New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4641032 | 29 (0.790) | 7 (0.210) | 7/248 | 3.0 | 20.8% | coding (817/1383 nt) | gabP‑IV | gamma‑aminobutyrate permease |
? | NC_002947 | = 4641048 | 27 (0.810) | coding (801/1383 nt) | gabP‑IV | gamma‑aminobutyrate permease |
TGCGCGACGCCGTGTAGAGCCCCGAGTTCATGCAACTTGTCACCGCCACCAGCACCACCAGGTCAACCAGCAACTTGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCGGTACACCACCAGGTTGGTGGCGCGGCGAATCTTGTCTTTCGGGTTGGCGGTTTCGTCAGCCGCGATGGTGACAATTTC > NC_002947/4640912‑4641191 | tGCGCGACGCCGTGTAGAGCCCCGAGTTCATGCAACTTGTCACCGCCACCAGCACCACCAGGTCAACCAGCAACTTGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAgg > 1:709869/1‑150 (MQ=255) gACGCCGTGTAGAGCCCCGAGTTCATGCAACTTGTCACCGCCACCAGCACCACCAGGTCAACCAGCAACTTGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGgggtcgttccag > 2:395478‑M2/1‑132 (MQ=255) gACGCCGTGTAGAGCCCCGAGTTCATGCAACTTGTCACCGCCACCAGCACCACCAGGTCAACCAGCAACTTGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGgggtcgttccag < 1:395478‑M2/144‑13 (MQ=255) tgtAGAGCCCCGAGTTCATGCAACTTGTCACCGCCACCAGCACCACCAGGTCAACCAGCAACTTGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGaca > 2:85933/1‑150 (MQ=255) gagCCCCGAGTTCATGCAACTTGTCACCGCCACCAGCACCACCAGGTCAACCAGCAACTTGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGAcaccac > 2:829860/1‑150 (MQ=255) ccccGAGTTCATGCAACTTGTCACCGCCACCAGCACCACCAGGTCAACCAGCAACTTGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAg < 2:75880/150‑1 (MQ=255) ttCATGCAACTTGTCACCGCCACCAGCACCACCAGGTCAACCAGCAACTTGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGCACACGCTCCAACGATCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATc < 2:446993/150‑1 (MQ=255) aCCGCCACCAGCACCACCAGGTCAACCAGCAACTTGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTagaag > 2:82711/1‑150 (MQ=255) ccaccaGCACCACCAGGTCAACCAGCAACTTGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATgg > 1:663818/1‑150 (MQ=255) ccaccaGCACCACCAGGTCAACCAGCAACTTGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATgg > 1:631133/1‑150 (MQ=255) caGGTCAACCAGCAACTTGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCGGTacac < 1:548049/150‑1 (MQ=255) caGGTCAACCAGCAACTTGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCGGTacac < 2:663818/150‑1 (MQ=255) gTCAACCAGCAACTTGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCGGTAcaccac > 1:586763/1‑150 (MQ=255) aaCCAGCAACTTGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCGGTACACCACCAg > 2:591943/1‑150 (MQ=255) aCCAGCAACTTGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCGGTACAccacca < 2:134334/148‑1 (MQ=255) aCCAGCAACTTGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCGGTACAccacca > 1:134334/1‑148 (MQ=255) gCAACTTGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCGGTACACCACCAGGTtgg > 1:317799/1‑150 (MQ=255) ttGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCGGTACACCACCAGGTTGGTGgcg > 2:836972/1‑150 (MQ=255) cGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCGGTACACCACCAGGTTGGTGGCGCGGCGAAt < 1:836972/150‑1 (MQ=255) gTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCGGTACACCACCAGGTTGGTGGCGCGGCGAATCTTGTc > 1:261022/1‑150 (MQ=255) aGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGgggtcgttccagcgtgtactggaagtgctgaacgtgccgggcgccaagttgctggttgacctggtggtgctggtggcggtgacaagttgcatgaactcggggctc < 1:167863‑M2/150‑106 (MQ=255) aCTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGCCGACTAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCGGTACACCACCAGGTTGGTGGCGCGGCGAATCTTGTCTTTCggg < 1:9599/150‑1 (MQ=255) gTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCGGTACACCACCAGGTTGGTGGCGCGGCGAATCTTGTCTTTCGGGTTGGCgg < 1:829860/150‑1 (MQ=255) gCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGgggtcgttccagcgtgtactggaagtgctgaacgtgccgggcgccaagttgctggttgacctggtggtgctggtggcggtgacaagttgcatgaactcg < 1:809036‑M2/128‑100 (MQ=255) gCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGgggtcgttccagcgtgtactggaagtgctgaacgtgccgggcgccaagttgctggttgacctggtggtgctggtggcggtgacaagttgcatgaactcg > 2:809036‑M2/1‑29 (MQ=255) cTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCGGTac < 2:547360/97‑1 (MQ=255) cTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCGGTac > 1:547360/1‑97 (MQ=255) gACCCTACCGCTTTGAGCCCGgggtcgttccagcgtgtactggaagtgct < 1:36675‑M2/50‑30 (MQ=255) gACCCTACCGCTTTGAGCCCGgggtcgttccagcgtgtactggaagtgct > 2:36675‑M2/1‑21 (MQ=255) cccTACCGCTTTGAGCCCGgggtcgttccagcgtgtactggaagtgctgaacgtgccgggcgccaagttgctggttgacctggtggtgctggtggcggtgacaagttgcatgaactcggggctctacacggcgtcgcgcatgctctattc < 1:407427‑M2/150‑132 (MQ=255) cccTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCGGTACACCACCAGGTTGGTGGCGCGGCGAATCTTGTCTTTCGGGTTGGCGGTTTCGTCAGCCGCGAt < 1:591943/150‑1 (MQ=255) tACCGCTTTGAGCCCGgggtcgttccagcgtgtactggaagtgctgaacgtgccgggcgccaagttgctggttgacctggtggtgctggtggcggtgacaagttgcatgaactcggggctctacacggcgtcgcgcatgctctattcgct > 2:167863‑M2/1‑16 (MQ=255) tACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCGGTACACCACCAGGTTGGTGGCGCGGCGAATCTTGTCTTTCGGGTTGGCGGTTTCGTCAGCCGCGATGGt < 1:82711/150‑1 (MQ=255) gAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCGGTACACCACCAGGTTGGTGGCGCGGCGAATCTTGTCTTTCGGGTTGGCGGTTTCGTCAGCCGCGATGGTGACAATTTc < 2:709869/150‑1 (MQ=255) cccGGGGTCGTTACAGGCGACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCg < 1:393477/69‑1 (MQ=255) cccGGGGTCGTTACAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCg > 2:393477/1‑69 (MQ=255) | TGCGCGACGCCGTGTAGAGCCCCGAGTTCATGCAACTTGTCACCGCCACCAGCACCACCAGGTCAACCAGCAACTTGGCGCCCGGCACGTTCAGCACTTCCAGTACACGCTGGAACGACCCTACCGCTTTGAGCCCGGGGTCGTTCCAGGCCACCAGCGACACCACCAGGAAGATCGACGCCAGGTAGAAGATGGCGATGCGGTACACCACCAGGTTGGTGGCGCGGCGAATCTTGTCTTTCGGGTTGGCGGTTTCGTCAGCCGCGATGGTGACAATTTC > NC_002947/4640912‑4641191 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |