| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 2954675 | 96 (1.320) | 10 (0.150) | 10/226 | NT | 10.1% | intergenic (‑135/‑146) | PP_2586/PP_2587 | putative amino acid transporter/LuxR family transcriptional regulator |
| ? | NC_002947 | = 2954738 | 91 (1.370) | intergenic (‑198/‑83) | PP_2586/PP_2587 | putative amino acid transporter/LuxR family transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
GTTGTTGTATGCATTGCTAACTCCTGAAAAGGGATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGA > NC_002947/2954527‑2954824 | ttgtATGCATTGCTAACTCCTGAAAAGGGATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGaa < 1:70753/150‑1 (MQ=255) ttgtATGCATTGCTAACTCCTGAAAAGGGATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGaa > 2:206439/1‑150 (MQ=255) tGCATTGCTAACTCCTGAAAAGGGATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCAcc > 1:1719555/1‑150 (MQ=255) tGCTAACTCCTGAAAAGGGATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTg < 1:1640541/150‑1 (MQ=255) cTGAAAAGGGATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCg > 2:614893/1‑150 (MQ=255) tGAAAAGGGATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCgg > 1:389970/1‑150 (MQ=255) tGAAAAGGGATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCgg > 1:1250943/1‑150 (MQ=255) tGAAAAGGGATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCgg > 2:139947/1‑150 (MQ=255) aaaaGGGATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGac < 1:1348721/150‑1 (MQ=255) aaaaGGGATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTATAGGGTGAGCGGac > 2:1806980/1‑150 (MQ=255) aaaGGGATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGaca < 1:883131/150‑1 (MQ=255) gATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGcc < 2:431893/150‑1 (MQ=255) aGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGc > 2:1634288/1‑150 (MQ=255) gACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGt < 2:927751/129‑1 (MQ=255) gACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGt > 1:927751/1‑129 (MQ=255) acacCGCGGCAGGCGAGCAGGACCGCGACCGTAAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCg < 1:1095778/150‑1 (MQ=255) cacCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTGAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTggg > 2:1191251/1‑125 (MQ=255) cacCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTggg < 1:1191251/125‑1 (MQ=255) acCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGc > 2:783535/1‑150 (MQ=255) gCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTgg > 2:1278444/1‑109 (MQ=255) tCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTcc > 2:470337/1‑150 (MQ=255) tCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCAGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCG‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCAc > 1:1610014/1‑134 (MQ=255) gACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCggtg < 1:216675‑M2/150‑5 (MQ=255) aCCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCggtgc > 1:139947‑M2/1‑145 (MQ=255) aCCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCggtgc > 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cAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAggg > 2:993889/1‑133 (MQ=255) gtgtTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCg < 2:1704964‑M2/138‑2 (MQ=255) tgttgtGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAgcgc < 2:1767205/150‑1 (MQ=255) ttgtGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCggaatcaccctttggggtgagccgggcaagggctgtgtccgctcacc > 2:1466777‑M1/1‑71 (MQ=255) ttgtGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCggaatcaccctttggggtgagccgggcaagggctgtgtccgctcacc < 1:1466777‑M1/118‑48 (MQ=255) gtgCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCGCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTg < 1:1675839/150‑1 (MQ=255) 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gAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCggt < 2:1538812‑M2/117‑4 (MQ=255) gAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAacga > 2:865700/1‑150 (MQ=255) gCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGAcgca < 1:1260927/150‑1 (MQ=255) tCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCggtgcctgc < 1:684291‑M2/117‑10 (MQ=255) tCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCggtgcctgc > 2:684291‑M2/1‑108 (MQ=255) gCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGAcgcaccgc > 2:1053131/1‑150 (MQ=255) 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tGCAGGCA‑CCggaaacaccctttggggtgagccgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgt < 2:620908‑M1/89‑80 (MQ=255) tGCAGGCA‑CCggaaacaccctttggggtgagccgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggagcctgcagggtgt > 1:620908‑M1/1‑10 (MQ=255) gccggCA‑CCCGGACTCACACTTTCCGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGTGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCt < 2:418611/147‑1 (MQ=255) gCAGGCA‑CCggaatcaccctttggggtgagccgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctga < 2:971819‑M1/150‑142 (MQ=255) gCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCt > 1:1759236/1‑150 (MQ=255) ggCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTAc > 1:680281/1‑150 (MQ=255) 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a‑CCggaatcaccctttggggtgagccgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcg > 1:903371‑M1/1‑3 (MQ=255) a‑CCggaatcaccctttggggtgagccgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacacctgacggtcg > 1:1634288‑M1/1‑3 (MQ=255) a‑CCggaatcaccctttggggtgagccgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttc > 1:1538812‑M1/1‑3 (MQ=255) a‑CCggaatcaccctttggggtgagccgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttc < 2:1538812‑M1/117‑115 (MQ=255) a‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTa > 1:1109501/1‑146 (MQ=255) a‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTa < 2:1109501/146‑1 (MQ=255) a‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGt < 1:971819/150‑1 (MQ=255) cggaatcaccctttggggtgagccgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacac > 1:1704964‑M1/1‑1 (MQ=255) cggaatcaccctttggggtgagccgggcaagggctgtgtccgctcaccccaaagggtgattccgggtgcctgcagggtgtgggagcatcaacccgccccagcgctgcgagctttccgctcgacctccttgcacaacac < 2:1704964‑M1/138‑138 (MQ=255) ccGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTc > 2:1074111/1‑46 (MQ=255) ccGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGa > 1:1043758/1‑150 (MQ=255) | GTTGTTGTATGCATTGCTAACTCCTGAAAAGGGATGCAGGACACCGCGGCAGGCGAGCAGGCTCGCGACCGTCAGGTGTTGTGCAAGGAGGTCGAGCGGAAAGCTCGCAGCGCTGGGGCGGGTTGATGCTCCCACACCCTGCAGGCA‑CCCGGAATCACCCTTTGGGGTGAGCGGACACAGCCCTTGCCCGGCTCACCCCAAAGGGTGATTCCGGTGCCTGCAGCGCCGTGGGAGTATCTGCTCAACGACGCACCGCACTGGCGGCGGTGCCACTGAGAAAACGGCAGGCTTACAGTGA > NC_002947/2954527‑2954824 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |