < 2:2019376‑M1/49‑1 (MQ=255) tcttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCg > 1:2019376‑M1/100‑150 (MQ=255) ggtggGGGTGTCGATGGTGGT‑GATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgg < 2:1335938‑M1/150‑24 (MQ=255) ggtggGGGTGTCGATGGTGGT‑GATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgg < 2:1175346‑M1/150‑24 (MQ=255) cctggcgGTGTCGATGGTGGT‑GATGTGGGGGGTCGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGCTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgg < 1:2164660‑M1/148‑24 (MQ=255) gtggGGGTGTCGATGGTGGT‑GATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcggg < 1:313822‑M1/150‑25 (MQ=255) ttcttgtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatctgggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCggg > 1:749949‑M1/98‑150 (MQ=255) tggGGGTGTCGATGGTGGT‑GATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTgtaggagcgggt > 2:2407858‑M2/1‑138 (MQ=255) tacgtgtcataggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCggg > 2:1576206‑M1/98‑150 (MQ=255) gtggCGAGGGTGGT‑GATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTgtaggagcgggtttacc > 2:743802‑M2/1‑133 (MQ=255) gtcagaggtagccggctaggctaacacgcgcgttccagatcggggcgcgacagatcgactctgcattttcggctcagcatttcgcctgtaccGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTAc > 2:1060397‑M1/93‑150 (MQ=255) 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gCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGGTgtaggagcgggtttacccgcgaa > 2:353538‑M2/1‑73 (MQ=255) ccAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtaggagcgg > 2:1601440‑M1/1‑59 (MQ=255) ccAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGcc < 2:2387159/150‑1 (MQ=255) cAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTgtagga > 1:1921863‑M2/1‑71 (MQ=255) cAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTgtagga < 2:1921863‑M2/77‑7 (MQ=255) ttGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggc > 1:999572‑M2/1‑65 (MQ=255) ttGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCt < 2:1847326/150‑1 (MQ=255) gAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGGTTACCCGCGAAGAGGACGGTACAGGCGAAATGCTGGGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTAGCGCCCGGAGCTgg > 1:527607/1‑150 (MQ=37) gCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtagga < 2:115220‑M1/67‑20 (MQ=255) gCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACaacgcggtccctcgtagga > 1:115220‑M1/1‑48 (MQ=255) gCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGaa < 2:53507/150‑1 (MQ=255) tgtTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTgta > 2:226286‑M2/1‑55 (MQ=255) tgtTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTgta < 1:226286‑M2/58‑4 (MQ=255) tgtTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAAcgcgcg < 1:1857905/150‑1 (MQ=255) cTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTgtaggagcggg < 2:2003819‑M2/60‑12 (MQ=255) cTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTgtaggagcggg > 1:2003819‑M2/1‑49 (MQ=255) tgtgCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATc > 1:2034101/1‑132 (MQ=255) tgtgCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATc < 2:2034101/132‑1 (MQ=255) tgtgCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCt < 1:1594790/133‑1 (MQ=255) tgtgCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCt > 2:1594790/1‑133 (MQ=255) | TGGAAGGCGGCAGTGGCCGTGATGCTGGTGCTGGGGGTGATGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGT‑GATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGAGG‑GACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCGCCCCGATCTGGAACGCGCG > NC_002947/5506461‑5506745 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |