New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_002947 | 5245198 = | 78 (0.880) | 7 (0.080) | 6/230 | NT | 8.9% | coding (557/834 nt) | hmgR | Hmg transcriptional repressor |
? | NC_002947 | 5245249 = | 71 (0.860) | coding (608/834 nt) | hmgR | Hmg transcriptional repressor |
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
ATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTCGATCTTCCATGCCGATGAACATGGGCCGGCGGCGCAGAGCCTGCTCACGGCCGCACGAACCGTGAGCTG > NC_002947/5245100‑5245396 | tgcatcggcatggaagatcgacgtcggcccgaccacggtcatcaccgcggcgatctgccccatggcgttgaataccggcgccgacagcgcatccacccCCGNCATNCGCGNAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCggg > 1:1879014‑M1/99‑150 (MQ=255) ttcatcggcatggaagatcgacgtcggcccgaccacggtcatcaccgcggcgatctgccccatggcgttgaataccggcgccgacagcgcatcacccCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCgggg > 2:345578‑M1/98‑150 (MQ=255) ttCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCgggg > 1:1672737/1‑150 (MQ=255) cgccgcCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGt < 1:487186/150‑1 (MQ=255) gccgccTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTg > 1:2092536/1‑150 (MQ=255) gccTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGAt < 1:1078468/150‑1 (MQ=255) gccTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGAt < 2:1142056/150‑1 (MQ=255) cTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATgc < 1:1310746/150‑1 (MQ=255) cgagcgagAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCgggg > 2:2007385/1‑133 (MQ=255) gcgagAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGcc > 2:966872/1‑150 (MQ=255) agaAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGAt < 1:1024646/133‑1 (MQ=255) agaAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGAt > 2:1024646/1‑133 (MQ=255) aaCCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTAtt > 2:759437/1‑150 (MQ=255) ccAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCaa > 2:1107370/1‑150 (MQ=255) ccAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCaa > 1:697225/1‑150 (MQ=255) cAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAAc < 1:966872/150‑1 (MQ=255) cAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAAc < 1:759437/150‑1 (MQ=255) aGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACGCACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGt > 2:293796/1‑121 (MQ=255) tGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATgg < 1:476077/150‑1 (MQ=255) cgcgACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGCGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATgggg < 2:1173461/150‑1 (MQ=255) tcaccgcggcgatctgccccatggcgttgaataccggcgccgacagcgcatccacccCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCggg > 2:911245‑M1/58‑109 (MQ=255) tcaccgcggcgatctgccccatggcgttgaataccggcgccgacagcgcatccacccCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCggg < 1:911245‑M1/52‑1 (MQ=255) cgACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCa < 2:697225/150‑1 (MQ=255) cgACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCa < 1:1400298/150‑1 (MQ=255) gACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAg > 1:2083096/1‑150 (MQ=255) gggggACTGGCCGCTTTGCAACAAGCCGCCAGTGACTATCACGCACTGCTGGCCGGCAGCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATc < 2:2337317/149‑1 (MQ=255) gggAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCAGGGGTGGATGCGCTATGGTCCCCAGTTTGCAACGCCATTGGGCAGATcg > 2:633041/1‑150 (MQ=255) gggAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTCATGAAGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATcg > 2:677300/1‑150 (MQ=255) gcgAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATcg > 1:1667541/3‑150 (MQ=255) ggCCGCTTTGCAACAACCCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGt < 1:157786/150‑1 (MQ=255) gCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACCCTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGtg < 1:2326826/150‑1 (MQ=255) gCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACAGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGtg > 1:465465/1‑150 (MQ=255) tGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCg > 2:1861472/1‑150 (MQ=255) acaaACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGt > 2:526722/1‑150 (MQ=255) caaACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTAGGTGTCAATTTTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTc > 1:263197/1‑150 (MQ=255) caaACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTAGCCGGCATCCGCGAAAAGGGGCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGCTCCCGGGGGTGGATTCGCTGTCGACGCCGGTATTCAACGCCAAGAGGCAGATCGCCGCGGGGATGACCGTGGtt > 2:735664/1‑149 (MQ=255) aaCCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCTCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCgg > 2:1391652/1‑150 (MQ=255) gCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTc < 2:209456/92‑1 (MQ=255) gCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTc > 1:209456/1‑92 (MQ=255) tATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCaa < 2:1371844/98‑1 (MQ=255) tATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCaa > 1:1371844/1‑98 (MQ=255) tATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTCGATc > 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cacacTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAGGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCGGCGGTGGTGACGGGGGTCGGGCCGACGTCGATCTTCCa > 1:1942375/1‑150 (MQ=255) acTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTCGATCTTCCATGc > 1:59293/1‑150 (MQ=255) tgctgGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCAGTGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTCGATCTTCCATGCCg > 1:1603311/1‑150 (MQ=255) ccccggcatcagcaggccatgcacatggtgcaggcccttttcgcggatgccggGGGT‑GATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTCGATCTTCCATGCCGATGaa > 2:345578‑M2/54‑150 (MQ=255) cccggcatcagcaggccatgcacatggtgcaggcccttttcgcggatgccggGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGtga < 1:911245‑M2/57‑1 (MQ=255) cccggcatcagcaggccatgcacatggtgcaggcccttttcgcggatgccggGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGtga > 2:911245‑M2/53‑109 (MQ=255) 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ccTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTCGATCTTCCATGCCGATGAACATGGGCCGGCGGCGCAGAGCCTGCTCACGGCCGCACg > 2:2304533/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTCGATCTTCCATGCCGATGAACATGGGCCGGCGGCGCAGAGCCTGCTCACGGCCGCACg > 1:235223/1‑150 (MQ=255) tgctgATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTCGATCTTCCATGCCGATGAACATGGGCCGGCGGCGCAGAGCCTGCTCACGGCCGCACGaa < 2:853458/150‑1 (MQ=255) gctgATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTCGATCTTCCATGCCGATGAGCATGGGCCGGCGGCGCAGAGCCTGCTCACGGCCGCACGAAc > 2:1647623/1‑150 (MQ=255) gctgATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTCGATCTTCCATGCCGATGAACATGGGCCGGCGGCGCAGAGCCTGCTCACGGCCGCACGAAc < 1:1647623/150‑1 (MQ=255) tgATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTc < 1:2274160/88‑1 (MQ=255) tgATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTc > 2:2274160/1‑88 (MQ=255) tgATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTCGATCTTCCATGCCGATGAACATGGGCCGGCGGCGCAGAGCCTGCTCACGGCCg < 1:2337971/141‑1 (MQ=255) tgATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTCGATCTTCCATGCCGATGAACATGGGCCGGCGGCGCAGAGCCTGCTCACGGCCg > 2:2337971/1‑141 (MQ=255) atgccggGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTg > 1:2081505‑M2/8‑72 (MQ=255) atgccggGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTg < 2:2081505‑M2/65‑1 (MQ=255) tgccggGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTCGATCTTCCATGCCGATGAACATGGGCCGGCGGCGCAGAGCCTGCTCACGGCCGCACGAACCGTGa < 1:1107370‑M2/144‑1 (MQ=255) gccggGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTCGATCTTCCATGCCGATGAACATg < 1:1986801‑M2/102‑1 (MQ=255) gccggGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTCGATCTTCCATGCCGATGAACATg > 2:1986801‑M2/6‑107 (MQ=255) gccggGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTCGATCTTCCATGCCGATGAACATGGGCCGGCGGCGCAGAGCCTGCTCACGGCCGCACGAACCGTGAg > 2:1576598‑M2/6‑150 (MQ=255) ggGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTCGATCTTCCATGCCGATGaa > 2:799696‑M2/3‑100 (MQ=255) ggGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTCGATCTTCCATGCCGATGaa < 1:799696‑M2/98‑1 (MQ=255) | ATTCGCCGCCTACCTGCCCGAGCGAGAAACCCAGGAGCTGCGCGACAGGGAACTGGCCGCTTTGCAACAAACCGCCAGTGACTATCACACACTGCTGGCCGGCATCCGCGAAAAGGGCCTGCACCATGTGCATGGCCTGCTGATGCCGGGGGTGGATGCGCTGTCGGCGCCGGTATTCAACGCCATGGGGCAGATCGCCGCGGTGATGACCGTGGTCGGGCCGACGTCGATCTTCCATGCCGATGAACATGGGCCGGCGGCGCAGAGCCTGCTCACGGCCGCACGAACCGTGAGCTG > NC_002947/5245100‑5245396 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |