New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5584576 | 49 (0.670) | 3 (0.040) | 3/234 | NT | 5.3% | coding (1207/2259 nt) | parC | DNA topoisomerase IV subunit A |
? | NC_002947 | = 5584609 | 61 (0.890) | coding (1174/2259 nt) | parC | DNA topoisomerase IV subunit A |
GCTTGCTCCTTCAGCAACTCATCCTGCTCACCGCGGATCTTCATCTCTTCCAGGCGCGCCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGACGATGCTGCAGGCGGCGACGAACGGTATTGGTGCGGAACTCCAGCCACTCCAC > NC_002947/5584428‑5584720 | gcttgCTCCTTCAGCAACTCATCCTGCTCACCGCGGATCTTCATCTCTTCCAGGCGCGCCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTGGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCg < 2:1646088/150‑1 (MQ=255) gcttgCTCCTTCAGCAACTCATCCTGCTCACCGCGGATCTTCATCTCTTCCAGGCGCGCCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCc < 2:1334672‑M1/150‑2 (MQ=255) cttgCTCCTTCAGCAACTCATCCTGCTCACCGCGGATCTTCATCTCTTCCAGGCGCGCCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCgg > 2:1430363/1‑150 (MQ=255) gCTCCTTCAGCAACTCATCCTGCTCACCGCGGATCTTCATCTCTTCCAGGCGCGCCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTAc > 2:1697217/1‑150 (MQ=255) cTTCAGCAACTCATCCTGCTCACCGCGGATCTTCATCTCTTCCAGGCGCGCCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGgat > 1:1684741/1‑150 (MQ=255) tCAGCAACTCATCCTGCTCACCGCGGATCTTCATCTCTTCCAGGCGCGCCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGgatga < 2:1554946/150‑1 (MQ=255) aCTCATCCTGCTCACCGCGGATCTTCATCTCTTCCAGGCGCGCCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGa > 2:577693/1‑150 (MQ=255) cATCCTGCTCACCGCGGATCTTCATCTCTTCCAGGCGCGCCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGgatga > 2:1656931/1‑141 (MQ=255) cATCCTGCTCACCGCGGATCTTCATCTCTTCCAGGCGCGCCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGgatga < 1:1656931/141‑1 (MQ=255) cATCCTGCTCACCGCGGATCTTAATCTCCTCCAGGTGCCCTAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGGCGGCCTGTATCTGGCTCAGC‑GCGAACCGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCCCGGTACGGATGATGTGGATCa < 2:556259/150‑1 (MQ=255) tCCTGCTCACCGCGGATCTTCATCTCTTCCAGGCGCGCCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACt < 1:577693/150‑1 (MQ=255) cTGCTCACCGCGGATCTTCATCTCTTCCAGGCGCGCCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTc < 2:1684741/150‑1 (MQ=255) ccGCGGATCTTCATCTCTTCCAGGCGCGCCTACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAgg < 1:339062/150‑1 (MQ=255) gcgGATCTTCATCTCTTCCAGGCGCGCCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCaacctggatgaagtgatccacatcatccgtacc < 2:1890501‑M1/150‑34 (MQ=255) gcgGATCTTCATCTCTTCCAGGCGCGCCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGtt < 2:1338451/150‑1 (MQ=255) cTTCATCTCTTCCAGGCGCGCCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTgaggaa < 1:1652115‑M2/150‑7 (MQ=255) aTCTCTTCCAGGCGCGCCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCa > 2:1403106/1‑150 (MQ=255) ctctTCCAGGCGCGCCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGt < 1:1403106/150‑1 (MQ=255) cAGGCGCGCCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCaa > 1:334870/1‑150 (MQ=255) gcgcgcCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTAGGTCAGCAACGAAGCTTTC‑ATCATGGCCTGCTTGGGATAGTCCTCGGTATGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAAcc < 1:442338/150‑1 (MQ=255) gcCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCg < 1:880634/93‑1 (MQ=255) gcCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCg > 2:880634/1‑93 (MQ=255) gcCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTcc > 1:1496203/1‑150 (MQ=255) cTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAg < 1:1697217/150‑1 (MQ=255) cTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAg < 2:1552494/150‑1 (MQ=255) tGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAg < 1:1004766/116‑1 (MQ=255) tGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAg > 2:1004766/1‑116 (MQ=255) gtcGGGTCGCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGgat > 2:1484800/3‑88 (MQ=255) ggCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGgat < 1:1484800/88‑1 (MQ=255) tcGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCg < 2:1644410/150‑1 (MQ=255) gaggagGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGAc < 1:828083/150‑1 (MQ=255) gAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTTGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGAc > 2:1173354/1‑150 (MQ=255) gAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGAc > 2:574369/1‑150 (MQ=255) aGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGAcc < 1:1430363/150‑1 (MQ=255) attCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCa > 1:81448/3‑150 (MQ=255) tCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGa > 1:1751340/1‑150 (MQ=255) tCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGa < 2:334870/150‑1 (MQ=255) tCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGACGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATTCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGa > 2:278095/1‑150 (MQ=255) ggCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGAca > 1:226814/1‑149 (MQ=255) cTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCaacctggatgaagtgatccacatcatccgtaccgaggaatatc > 2:1475079‑M1/1‑54 (MQ=255) cTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCaacctggatgaagtgatccacatcatccgtaccgaggaatatc < 1:1475079‑M1/97‑44 (MQ=255) ctcGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTGCTCGACCTTATCCAGACGATGCTGCAg > 2:16794/1‑150 (MQ=255) tcGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGAGGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGACGATGCTGCAgg > 2:1573746/1‑150 (MQ=255) c‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGGAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGACGATGCTGCAGGCGGcgacg > 2:1399139/1‑150 (MQ=255) aaaCGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGACGATGCTGCAGGCGGCGACGAACg > 2:1835164/1‑150 (MQ=255) cGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGACGATGCTGCAGGCGGCGACGAACGGTa < 1:574369/150‑1 (MQ=255) ttCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGACGATGCTGCAGGCGGCGACGAACGGTAtt > 1:639496/1‑150 (MQ=255) ttCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGACGATGCTGCAGGCGGCGACGAACGGTAtt > 2:1567587/1‑150 (MQ=255) ggCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTTGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGACGATGCTGCAGGCGGCGACGAACGGTATTGGTGCGGaa < 1:1173354/150‑1 (MQ=255) ggCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGACGATGCTGCAGGCGGCGACGAACGGTATTGGTGCGGaa > 2:1356992/1‑150 (MQ=255) ggCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGACGATGCTGCAGGCGGCGACGAACGGTATTGGTGCGGaa < 2:639496/150‑1 (MQ=255) ggCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGACGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATTCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGACGATGCTCCAGGCGGCGACGAACGGTATTGGTGCGGaa < 1:278095/150‑1 (MQ=255) ccTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGACGATGCTGCAGGCGGCGACGAACGGTATTGGt < 1:810065/142‑1 (MQ=255) ccTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGACGATGCTGCAGGCGGCGACGAACGGTATTGGt > 2:810065/1‑142 (MQ=255) ttGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGACGATGCTGCAGGCGGCGACGAACGGTATTGGTGCGGAACTCCAGc < 1:1835164/150‑1 (MQ=255) gATATTCCTCGGTACGGATGGTGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGACGATGCTGCAGGCGGCGACGAACGGTATTGGTGCGGAACTCCAGCCACt > 2:121607/1‑150 (MQ=255) gATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTgaggaatatcccaagcaggccctgatcgaacgtttcgagctgaccgagatacag > 2:1475079‑M2/1‑43 (MQ=255) gATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTgaggaatatcccaagcaggccctgatcgaacgtttcgagctgaccgagatacag < 1:1475079‑M2/97‑55 (MQ=255) gATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGACGATGCTGCAGGCGGCGACGAACGGTATTGGTGCGGAACTCCAGCCACt > 2:1040566/1‑150 (MQ=255) atTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGACGATGCTGCAGGCGGCGACGAACGGTATTGGTGCGGAACTCCAGCCACTc > 2:1819596/1‑148 (MQ=255) atTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGACGATGCTGCAGGCGGCGACGAACGGTATTGGTGCGGAACTCCAGCCACTc < 1:1819596/148‑1 (MQ=255) ttCCTCaacctggatgaagtgatccacatcatccgtaccgaggaatatcccaagcaggccctgatcgaacgtttcgagctgaccgagatacaggccgactacatcctcgagacccgcctgcggcagttggcgcgcctggaagagatgaag < 1:1652115‑M1/150‑145 (MQ=255) tCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGAcc > 1:747362/1‑87 (MQ=255) tCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGAcc < 2:747362/87‑1 (MQ=255) | GCTTGCTCCTTCAGCAACTCATCCTGCTCACCGCGGATCTTCATCTCTTCCAGGCGCGCCAACTGCCGCAGGCGGGTCTCGAGGATGTAGTCGGCCTGTATCTCGGTCAGC‑TCGAAACGTTCGATCAGGGCCTGCTTGGGATATTCCTCGGTACGGATGATGTGGATCACTTCATCCAGGTTGAGGAATGCAGTGAGCAAACCGTCCAACAGGTGCAGACGCTTCTCGACCTTATCCAGACGATGCTGCAGGCGGCGACGAACGGTATTGGTGCGGAACTCCAGCCACTCCAC > NC_002947/5584428‑5584720 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |