| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5518985 = | 88 (1.210) | 6 (0.090) | 5/236 | NT | 7.2% | intergenic (‑27/+4) | PP_4851/PP_4852 | phosphate starvation‑inducible protein PsiF/AraC family transcriptional regulator |
| ? | NC_002947 | 5519055 = | 72 (1.040) | coding (723/789 nt) | PP_4852 | AraC family transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
ATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGAAGGCAATGGCCTGAATCGGCAGGCCGGCTTCCAGCGCTT > NC_002947/5518837‑5519131 | ccagtttctgcgcgaactgggcatcagctttggcgaatggcgcctgcgcctgcgttttctgcgtgccatcgaagcgctggaagccggcctgccgattcaggccattgccttcgaccttggctacagcagcgcttcggcgttcatcgccAt > 1:742165‑M1/149‑150 (MQ=255) tCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATg > 2:1029767/1‑150 (MQ=255) cTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAAtat > 2:71175/1‑148 (MQ=255) agtttctgcgcgaactgggcatcagctttggcgaatggcgcctgcgcctgcgttttctgcgtgccatcgaagcgctggaagccggcctgccgattcaggccattgccttcgaccttggctacagcagcgcttcggcgttcatcgccATGt < 2:133678‑M1/4‑1 (MQ=255) ttCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑a < 2:242197/150‑1 (MQ=255) ttCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑a < 2:1922484/150‑1 (MQ=255) gctgcGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGTCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCATCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGcc < 1:1575862/150‑1 (MQ=255) ctgcGCGGTATGGGCAGCGAAACCTTGCGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGccc < 1:975045/150‑1 (MQ=255) tgcGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGcccc > 2:508429/1‑150 (MQ=255) cgcgGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGt > 1:1163696/1‑150 (MQ=255) gcgGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGcccc > 1:1159537/1‑147 (MQ=255) gcgGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGcccc < 2:1159537/147‑1 (MQ=255) aGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑Ag > 1:922439/1‑130 (MQ=255) aGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑Ag < 2:922439/130‑1 (MQ=255) aGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCcg > 2:1116374/1‑150 (MQ=255) aGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCcg > 1:627987/1‑150 (MQ=255) aGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCcg < 1:508429/150‑1 (MQ=255) gCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCcgg < 2:627987/150‑1 (MQ=255) tttggcgaatgacgcatgcccctgcgttttctgcgtgccatcgaagcgctggaagccggcctgccgattcaggccattgccttcgaccttggctacagcagcgcttcggcgttcatcgccATGTTCCAGCGCCCCGTCCGCGCCTGCcgg < 2:1442720‑M1/30‑1 (MQ=255) 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cTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGc < 2:1061985/150‑1 (MQ=255) cTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGc < 2:256744/150‑1 (MQ=255) aacaacACCGCCAGCGCGCGTAACTGATGTGGCAGCAGGTTCATGGGGTGGGCTCCTTTTCTCGGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTACCACGAAGGTCGGTC‑ATCGCTCCTTCCGCCCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTa > 2:909172/1‑150 (MQ=255) aacaacACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTa < 1:1549520/150‑1 (MQ=255) aacaacACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTa > 2:665905/1‑150 (MQ=255) aacaacACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGGGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGTGCCCCGCCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTa > 1:1247031/1‑150 (MQ=255) aacaCCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTacac > 1:525305/1‑150 (MQ=255) aacaCCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTGTCATGGAGCGGTCTCCTTGGGTCCGCACCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGGCTGCCAGCCGTACTGCTCGGGCGTacac > 1:1740056/1‑150 (MQ=255) acacCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCGCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACAcc > 1:1201691/1‑150 (MQ=255) acacCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACAcc < 2:1737355/150‑1 (MQ=255) cgttttctgcgtgccatcgaagcgctggaagccggcctgccgattcaggccattgccttcgaccttggctacagcagcgcttcggcgttcatcgccATGt > 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tCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGa > 1:1868427/1‑150 (MQ=255) tCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGCGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGCACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGa > 2:456579/1‑150 (MQ=255) ccGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGAAGGCAAt < 2:1902515/150‑1 (MQ=255) cGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGAAGGCAATg < 1:1517788/150‑1 (MQ=255) tGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTACCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGAAGGCAATGGcc < 2:1299030/150‑1 (MQ=255) aCGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATgg < 2:1914154/100‑1 (MQ=255) aCGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATgg > 1:1914154/1‑100 (MQ=255) ggTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGCAGCTTTGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGAAGGCAATGGCCTGAAt > 1:992366/1‑150 (MQ=255) gTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGAAGGCAATGGCCTGAATc < 2:136223/150‑1 (MQ=255) gATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGAt > 1:1555961/1‑99 (MQ=255) gATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGAt < 2:1555961/99‑1 (MQ=255) tCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGAAGGCACTGGCCTGAATCGGCa > 2:725470/1‑150 (MQ=255) aGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGAAGGCAATGGCCTGAATCGGCAGGc < 1:1648814/150‑1 (MQ=255) gCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGAAGGCAATGGCCTGAATCGGCAGGcc > 1:1235503/1‑150 (MQ=255) cTGAGTTTAGCCAAGGATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGAt < 2:1876271/92‑1 (MQ=255) cTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGAt > 1:1876271/1‑92 (MQ=255) tGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGAAGGCAATGGCCTGAATCGGCAGGCCgg > 2:1765868/1‑150 (MQ=255) gCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGAAGGCAATGGCCTGAATCGGCAGGCCGGCTTTCAgc > 2:1387883/1‑150 (MQ=255) gCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGAAGGCAATGGCCTGAATCGGCAGGCCGGCTTCCAgc > 1:1312034/1‑150 (MQ=255) ccAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCAAAGGCAATAGCCTGAATCGGCAGGCCGGCTTCAAgcg > 1:10677/1‑150 (MQ=255) cAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGAAGGCAATGGCCTGAATCGGCAGGCCGGCTTCCAgcgc > 1:40660/1‑150 (MQ=255) cAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGAAGGCAATGGCCTGAATCGGCAGGCCGGCTTCCAgcgc < 1:1358743/150‑1 (MQ=255) aaGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGAAGGCAATGGCCTGAATCGGCAGGc > 1:1778886/1‑136 (MQ=255) aaGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGAAGGCAATGGCCTGAATCGGCAGGc < 2:1778886/136‑1 (MQ=255) aGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGAAGGCAATGGCCTGAATCGGCAGGCCGGCTTCCAGCGCtt > 1:781365/1‑150 (MQ=255) | ATCTTTTCCTGCTGCGCGGTATTGGCAGCGAAACCTTGGGCACTGAACAACACCGCCAGCGCCAGTAACGGGATTTGCAGCACTTTCATGGAGTGGTCTCCTTGGCTCCGCGCCCGATGCACGGTGATCGAGCTGAGTGTAGCCAAGAATGTTC‑AGCGCCCCGTCCGCGCCTGCCGGCGGTACTGCTCGGGCGTACACCGGGCCTGGCGCTGGAACATGGCGATGAACGCCGAAGCGCTGCTGTAGCCAAGGTCGAAGGCAATGGCCTGAATCGGCAGGCCGGCTTCCAGCGCTT > NC_002947/5518837‑5519131 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |