| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_002947 | 332589 = | 95 (1.300) | 5 (0.070) | 5/238 | NT | 5.3% | coding (100/213 nt) | PP_0273 | hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 332612 = | 89 (1.270) | coding (77/213 nt) | PP_0273 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGCCATGCTCATCCTCCCTCAGGGCTGCCTGTTCTGAACGTAAACTCCTCGCCCAGCCCGTC > NC_002947/332440‑332738 | aatggattgatgcccgtcaaacgacgggctgggcgaggagtttacgttcagaacaggcagccctgagggaggatgagcatggccaagagattccccacaaaccctcgccaccccgagcgaatctgctggggttgcgacctgtactgccct > 1:864863‑M1/150‑150 (MQ=255)aatggattgatgcacgtcaaacgacgggatgggcaaggaggttacgttcagaacaggcagctctgagggaggatgagcatggccaagagattccccacaaaccctcgccaccccgagcgaatctgctggggttgcgacctgtactgccct < 2:1677492‑M1/1‑1 (MQ=255) atggattgatgcccgtcaaacgacgggctgggcgaggagtttacgttcagaacaggcagccctgagggaggatgagcatggccaagagattccccacaaaccctcgccaccccgagcgaatctgctggggttgcgacctgtactgccctg < 1:1041370‑M1/2‑1 (MQ=255) aaGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGcc > 2:71836/1‑150 (MQ=255) ggCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCTTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCcac > 1:372328/1‑150 (MQ=255) ccTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAg < 1:1093977/150‑1 (MQ=255) gggCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAgcgc < 1:1863032/150‑1 (MQ=255) ggCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGcc > 1:1677689/1‑150 (MQ=255) aacgacgggctgggcgaggagtttacgttcagaacaggcagccctgagggaggatgagcatggccaagagattccccacaaaccctcgccaccccgagcgaatctgctggggttgcgacctgtactgcccTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTg < 2:1709039‑M1/20‑1 (MQ=255) cgacgggctgggcgaggagtttacgttcagaacaggcagccctgagggaggatgagcatggccaagagattccccacaaaccctcgccaccccgagcgaatctgctggggttgcgacctgtactgcccTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTggc > 1:1709039‑M1/129‑150 (MQ=255) cAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTggca < 1:71836/150‑1 (MQ=255) gCNCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTNGCCCTGGATCAANCGGCTTNTNCAACTGGCCCTCAAACCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGAATGGTCCGGCCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCCCCTTgccagggcag > 1:1292260/1‑150 (MQ=255) gCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTggcagggcag > 2:480315/1‑150 (MQ=255) cccTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGt > 1:895000/1‑150 (MQ=255) tCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAgg > 2:835214/1‑150 (MQ=255) aCCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGc > 2:1344393/1‑150 (MQ=255) ccTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCa > 1:707050/1‑150 (MQ=255) cTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGCTGCATAGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCaa > 1:513570/1‑150 (MQ=255) cTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCaa > 1:323850/1‑150 (MQ=255) tGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAAc < 1:534353/150‑1 (MQ=255) tGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAAc < 2:793101/150‑1 (MQ=255) tACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCaa < 2:1121255/142‑1 (MQ=255) tACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCaa > 1:1121255/1‑142 (MQ=255) tACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCCACCCcagca > 1:1632189/1‑150 (MQ=255) tACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCcagca > 2:1612171/1‑150 (MQ=255) tACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCcagca > 1:505817/1‑150 (MQ=255) aCCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGATCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGACAGTACAGGTCGCAACCCcagcag > 2:1564166/1‑150 (MQ=255) cGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGAt > 2:249994/1‑150 (MQ=255) cTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTTGCAGGGCAGTACAg > 2:1495280/1‑124 (MQ=255) cTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTTGCAGGGCAGTACAg < 1:1495280/124‑1 (MQ=255) cTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCgg < 2:895000/150‑1 (MQ=255) cTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCgg > 2:631061/1‑150 (MQ=255) tGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCggg < 1:249994/150‑1 (MQ=255) tGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCggg < 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tCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAT‑GGTGGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGCCATGCTCATcctccct > 1:1505500/1‑150 (MQ=255) gCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGCCAt < 2:1415696/135‑1 (MQ=255) gCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGCCAt > 1:1415696/1‑135 (MQ=255) cAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCCCTTGGCCATGCTCATCCTCCCTCAgg > 2:359070/1‑150 (MQ=255) aaaCAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGTAATCTCTTGGCCATGCTCATCCTCCCTCAggg < 2:428898/150‑1 (MQ=255) aGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGCCATGCTCATCCTCCCTCAGGGCTGc < 1:363163/150‑1 (MQ=255) aGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGCCATGCTCATCCTCCCTCAGGGCTGc < 2:707050/150‑1 (MQ=255) tCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGc > 2:392010/1‑122 (MQ=255) tCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGc < 1:392010/122‑1 (MQ=255) cACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGCCATGCTCATCCTCCCTCAGGGCTGCCTGtt < 2:505817/150‑1 (MQ=255) cACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGCCATGCTCATCCTCCCTCAGGGCTGCCTGtt > 2:87707/1‑150 (MQ=255) aCCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGCCATGCTCATCCTCCCTCAGGGCTGCCTGTTc > 2:1041370/1‑150 (MQ=255) ccGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCGGGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGCCATGCTCATCCTCCCTCAGGGCTGCCTGTTCt < 1:1564166/150‑1 (MQ=255) cGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGCCATGCTCATCCTCCCTCAGGGCTGCCTGTTCTg < 1:1310981/150‑1 (MQ=255) ggATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGCCATGCTCATCCTCCCTCAGGGCTGCCTGTTCTGa < 2:684697/150‑1 (MQ=255) tCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGCCATGCTCATCCTCCCTCAGGGCTGCCTGTTCTGAACGTAAActc < 2:1704692/150‑1 (MQ=255) acctgtactgcccTGCCAAGGCGCTAGC‑CTGTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGCCATGCTCATCCTCCCTCAGGGCTGCCTGTTCTGAACGTAAActcct < 1:257607‑M1/137‑1 (MQ=255) ggTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGCCATGCTCATCCTCCCTCAGGGCTGCCTGTTCTGAACGTAAActcctc < 2:127821/150‑1 (MQ=255) ccATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGCCATGCTCATCCTCCCTCAGGGCTGCCTGTTCTGAACGTAAACTCCTCGCCCAGcc < 2:1225878/150‑1 (MQ=255) ttGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCAAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGCCATGCTCATCCTCCCTCAGGGCTGCCTGTTCTGAACGTAAACTCCTCGCCCAGCCcgt < 2:659964/150‑1 (MQ=255) TGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGCCATGCTCATCCTCCCTCAGGGCTGCCTGTTCTGAACGTAAACTCCTCGCCCAGCCcgtc > 1:631061‑M1/1‑150 (MQ=255) | TTCAAGGCCTGCGCTGGGCCGCCAAGCGGCCCTTTCTTACCTGGGCTCTACCGCTTGCCCTGGATCAACCGGCTTCTCCAACTGGCCCTCGAAGCTATCCCAATCCTCGCCAAACAGCTCCACCGGATGCATGGTCCGGTCTGCGCCATTGCCACAG‑GCTAGCGCCTTGGCAGGGCAGTACAGGTCGCAACCCCAGCAGATTCGCTCGGGGTGGCGAGGGTTTGTGGGGAATCTCTTGGCCATGCTCATCCTCCCTCAGGGCTGCCTGTTCTGAACGTAAACTCCTCGCCCAGCCCGTC > NC_002947/332440‑332738 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |