New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2347864 | 78 (0.880) | 4 (0.050) | 4/236 | NT | 5.2% | coding (28/3084 nt) | PP_2065 | multidrug RND transporter |
? | NC_002947 | = 2347874 | 71 (0.840) | coding (38/3084 nt) | PP_2065 | multidrug RND transporter |
GCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAGTACCCGTTGCTGGAAAGCTCGACCATTACCATCAGCACCGAGTACCCCGGTGCCTCCGCCGAGTTGATGCAGGGTT > NC_002947/2347729‑2348020 | gCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTggcg < 2:826767‑M2/150‑5 (MQ=255) cGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCtg < 2:239203/150‑1 (MQ=255) cGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCtg < 1:689209/150‑1 (MQ=255) ggTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCtgg > 1:83283/1‑150 (MQ=255) ggTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCtgg < 1:577393/150‑1 (MQ=255) gTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCtggt < 2:1541008/150‑1 (MQ=255) tgtccGTGTGGTGTTTTTCGGCCAGTTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCtggtg < 2:750561/147‑1 (MQ=255) tGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCtggtg < 2:342026/150‑1 (MQ=255) cGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCCTCTGGC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTca > 1:1209725/1‑150 (MQ=255) gtgtGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTcag < 2:83283/150‑1 (MQ=255) tggtggTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAACCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACGCATCGCTGCAGGCGCC‑GC‑CAGGTGCTGGCGCTGGTGGTcagcag > 1:2340057/1‑150 (MQ=255) tCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGAAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGatca < 1:826767/150‑1 (MQ=255) aGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGAt > 1:1017300/1‑150 (MQ=255) aGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGAt < 1:2401381/150‑1 (MQ=255) tGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCTTGGCGCAGTACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATggg < 1:896841/150‑1 (MQ=255) aCTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTg > 2:1502509/1‑150 (MQ=255) cTGAGTGATGGCATGCCAGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGt > 1:804767/1‑150 (MQ=255) tGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTgg > 2:1970707‑M2/1‑108 (MQ=255) tGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTgg < 1:1970707‑M2/110‑3 (MQ=255) tGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATg > 1:969650/1‑150 (MQ=255) ggCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATgg < 1:528607/150‑1 (MQ=255) cATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGc < 2:2305572/150‑1 (MQ=255) aTGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCCTCCTGATGGGGCTTTTGGCCAGGTGCa > 2:1945303/1‑150 (MQ=255) ggTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATgggg > 1:2247922/1‑129 (MQ=255) ggTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATgggg < 2:2247922/129‑1 (MQ=255) gTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCtggtg > 2:1720489/1‑101 (MQ=255) gTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCtggtg < 1:1720489/101‑1 (MQ=255) gTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGc < 2:1856797/150‑1 (MQ=255) gTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGAGGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGc < 2:948766/150‑1 (MQ=255) aGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAGTAccc > 2:2136223/1‑150 (MQ=255) aGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CAGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAGTAccc < 2:2340057/150‑1 (MQ=255) ggACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGatcatc < 1:104304/102‑1 (MQ=255) ggACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGatcatc > 2:104304/1‑102 (MQ=255) gACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCCAGCACCGG‑GCgcgcacgaagacgt < 1:1765481‑M2/88‑15 (MQ=255) gACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCCAGCACCGG‑GCgcgcacgaagacgt > 2:1765481‑M2/1‑74 (MQ=255) gCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAGTACCCGTTGc > 1:562628/1‑149 (MQ=255) 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tGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAGTACCCGTTGCTg > 1:352876/1‑148 (MQ=255) tGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAGTACCCGTTGCTg < 2:352876/148‑1 (MQ=255) ccagccagGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAGTACCCGTTGCTGGAAAGCTc > 1:1968077/1‑150 (MQ=255) cagccagGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGtt < 2:370065/116‑1 (MQ=255) cagccagGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGtt > 1:370065/1‑116 (MQ=255) agccagGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAGTACCCGTTGCTGGAAAGCTCGa < 2:2359214/150‑1 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ggagggCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAGTACCCGTTGCTGGAAAGCTCGa < 2:8183/144‑1 (MQ=255) ggagggCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAGTACCCGTTGCTGGAAAGCTCGACCATTa > 1:1644936/1‑150 (MQ=255) gagggCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAGTACCCGTTGCTGGAAAGCTCGACCATTAc < 1:807518/150‑1 (MQ=255) agggCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAGTACCCGTTGCTGGAAAGCTCGACCATTAcc > 2:99723/1‑150 (MQ=255) agggCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAGTACCCGTTGCTGGAAAGCTCGACCATTAcc < 1:2136223/150‑1 (MQ=255) 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c‑gc‑cCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAGTACCCGTTGCTGGAAAGCTCGACCATTACCATCAGCACCGAGTACCCCGGTGCCTCCGCCGAGTTGATg < 1:1945303/150‑1 (MQ=255) cGGTGCTGGCGGTGGCGCTCAGCCGACTGCTCGTAATGCTGGGGCTGTTTGTCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAGTACCCGTTGCTGGAAAGCTCGACCATTACCATCAGCACCGAGTACCCCGGTGCCTCCGCCGAGTTGATGCAgg < 2:23372/150‑1 (MQ=255) cGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGc < 2:401077/74‑1 (MQ=255) cGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGc > 1:401077/1‑74 (MQ=255) cGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAATACCCGTTGCTGGAAAGCTCGACCATTACCATCAGCACCGAGTACCCCGGTGCCTCCGCCGAGTTGATGCAgg > 2:1215905/1‑150 (MQ=255) tGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAGTACCCGTTGCTGGAAAGCTCGACCATTACCATCAGCACCGAGTACCCCGGTGCCTCCGCCGAGTTGATGCAGGGtt < 1:597344/150‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGTGGTCTGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGc < 2:1480897/47‑1 (MQ=255) cTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGc > 1:1480897/1‑47 (MQ=255) tGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAGTACCCGTTGCTGGaaa > 1:1265486/1‑87 (MQ=255) tGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAGTACCCGTTGCTGGaaa < 2:1265486/87‑1 (MQ=255) | GCCCGGTGACCGTGTGGTGGTTTCCGGCCAGCTGAAACTGAGTGATGGCATGCCGGTCGAGCCCGTGGCGCAGGACAGCCTGCAGGCCAGCCAGGGAGGGCGGCAGTCGTGAGGTTTACCGACGTCTTCGTGCGCC‑GC‑CCGGTGCTGGCGCTGGTGGTCAGCAGCCTGATCATCCTGATGGGGCTGTTTGCCATGGGCAAGTTGCCGATCCGCCAGTACCCGTTGCTGGAAAGCTCGACCATTACCATCAGCACCGAGTACCCCGGTGCCTCCGCCGAGTTGATGCAGGGTT > NC_002947/2347729‑2348020 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |