| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5858920 | 58 (0.660) | 7 (0.100) | 7/186 | NT | 12.3% | intergenic (+42/+96) | PP_5134/PP_5135 | hypothetical protein/ABC transporter substrate‑binding protein |
| ? | NC_002947 | = 5858965 | 56 (0.840) | intergenic (+87/+51) | PP_5134/PP_5135 | hypothetical protein/ABC transporter substrate‑binding protein | |||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GGTCAAAGCGCGGGCGCACCCGCAGTGGTCCACCCTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGACCCTGCAATAGTGAAGCGTTACTGCTGGGCCACCTTCTCCGACTTGCCGTCATAGCGCTTGCGCCATTCGGC > NC_002947/5858773‑5859069 | ggTCAAAGCGCGGGCGCACCCGCAGTGGTCCACCCTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACggg < 1:77600/150‑1 (MQ=255) tCAAAGCGCGGGCGCACCCGCAGTGGTCCACCCTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGggcg < 2:1929304/150‑1 (MQ=255) aaaGCGCGGGCGCACCCGCAGTGGTCCACCCTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGggcggc > 2:1501576/1‑150 (MQ=255) cgcgGGCGCACCCGCAGTGGTCCACCCTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGccggattggt < 2:2119286‑M1/150‑11 (MQ=255) gcACCCGCAGTGGTCCACCCTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGccggattggtggtggac < 1:464875‑M1/150‑18 (MQ=255) gcACCCGCAGTGGTCCACCCTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAac < 1:2075372/150‑1 (MQ=255) aCCCGCAGTGGTCCACCCTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCtt > 2:1222064/1‑140 (MQ=255) aCCCGCAGTGGTCCACCCTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCtt < 1:1222064/140‑1 (MQ=255) cccGCAGTGGTCCACCCTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAaccac < 1:1812165/150‑1 (MQ=255) ccGCAGTGGTCCACCCTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAaccacc > 2:1021158/1‑150 (MQ=255) cAGTGGTCCACCCTGAATCCCGGGGCCACGCTGAATCATGCTGAGCGGCAGGCGATCACCGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGAt < 1:1233625/150‑1 (MQ=38) aGTGGTCCACCCTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGAtg < 2:579830/150‑1 (MQ=255) gTGGTCCACCCTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGAtgt < 1:1802754/150‑1 (MQ=255) ggTCCACCCTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTGCGGGCGGCCTTTGTACAACAACCGATGTGc < 2:697956/150‑1 (MQ=255) ggTCCACCCTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGc < 1:1725215/150‑1 (MQ=255) ccACCCTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTc < 1:1550404/150‑1 (MQ=255) cccTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTccac > 2:2051910/1‑150 (MQ=255) ccTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGccggattggtggtggacgcacatcggtggttgtac > 1:1964340‑M1/1‑115 (MQ=255) ccTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTg > 2:1511974/1‑126 (MQ=255) ccTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTg < 1:1511974/126‑1 (MQ=255) ccTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTccacc > 1:2354966/1‑150 (MQ=255) cTGAACCCCGGCGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAANCNCNCTACTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTccacca < 1:1665610/150‑1 (MQ=255) tGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTccaccac < 1:86187/150‑1 (MQ=255) gggCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGc > 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tCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGcgtaggagcgggtt < 2:583475‑M2/150‑15 (MQ=255) aGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGcgtaggagcgggtttacccgcg > 1:48461‑M2/1‑128 (MQ=255) gCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATc > 1:1679301/1‑121 (MQ=255) cAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGccggattggtggtggacgcacatcggtggttgtacaaaggccgcccgtaggagcgggtttacccgcgaagag < 2:1964340‑M1/150‑73 (MQ=255) aGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGccggattggtggtggacgcacatcggtggttgtacaaaggccgcccgtaggagc > 2:537538‑M1/1‑77 (MQ=255) ggAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggc > 1:374983‑M2/1‑121 (MQ=255) gAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTCATCCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTccac < 2:2145043/100‑1 (MQ=255) gAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTccac > 1:2145043/1‑100 (MQ=255) gcgcTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGACCCTGCAATa > 2:768171/1‑150 (MQ=255) gcTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCttt < 1:2363165/71‑1 (MQ=255) gcTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCttt > 2:2363165/1‑71 (MQ=255) tGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGcgtaggagcgg > 1:879698‑M2/1‑104 (MQ=255) tGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGcgtaggagcgg < 2:879698‑M2/115‑12 (MQ=255) tttCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGcgtaggagcgggtt > 2:226983‑M2/1‑101 (MQ=255) tttCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGcgtaggagcgggtt < 1:226983‑M2/115‑15 (MQ=255) ttCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTAc < 2:1636939/69‑1 (MQ=255) tCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGACCCTGCAATAGTGAAGCGt < 1:583475/150‑1 (MQ=255) acaGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGAt < 2:1852295/76‑1 (MQ=255) caGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGAt < 1:621723/75‑1 (MQ=255) caGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGAt > 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(MQ=255) ccGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGACCCTGCAATAGTGAAGCGTTACTGCTGGGCCACCTTCTCCGACTTGCCGTCATAGCGCTTgc > 1:1578559/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGACCCTGCAATAGTGAAGCGTTACTGCTGGGCCACCTTCTCCGACTTGCCGTCATAGCGCTTgc > 1:963475/1‑150 (MQ=255) gCTCCTACGccggattggtggtggacgcacatcggtggttgtacaaaggccgcccgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccaaccctgctggctcaaatctgtgaaaccagcgcctccaactgctcctgccgctcagcctgattcag > 1:1021158‑M1/1‑9 (MQ=255) gCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGcgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccaaccctgctggctcaaatctgtgaaaccagcgcctccaactgctcct < 1:537538‑M2/131‑78 (MQ=255) gCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGcgtaggagcgggtttacccgcgaagag > 1:1670918‑M2/1‑54 (MQ=255) gCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGcgtaggagcgggtttacccgcgaagag < 2:1670918‑M2/81‑28 (MQ=255) cTACGccggattggtggtggacgcacatcggtggttgtacaaaggccgcccgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccaaccctgctggctcaaatctgtgaaaccagcgcctccaactgctcctgccgctcagcctgattcagcttg > 1:131496‑M1/1‑5 (MQ=255) cTACGccggattggtggtggacgcacatcggtggttgtacaaaggccgcccgtaggagcgggtttacccgcgaa > 2:2407107‑M1/1‑5 (MQ=255) cTACGccggattggtggtggacgcacatcggtggttgtacaaaggccgcccgtaggagcgggtttacccgcgaa < 1:2407107‑M1/74‑70 (MQ=255) tACGccggattggtggtggacgcacatcggtggttgtacaaaggccgcccgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccaaccctgctggctcaaatctgtgaaaccagcgcctccaactgctcctgccgctcagcctgattcagcttgg > 2:2354966‑M1/1‑4 (MQ=255) tACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGACCCTGCAATAGTGAAGCGTTACTGCTgg < 2:774811/109‑1 (MQ=255) tACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGACCCTGCAATAGTGAAGCGTTACTGCTgg > 1:774811/1‑109 (MQ=255) tACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGACCCTGCAATAGTGAAGCGTTACTGCTGGGCCACCTTCTCCGa < 1:1972895/123‑1 (MQ=255) tACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGACCCTGCAATAGTGAAGCGTTACTGCTGGGCCACCTTCTCCGa > 2:1972895/1‑123 (MQ=255) tACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGACCCTGCAATAGTGAAGCGTTACTGCTGGGCCACCTTCTCCGACTTGCCGTCATAGCGCTTGCGCCATTc > 2:2262166/1‑150 (MQ=255) gccggattggtggtggacgcacatcggtggttgtacaaaggccgcccgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccaaccctgctggctcaaatctgtgaaaccagcgcctccaactgctcctgccgctcagcctgattcagcttggccc > 2:630159‑M1/1‑1 (MQ=255) | GGTCAAAGCGCGGGCGCACCCGCAGTGGTCCACCCTGAATCCCGGGGCCAAGCTGAATCAGGCTGAGCGGCAGGAGCAGTTGGAGGCGCTGGTTTCACAGATTTGAGCCAGCAGGGTTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGCGGCCTTTGTACAACCACCGATGTGCGTCCACCACCAATCCGGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGACCCTGCAATAGTGAAGCGTTACTGCTGGGCCACCTTCTCCGACTTGCCGTCATAGCGCTTGCGCCATTCGGC > NC_002947/5858773‑5859069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |