New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1843152 | 0 (0.000) | 24 (0.780) | 21/258 | 0.6 | 64.0% | coding (1684/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
? | NC_002947 | 2177745 = | 27 (0.880) | intergenic (+103/‑63) | PP_5485/PP_1931 | GNAT family acetyltransferase/hypothetical protein |
GGTGTCACCACAGGTAACTCGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGAT > NC_002947/2177603‑2177885 | attggcagtggtaacgctcgagctgctgatgataatggcccagttgctcgggcgacaggttacccaggttggcaccgagcaccgcgaactcgaagggcaggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACtgt > 2:335688‑M2/143‑150 (MQ=255) gtCACCACAGGTAACTCGCCTCCACGGACGTCTGTGAGTTAGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGATAGATGTCGAGATGAATCGACCTCGTTTTGGTAGCCACCTCGACCGGCTGCTAATGGTCCAGACtgtgtg > 2:135598/1‑150 (MQ=255) tggtaacgctcgagctgctgatgataatggcccagttgctcgggcgacaggttacccaggttggcaccgagcaccgcgaactcgaagggcaggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACTGTGTGAAAAc < 1:358665‑M2/16‑1 (MQ=255) gctcgagctgctgatgataatggcccagttgctcgggctacaggttacccaggttggcaccgagcaccgcgaactcgaagggcaggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCcgcg < 1:607355‑M2/23‑1 (MQ=255) ccTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTc > 2:207808/1‑150 (MQ=255) aGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCCCGGTTGTCTAACCTTCTGgtcg > 2:380649/1‑150 (MQ=255) tGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGc > 2:87313/1‑123 (MQ=255) tGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGc < 1:87313/123‑1 (MQ=255) cccagttgctcgggcgacaggttacccaggttggcaccgagcaccgcgaactcgaagggcaggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACtgtgt > 2:43927‑M2/105‑114 (MQ=255) cccagttgctcgggcgacaggttacccaggttggcaccgagcaccgcgaactcgaagggcaggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACtgtgt < 1:43927‑M2/10‑1 (MQ=255) cccagttgctcgggcgacaggttacccaggttggcaccgagcaccgcgaactcgaagggcaggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGtcgtcg > 1:463808‑M2/105‑150 (MQ=255) ttcgttcTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGa > 1:506641/1‑150 (MQ=255) tcAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGACCTGAATCGACCTCGTTTTGGTAGGCACCGCGAACGTCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTggg < 1:56806/150‑1 (MQ=255) cgggcgacaggttacccaggttggcaccgagcaccgcgacctcgaagcgaagtccggcctggctggctgcctgccccccctgcagcaactggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTggg < 1:181914‑M2/56‑1 (MQ=255) gtgtCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGa < 1:267061/148‑1 (MQ=255) gtgtCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGa > 2:267061/1‑148 (MQ=255) gttacccaggttggcaccgagcaccgcgaactcgaagggcaggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACtgtgt < 2:241763‑M2/10‑1 (MQ=255) gttacccaggttggcaccgagcaccgcgaactcgaagggcaggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACtgtgt > 1:241763‑M2/85‑94 (MQ=255) gttacccaggttggcaccgagcaccgcgaactcgaagggcaggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATg < 1:183359‑M2/66‑1 (MQ=255) cAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTAAAACTGAATCAACCTCGTTTTCGTAGACACATCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGAGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTACTGGTCGTAGTGACCGTGGGTACAATCATg > 2:281718/1‑150 (MQ=255) ttacccaggttggcaccgagcaccgcgaactcgaagggcaggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGa < 2:463808‑M2/67‑1 (MQ=255) ccaggttggcaccgagcaccgcgaactcgaagggcaggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCg > 1:487750‑M2/80‑150 (MQ=255) ttggcaccgagcaccgcgaactcgaagggcaggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCa > 2:447481‑M2/75‑150 (MQ=255) accgagcaccgcgaactcgaagggcaggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGaa > 1:542739‑M2/70‑150 (MQ=255) ccgagcaccgcgaactcgaagggcaggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAg < 2:25144‑M2/82‑1 (MQ=255) cgagcaccgcgaactcgaagggcaggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAgg > 1:480494‑M2/68‑150 (MQ=255) gcaccgcgaactcgaagggcaggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGa < 2:480494‑M2/86‑1 (MQ=255) tCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGc > 1:662536/1‑150 (MQ=255) gaagggcaggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAg < 1:447481‑M2/99‑1 (MQ=255) gAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAg > 1:228867/1‑150 (MQ=255) aagggcaggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGa < 2:403622‑M2/86‑1 (MQ=255) aagggcaggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGa > 1:403622‑M2/51‑136 (MQ=255) caggccggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACa < 1:335688‑M2/105‑1 (MQ=255) cggcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATtgct > 2:165760‑M2/41‑150 (MQ=255) aCCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGCGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATtgct > 2:48789/1‑150 (MQ=255) ccTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATtgctg > 1:701343/1‑150 (MQ=255) ccTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATtgctg > 1:279257/1‑150 (MQ=255) gcctggctggcggcctgcaccccctgcagcaactggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATtgctgc > 1:27713‑M2/39‑150 (MQ=255) tCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAAcc < 2:671103/71‑1 (MQ=255) tCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAAcc > 1:671103/1‑71 (MQ=255) cGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGc < 1:413951/150‑1 (MQ=255) gtggACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACAtt < 2:504605/133‑1 (MQ=255) gtggACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACAtt > 1:504605/4‑136 (MQ=255) tAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCt < 1:207808/150‑1 (MQ=255) tAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCt > 1:337236/1‑150 (MQ=255) cTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGgacgac > 1:256554/1‑150 (MQ=255) gAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCg < 1:237582/132‑1 (MQ=255) gAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCg > 2:237582/1‑132 (MQ=255) cccctgcagcaactggtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTAc < 1:51585‑M2/132‑1 (MQ=255) aaCGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACg < 1:211435/150‑1 (MQ=255) cAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGAt < 1:135598/150‑1 (MQ=255) gtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACa > 2:221889‑M2/4‑108 (MQ=255) gtcCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACa < 1:221889‑M2/105‑1 (MQ=255) | GGTGTCACCACAGGTAACTCGCCTCCACGGACGTCAGTGAGTTCGTTCTCAGGTGTCCCAGGAACGAGTCCTGCGCCCCCCGAAAGATGTCGAACTGAATCGACCTCGTTTTCGTAGACACCTCGAACGGCTGCAAAGGGTCCAGACTGTGTGAAAACGCCCGCGGTTGTCTAACCTTCTGGTCGTCGTGACCGTGGGGACAATCATGAAGCGATTCATCGAAGGTGAGGCTCGAACGCAGGTTACATTGCTGCCGGAGTGCCTGGACGACTACGTCACCGAT > NC_002947/2177603‑2177885 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |