New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_002947 | 4591455 = | 92 (1.260) | 5 (0.070) | 5/240 | NT | 5.6% | coding (480/816 nt) | liuC | methylglutaconyl‑CoA hydratase |
? | NC_002947 | 4591508 = | 81 (1.150) | coding (533/816 nt) | liuC | methylglutaconyl‑CoA hydratase |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
AGCCTTTGGCGGCGCGCTGGGCCTGATCAGCTGCTGCGACATGGCCATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTGCTGGCCGAGGTGTACCCGGCCAGCGAACTGGACGACCACGTCGAAGCCTGGGTAAGCAACCTGCTGCAGAACAGCCCGCAAGCA > NC_002947/4591308‑4591602 | ggctgagttcgccgtcgtccacttcgcgcagcaagtccttggtggcgcgcaatgcttgcgggctgttctgcagcaggttgcttacccaggcttcgacgtggtcgtccagatcgctggccgggtacacctcggccagcaggcccagctcgc > 1:1854686‑M1/148‑150 (MQ=255) cTTTGGCGGCGCGCTGGGCCTGATCAGCTGCTGCGACATGGCCATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAAcgcgccgcg‑‑‑‑cg > 2:1414138/1‑150 (MQ=255) gcggcgCGCTGGGCCTGATCAGCTGCTGCGACATGGCCATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTAAGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCt > 1:876831/1‑150 (MQ=255) cgcTGGGCCTGATCATCTGCTGCGACATGGCCATCGGCGCCGACGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCAGCGGCCTGGCGCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGccc < 2:1356622/150‑1 (MQ=255) tGGGCCTGATCAGCTGCTGCGACATGGCCATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCa > 1:206637/1‑150 (MQ=255) gATCAGCTGCTGCGACATGGCCATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGCCGGTCCTCCGCCCTTTCGGCTTTATTCCCGTCGTCCAACGGGTCCCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGa < 1:37332/150‑1 (MQ=255) aTCAGCTGCTGCGACATGGCCATCGGCGCCGAGGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAg > 1:1814707/1‑150 (MQ=255) aTCAGCTGCTGCGACATGGCCATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAg > 1:1193394/1‑150 (MQ=255) tCAGCTGCTGCGACATGGCCATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGc > 1:666782/1‑150 (MQ=255) gctgctGCGACATGGCCATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGtt > 1:323667/1‑150 (MQ=255) gctgctGCGACATGGCCATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGtt > 2:713995/1‑150 (MQ=255) gctgcGACATGGCCATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAAcgcgccg > 2:414664/1‑117 (MQ=255) gctgcGACATGGCCATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAAcgcgccg < 1:414664/117‑1 (MQ=255) gctgcGACATGGCAATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCAGCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCa < 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gACATGGCCATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCAACAGCGTCGAGCGTTTCACTGG‑c < 2:1442241/150‑1 (MQ=255) tGGCCATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATAGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTgc < 1:1700593/150‑1 (MQ=255) gCCATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTgcgc < 1:804030/150‑1 (MQ=255) gCCATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTgcgc > 1:436107/1‑150 (MQ=255) ccATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTgcgcg > 1:1124499/1‑150 (MQ=255) cATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTgcgcgc > 1:808568/1‑150 (MQ=255) cATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTgcgcgc > 2:596183/1‑150 (MQ=255) aTCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGATCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCa > 1:565716/1‑150 (MQ=255) aTCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCa > 2:561236/1‑150 (MQ=255) cGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCAcg < 1:61529/150‑1 (MQ=255) gcgcCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCAcgcg > 2:824365/1‑150 (MQ=255) gAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTg < 2:1847320/150‑1 (MQ=255) aaGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTgg < 1:893089/150‑1 (MQ=255) aaGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTgg < 2:1616765/150‑1 (MQ=255) aaGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTgg < 1:561236/150‑1 (MQ=255) aaGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACACATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTgg > 2:126992/1‑150 (MQ=255) gggctgttctgcagcaggttgcttacccaggcttcgacgtggtcgtccagttcgctggccgggtacacctcggccagcaggccaagctCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGc > 2:1641252‑M1/89‑149 (MQ=255) gggctgttctgcagcaggttgcttacccaggcttcgacgtggtcgtccagttcgctggccgggtacacctcggccagcaggccaagctCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGc < 1:1641252‑M1/61‑1 (MQ=255) tgcagcaggttgcttacccaggcttcgacgtggtcgtccagttcgctggccgggtacacctcggccagcaggcccagctCGCGTGCGCGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCa < 1:1470140‑M1/53‑1 (MQ=255) tgcagcaggttgcttacccaggcttcgacgtggtcgtccagttcgctggccgggtacacctcggccagcaggcccagctCGCGTGCGCGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCa > 2:1470140‑M1/80‑132 (MQ=255) 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caGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCCCCGCCGATCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTTCTCGCCGAGGTGTACCCGGCCAGCTAACTGGACGACCACGTCGAAGCCTg < 2:206637/150‑1 (MQ=255) aGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTATGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTGCTGGCCGAGGTGTACCCGGCCAGCGAACTGGACGACCACGTCGAAGCCTgg < 1:793928/150‑1 (MQ=255) aGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTGCTGGCCGCGGTGTACCCGGCCAGCGAACTGGACGACCACGTCGAAGCCTgg < 2:280335/150‑1 (MQ=255) aGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTGCTGGCCGAGTTGTACCCGGCCAGCGAACTGGACGACCACGTCGAAGCCTgg < 1:1901677/150‑1 (MQ=255) aGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTGCTGGCCGAGGTGTACCCGGCCAGCGAACTGGACGACCACGTCGAAGCCTgg < 1:706029/150‑1 (MQ=255) aGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTGCTGGCCGAGGTGTACCCGGCCAGCGAACTGGACGACCACGTCGAAGCCTgg < 2:1100008/150‑1 (MQ=255) gCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTGCTGGCCGAGGTGTACCCGGCCAGCGAACTGGACGACCACGTCGAAGCCTggg < 2:666782/150‑1 (MQ=255) cccGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTGCTGGCCGAGGTGTACCCGGCCAGCGAACTGGACGACCACGTCGAAGCCTgggg > 1:1374053/1‑149 (MQ=255) gTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTGCTGGCCGAGGTGTACCCgg < 2:488908/113‑1 (MQ=255) gTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTGCTGGCCGAGGTGTACCCgg > 1:488908/1‑113 (MQ=255) gTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTGCTGGCCGAGGTGTACCCGGCCAGCGAACTGGACGACCACGTCGAAGCCTGGGTAAGCAAc < 1:1706270/150‑1 (MQ=255) gTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTGCTGGCCGAGGTGTACCCGGCCAGCGAACTGGACGACCACGTCGAAGCCTGGGTAAGCAAc > 2:619675/1‑150 (MQ=255) gTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTGCTGGCCGAg < 1:1380146/96‑1 (MQ=255) gTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTGCTGGCCGAg > 2:1380146/1‑96 (MQ=255) tCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTGCTGGCCGAGGTGTACCCGGCCAGCGAACTGGACGACCACGTCGAAGCCTGGGTAAGCAACctgc < 2:808568/150‑1 (MQ=255) gCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGc > 2:1715799/1‑78 (MQ=255) gCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGc < 1:1715799/78‑1 (MQ=255) aTTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTGCTGGCCGAGGTGTACCCGGCCAGCGAACTGGACGACCACGTCGAAGCCTGGGTCGGAAAGCTGCTGCAGAAc > 2:1505059/1‑150 (MQ=255) aaCGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTgg < 2:386368/66‑1 (MQ=255) aaCGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTgg > 1:386368/1‑66 (MQ=255) aCGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTGCTGGCCGAGGTGTACCCGGCCAGCGAACTGGACGACCAAGTCGAAGGCTGGGTAAGCAACCTGCTGCAGAACAGCCCGCa > 1:658718/1‑150 (MQ=255) cgtgccgcg‑‑‑‑cgccgcTATGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCAGCGG‑CGTCCGGGCCCGCGAGCTGGGGCTGCTGGCCGAGGTGTACCCAGCCAGTGAGCTGGACGCCCAGGTCGAAGCGTGGGTGAACAACCTGCTGCAGAACAGCCCGCaa > 1:767585/4‑150 (MQ=255) gcgccgcg‑‑‑‑cgccgcTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGATCTGGGCCTGCTGGCCgg < 1:290332/76‑2 (MQ=255) gcgccgcg‑‑‑‑cgccgcTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGATCTGGGCCTGCTGGCCgg > 2:290332/1‑75 (MQ=255) gccgcg‑‑‑‑cgccgcTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTGCTGGCCGAGGTGTACCCGGCCAGCGAACTGGACGACCACGTCGAAGCCTGGGTAAGCAACCTGCTGCAGAACAGCCCGCAAGCa > 1:1299926/1‑150 (MQ=255) | AGCCTTTGGCGGCGCGCTGGGCCTGATCAGCTGCTGCGACATGGCCATCGGCGCCGAAGACGCCCAACTGTGCCTGTCGGAAGTACGCATCGGCCTGGCCCCGGCGGTCATCAGCCCGTTCGTGGTCAAGGCCATTGGCGAACGCGCCGCG‑‑‑‑CGCCGCTACGCCCTCACCGCCGAGCGTTTCACTGG‑CGTGCGCGCACGCGAGCTGGGCCTGCTGGCCGAGGTGTACCCGGCCAGCGAACTGGACGACCACGTCGAAGCCTGGGTAAGCAACCTGCTGCAGAACAGCCCGCAAGCA > NC_002947/4591308‑4591602 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |