| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5816900 = | 85 (0.960) | 15 (0.180) | 7/228 | NT | 16.8% | intergenic (+30/+99) | PP_5092/pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein |
| ? | NC_002947 | 5816983 = | 70 (0.850) | intergenic (+113/+16) | PP_5092/pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein | |||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
CACGCCGTGGCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTC > NC_002947/5816752‑5817049 | cacgcCGGGGCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCGTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTCGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAACGTTCAGCTGCTCGGCGCTATCCGATACCGGCCCCtt > 2:839227/1‑150 (MQ=255) acgcCGTGGCAAGAGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTc > 2:1727317/1‑150 (MQ=255) gcGTGGCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTcgcg < 1:256067/149‑1 (MQ=255) ccGTGGCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTcgcg > 2:2158934/1‑150 (MQ=255) ccGTGGCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTcgcg < 1:1937812/150‑1 (MQ=255) acctggttcgggaggggcggttggcgcagttgtcttcagtgatgcagggcggggcggcggaggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctTTcgcg < 1:1217508‑M1/6‑1 (MQ=255) ctggttcgggggggggggttggcgcagttttcttcagtgatgcaggggggggcggcggagggcatgctgacgatggagggggcggtgcggaggctgagggagcgagggttgatgaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctTTCGcggc > 2:1653995‑M1/143‑149 (MQ=255) ctggttcgggaggggcggttggcgcagttgtcttcagtgatgcagggcggggcggcggaggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctTTCGCggg < 1:386293‑M1/8‑1 (MQ=255) aaGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGGAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGc > 2:1891114/1‑150 (MQ=255) aaGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCCGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGc > 1:413456/1‑150 (MQ=255) gCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGccc > 2:1614699/1‑150 (MQ=255) gAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTccc > 1:729758/1‑150 (MQ=255) tggACACCTTGAGGAAGCCTTACTGGCAGAAGCACAAGGTGGTGGCCAAGCGGG‑ACTGCCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTACGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCCCGGGCACGCCCGCTCCCACAgg < 1:1835627/148‑1 (MQ=255) gACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGTGTTCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTa < 2:1069334/150‑1 (MQ=255) acacCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTat > 1:584525/1‑149 (MQ=255) acCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAgcg > 2:1605384/1‑150 (MQ=255) gcagttgtcttcagtgatgcagggcggggcggcggaggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctTTCGCggg < 1:783251‑M1/8‑1 (MQ=255) ccTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAgcgc < 2:58491/150‑1 (MQ=255) cTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTatgtga > 2:1710991/1‑145 (MQ=255) cTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGcgcg > 2:1735934/1‑150 (MQ=255) ttGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGt > 2:1623670/1‑150 (MQ=255) ttGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGt < 2:2096751/150‑1 (MQ=255) ttgtcttcagtgatgcagggcggggcggcggaggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTc < 1:843589‑M1/35‑1 (MQ=255) aGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCtctc < 1:529850/150‑1 (MQ=255) aGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCtctc < 1:1605384/150‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAg < 1:1735934/150‑1 (MQ=255) gCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGccc < 1:1454136/114‑1 (MQ=255) gCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGccc > 2:1454136/1‑114 (MQ=255) aGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTc < 2:261757/132‑1 (MQ=255) aGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTc > 1:261757/1‑132 (MQ=255) aGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCACTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTca < 1:1586470/150‑1 (MQ=255) aaGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTcaca > 2:85333/1‑150 (MQ=255) gCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCTAGGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATa < 1:2000022/150‑1 (MQ=255) cACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATAc < 1:177520/150‑1 (MQ=255) aCGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCtgt < 1:225942/150‑1 (MQ=255) gcggaggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCtgt > 2:843589‑M1/89‑150 (MQ=255) cGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCtgtg < 1:1614699/150‑1 (MQ=255) gtggtgGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAACAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTgg < 1:614382/150‑1 (MQ=255) ggaggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTgg > 1:1570959‑M1/87‑150 (MQ=255) 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< 2:1357232/73‑1 (MQ=255) aGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTcgc > 1:1357232/1‑73 (MQ=255) caaaggcttgtagtacctgcaaaggccctTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTgg > 2:1362067‑M1/30‑93 (MQ=255) caaaggcttgtagtacctgcaaaggccctTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTgg < 1:1362067‑M1/64‑1 (MQ=255) cTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTccc < 1:1052285/49‑1 (MQ=255) cTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTccc > 2:1052285/1‑49 (MQ=255) cTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCACACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTc < 2:1864564/150‑1 (MQ=255) tCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTc > 1:285443/1‑59 (MQ=255) tCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTc < 2:285443/59‑1 (MQ=255) cGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTcc < 1:1971899/150‑1 (MQ=255) ttgtagtacctgcaaaggccctTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGc < 1:848135‑M1/94‑1 (MQ=255) ttgtagtacctgcaaaggccctTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGc > 2:848135‑M1/23‑116 (MQ=255) gcTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCa < 1:1688435/150‑1 (MQ=255) tCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCt < 2:2375444/150‑1 (MQ=255) cGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTcc > 1:1370439/1‑150 (MQ=255) cGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTcc > 1:1130985/1‑150 (MQ=255) ggTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCg < 2:534512/150‑1 (MQ=255) cGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCttt < 1:60881/118‑1 (MQ=255) cGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCttt > 2:60881/1‑118 (MQ=255) gCCCCGTCGCGGGTACGCCCGTTGCCACTGGGACCGCGTCGCTATCGCTGTCAGCTCACATACCTGTGGGGGCGGGCGCGCCCTCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGcc < 1:872258/150‑1 (MQ=255) ccTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGccccc < 2:2009207/150‑1 (MQ=255) ttCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAgggccggtaccggatagcgccgatcagctgaacgcttggccagactcagctgctgctctttcggca < 1:869162‑M2/150‑67 (MQ=255) TTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCtgtgggcgc < 2:505965‑M1/68‑4 (MQ=255) TTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGc > 1:505965‑M1/1‑68 (MQ=255) | CACGCCGTGGCAAGCGGGTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTG‑CCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTC > NC_002947/5816752‑5817049 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |