| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 3464300 = | 100 (1.370) | 6 (0.100) | 6/200 | NT | 7.5% | coding (101/1929 nt) | PP_3078 | ABC transporter substrate‑binding protein |
| ? | NC_002947 | 3464387 = | 68 (1.160) | coding (14/1929 nt) | PP_3078 | ABC transporter substrate‑binding protein | |||||
GCCCGGTGAAGACCCAGTTCGGCTACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/3464472‑3464300‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttcgcgggtaaacccgctcccacaGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGTCTTCACCGGGCCTTGCACGGTGTTGACCGGTGCGCTGAAGACCACGGTGTCGAATTCCTTGACCATCTGGCCTG > NC_002947/3464387‑3464535 GCCCGGTGAAGACCCAGTTCGGCTACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGCAACCCACGGTGCCTGCTCCGACGCAT > 2:450663/1‑150 CCGGTGAAGACCCAGTTCGGCTACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGTGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCGCCGACGCATTC > 1:399740/1‑150 GTGAAGACCCAGTTCGGCTACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCt < 2:1836785/150‑2 GTGAAGACCCAGTTCGGCTACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCG > 1:817616/1‑150 TGAAGACCCAGTTCGGCTACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGG < 2:571061/150‑1 GAAGACCCAGTTCGGCTACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGG > 1:929264/1‑150 agtCCCAGTTGGGCTACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGAATGATTCACCCGTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTA < 2:817616/147‑1 CCCAGTTCGGCTACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAAC > 1:84324/1‑150 CCAGTTCGGCTACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAACC > 2:595605/1‑150 CCAGTTCGGCTACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAACC > 2:1804158/1‑150 CCAGTTCGGCTACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTCACCCGCGCAGAGGCCAGCCCAGACAACCTCGTTGCCCGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAACC > 2:260224/1‑150 CAGTTCGGCTACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAACCC < 1:961947/150‑1 GTTCGGCTACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGC < 1:447140/150‑1 GGCTACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCC > 1:1332434/1‑150 GCTACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCCA > 1:1756535/1‑150 TACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCTCCCCTGTGGTGGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCTAGACAAGGAAAGCTCGTTGCCTGCTCCGACTCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACA > 2:291448/1‑150 TACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACA > 2:726405/1‑150 TACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACA > 1:878461/1‑150 CCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCC < 2:1025213/141‑1 CCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCC > 1:1025213/1‑141 CTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAAC > 1:1348606/1‑77 CTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAAC < 2:1348606/77‑1 GAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGC > 2:177846/1‑63 GAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGC < 1:177846/63‑1 TTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGT < 1:1003679/150‑1 TTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAAGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGT > 2:1003679/1‑150 GCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGG < 1:1580899/141‑1 GCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGG > 2:1580899/1‑141 AGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTG < 1:1917473/124‑1 AGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTG > 2:1917473/1‑124 TTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGTCTTCACCGGGCCTTGCACGGTGTTGACCGGTGCGCTGAAGACCACGGTGTC < 1:905767/150‑1 GTAAACCCGCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGTGGTAAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGTCTTCACCGGGCCTTGCACGGTGTTGACCGGTGCGCTGAAGACCACGGTGTCGAATTCC > 1:1571435/1‑150 TAAACCCGCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGTCTTCACCGGGCCTTGCACGGTGTTGACCGGTGCGCTGAAGACCACGGTGTCGAATTCCT > 2:1497626/1‑150 AAACCCGCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGTCTTCACCGGGCCTTGCACGGTGTTGACCGGTGCGCTGAAGACCACGGTGTCGAATTCCTT < 2:1082102/150‑1 ACCCGCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGTCTTCACCGGGCCTTGCACGGTGTTGACCGGTGCGCTGAAGACCACGGTGTCGAATTCCTTGA < 1:571061/150‑1 ACCCGCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGTCTTCACCGGGCCTTGCACGGTGTTGACCGGTGCGCTGAAGACCACGGTGTCGAATTCCTTGA > 2:683281/1‑150 CCGCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGTCTTCACCGGGCCTTGCACGGTGTTGACCGGTGCGCTGAAGACCACGGTGTCGAATTCCTTGACC > 1:400507/1‑150 CCGCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGTCTTCACCGGGCCTTGCACGGTGTTGACCGGTGCGCTGAAGACCACGGTGTCGAATTCCTTGACC > 1:1179454/1‑150 CCGCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTA > 2:515017/1‑74 CCGCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTA < 1:515017/74‑1 CGCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGTCTTCACCGGGCCTTGCACGGTGTTGACCGGTGCGCTGAAGACCACGGTGTCGAATTCCTTGACCA > 2:1082920/1‑150 CGCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGTCTTCACCGGGCCTTGCACGGTGTTGACCGGTGCGCTGAAGACCACGGTGTCGAATTCCTTGACCA > 1:190692/1‑150 GCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTG < 2:1147404/45‑1 GCTCCCACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTG > 1:1147404/1‑45 CACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGG > 2:755380/1‑78 CACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGG < 1:755380/78‑1 CACAGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGATGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGTCTTCACCGGGCCTTGCACGGTGTTGACCGGTGCGCTGAAGACCACGGTGTCGAATTCCTTGACCATCTGGC > 1:1473127/1‑150 AGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGTCTTCACCGGGCCTTGCACGGTGTTGACCGGTGCGCTGAAGACCACGGTGTCGAATTCCTTGACCATCTGGCCTG < 2:961947/150‑1 AGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTACATTGGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGTCTTCACCGGGCCTTGCACGGTGTTGACCGGTGCGCTGAAGACCACGGTGTCGAATTCCTTGACCATCTGGCCTG < 1:1884429/150‑1 GCCCGGTGAAGACCCAGTTCGGCTACCACCTGCTGGAAGTGACCAGCCGCCAGGACTGATTCACCCCTCCCGGTGATCAGCCCCCCTGTGGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGACCAGACAACCTCGTTGCCTGCTCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCCACA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/3464472‑3464300‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttcgcgggtaaacccgctcccacaGGGGGGCTGATCACCGGGAGGGGTGAATCAGTCCTGGCGGCTGGTCACTTCCAGCAGGTGGTAGCCGAACTGGGTCTTCACCGGGCCTTGCACGGTGTTGACCGGTGCGCTGAAGACCACGGTGTCGAATTCCTTGACCATCTGGCCTG > NC_002947/3464387‑3464535 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |