| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1838113 = | 40 (1.090) | 9 (0.270) | 7/252 | 3.0 | 20.7% | intergenic (+18/+86) | PP_1642/PP_1643 | hypothetical protein/membrane protein |
| ? | NC_002947 | 1838195 = | 32 (0.940) | intergenic (+100/+4) | PP_1642/PP_1643 | hypothetical protein/membrane protein | |||||
GTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCG > NC_002947/1837964‑1838262 | gTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCCGGCTCTGGTGTAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGTGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCAt < 1:739289/150‑1 (MQ=255) gcgtgctggcggcgttcgacccggcgcgggcggtattcggctggcttgaagtgctggtgagcctggggctgttcattgccgggctactgtacgtgcgctggaagttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTc > 2:447108‑M1/148‑150 (MQ=255) tgctggcggcgttcgacccggcgcgggcggtattcgcctctcttgaagtgctggtgagcctggggctgttcattgccgggctactgtacgtgcgctggaagttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTcgcg > 1:641989‑M1/145‑150 (MQ=255) gctggcggcgttcgacccggcgcgggcggtattcggctggcttgaagtgctggtgagcctggggctgttcattgccgggctactgtacgtgcgctggaagttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTCGCgg > 1:647580‑M1/144‑150 (MQ=255) gctggcggcgttcgacccggcgcgggcggtattcggctggcttgaagtgctggtgagcctggggctgttcattgccgggctactgtacgtgcgctggaagttccagcatgagaggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTCGCgg > 1:832960‑M1/144‑150 (MQ=255) aaGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAATGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCa > 2:448628/1‑150 (MQ=255) agcagcCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCAt < 2:494890/150‑1 (MQ=255) agcCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCAt > 2:627848/1‑147 (MQ=255) agcCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCAt < 1:627848/147‑1 (MQ=255) aaCCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCt > 2:82907/1‑150 (MQ=255) ccagcGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCcaca < 2:609904/150‑1 (MQ=255) tctGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCcaca < 2:214269/135‑1 (MQ=255) tctGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCcaca > 1:214269/1‑135 (MQ=255) tctGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGATCCCATTCCCGGGCATGCCCCCCCCCACAGTAATcgcaccgcac > 2:165402/1‑150 (MQ=255) ccagGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAAAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCNTNCNCGGGCATGCCCGCTNNCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCt < 1:572636/149‑1 (MQ=255) cagGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCACTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATACGCGGGCAGGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCtg < 2:783152/150‑1 (MQ=255) cagGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGACCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCtg > 1:309239/1‑150 (MQ=255) agGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCtga > 2:572636/1‑149 (MQ=255) cAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTAc < 1:448628/150‑1 (MQ=255) cttgggctgttcattgccgggctactgtacgtgcgctggaagttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGa > 1:680436‑M1/86‑150 (MQ=255) ctggggcttgtcattgccgggctactgtacgtgcgctggaagttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGa > 1:106940‑M1/86‑150 (MQ=255) ctggggctgttcattgccgggctactgtacgtgcgctggaagttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGa > 2:59149‑M1/86‑150 (MQ=255) tGCAGAGCGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTAAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCgg < 2:341929/150‑1 (MQ=255) agagCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTg < 1:573426/150‑1 (MQ=255) ggcCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGaaa > 2:844294/1‑150 (MQ=255) gcCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGaaaa < 1:82907/150‑1 (MQ=255) cGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAAt > 2:330664/1‑150 (MQ=255) tacgtgcgctggaagttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCtgt < 2:389915‑M1/61‑1 (MQ=255) tacgtgcgctggaagttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCtgt > 1:389915‑M1/59‑119 (MQ=255) ccAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATcgca < 2:887222/90‑1 (MQ=255) ccAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATcgca > 1:887222/1‑90 (MQ=255) aGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATcgcaccg < 1:182406/91‑1 (MQ=255) aGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATcgcaccg > 2:182406/1‑91 (MQ=255) gTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGCAATTGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCGGTGGGAGGGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTcg > 1:290032/1‑150 (MQ=255) ggTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTcgccc > 2:21947/1‑150 (MQ=255) gaagttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGccc < 2:460474‑M1/77‑1 (MQ=255) gaagttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGccc > 1:460474‑M1/48‑124 (MQ=255) gttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCggg > 2:847378‑M1/45‑114 (MQ=255) gttccagcatgagcggcgcatggcgggcgaaggcagttagatttTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCggg < 1:847378‑M1/70‑1 (MQ=255) cTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATgc < 1:330664/150‑1 (MQ=255) cgcACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGcgccg < 1:844294/150‑1 (MQ=255) acacCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTc > 2:500269/1‑150 (MQ=255) cGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTgg < 1:492395/93‑1 (MQ=255) cGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTgg > 2:492395/1‑93 (MQ=255) ccATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTcgcccgc < 1:352950/128‑1 (MQ=255) ccATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTcgcccgc > 2:352950/1‑128 (MQ=255) aGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTcg < 1:634354/117‑1 (MQ=255) aGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTcg > 2:634354/1‑117 (MQ=255) aGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATgcgc > 1:753830/1‑129 (MQ=255) aGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATgcgc < 2:753830/129‑1 (MQ=255) ttGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCa < 1:21947/150‑1 (MQ=255) ttGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCa > 2:290185/1‑150 (MQ=255) tCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTACCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACGGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTa > 1:863843/1‑150 (MQ=255) TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCg > 1:290185‑M1/1‑150 (MQ=255) | GTGATCGACAAGCAGCCAACCAGCCAGCGCGACCTGGCTCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCG > NC_002947/1837964‑1838262 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |