New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1648974 = | 79 (1.080) | 9 (0.140) | 6/214 | NT | 13.1% | intergenic (‑211/+85) | oprB‑II/PP_1446 | carbohydrate‑selective porin/TonB‑dependent receptor |
? | NC_002947 | 1649030 = | 51 (0.810) | intergenic (‑267/+29) | oprB‑II/PP_1446 | carbohydrate‑selective porin/TonB‑dependent receptor |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
ATGGATATGGCGACAAGATTGTTCGATGAAGCGTTTCAGCTTGCGGCGGGGAGGATATAGGGGAAGTTATAAGAAAAAAGACAAATTGTCGCAGAGGATTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCA > NC_002947/1648827‑1649120 | gtttgtgcgcggcgaaaacctgaccgaccagaccgtgcgctatgccagttcgatcctgcgcgatatcgcaccggcgccggggcgtagcgtggaagtcgggttgcgtaccaccttctgaaccacaagcgacgaagatcggtgtaggaaCgg < 2:1761411‑M1/3‑1 (MQ=255) gtttgtgcgcggcgaaaacctgaccgaccagaccgtgcgctatgccagttcgatcctgcgcgatatcgcaccggcgccggggcgtagcgtggaagtcgggttgcgtaccaccttctgaaccacaagcgacgaagatcggtgtaggaaCgg < 2:1352958‑M1/3‑1 (MQ=255) gtctgtgcgcggcgaaatcctggccgaccagaccgtgcgctatgccagttcgatcctgcgcgatatcgcaccggcgccggggcgtagcgtggaagtcgggttgcgtaccaccttctgaaccacaagcgacgaagatcggtgtaggaaCgg > 2:109800‑M1/148‑150 (MQ=255) 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tcATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAg > 1:1128115/1‑117 (MQ=255) tcATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAg < 2:1128115/117‑1 (MQ=255) tcATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAAcc < 2:1191410/130‑1 (MQ=255) tcATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAAcc > 1:1191410/1‑130 (MQ=255) aaTCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTTAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAg < 1:1066882/112‑1 (MQ=255) aaTCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGgcgc > 2:96709/1‑150 (MQ=255) aTCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGcc > 2:1614658/1‑150 (MQ=255) gAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGt < 1:1561596/150‑1 (MQ=255) gAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGt > 2:194086/1‑150 (MQ=255) aGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTg < 1:246649/150‑1 (MQ=255) gtAGGAGCGTGTTCACACGAGAATGCCCCGGTTGACCTACAATCGTATTCGTGCGGGAACCCGTTCCTACACCGAGCTTCGTCGCTTGTGTTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATcg > 2:1676771/1‑150 (MQ=255) ggAGCGGGTTCACCCCCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTCTTCGCGGGTGCGCCCCTTCCTACCCCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAATGCGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGTTGCGATATCgcgc < 1:1774192/150‑1 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTGCCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAgg > 2:1328668/1‑96 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTGCCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAgg < 1:1328668/96‑1 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCa < 2:532486/150‑1 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCa < 1:1614658/150‑1 (MQ=255) | ATGGATATGGCGACAAGATTGTTCGATGAAGCGTTTCAGCTTGCGGCGGGGAGGATATAGGGGAAGTTATAAGAAAAAAGACAAATTGTCGCAGAGGATTGTTGTTGAACGGGCAACAGTCGTCATTAATCGAGGCAGGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGCCGGTTGCCCTACCATCGTATTCGCGGGTGAACCCGTTCCTACACCGATCTTCGTCGCTTGTGGTTCAGAAGGTGGTACGCAACCCGACTTCCACGCTACGCCCCGGCGCCGGTGCGATATCGCGCA > NC_002947/1648827‑1649120 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |