| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5918398 | 80 (1.100) | 5 (0.080) | 4/214 | NT | 5.6% | intergenic (+32/+63) | ygiF/PP_5188 | thiamine triphosphatase/AsnC/Lrp family transcriptional regulator |
| ? | NC_002947 | = 5918438 | 99 (1.570) | intergenic (+72/+23) | ygiF/PP_5188 | thiamine triphosphatase/AsnC/Lrp family transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
AGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCAGGCTAGTGGTGGACTTGATCTCGGAAAGCGCCACAATCGAGTTCACCTCCTGAATCCCCGGCACGTTCGACAGTTTTTCGAAGAAGAACCGCTCGTAGGCCTCGA > NC_002947/5918291‑5918582 | tGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCgcgg < 2:1016767‑M2/150‑5 (MQ=255) gcccggacgcGGGTAGCGAACATGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCgcgg > 2:898949‑M2/5‑146 (MQ=255) gAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCgcgggttta < 1:1376082‑M2/150‑10 (MQ=255) gAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCgcgggttta < 2:201620‑M2/150‑10 (MQ=255) aTCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGTTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAAt < 1:173209/150‑1 (MQ=255) tCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGCAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATg < 2:874946‑M2/150‑2 (MQ=255) aCAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATggcct > 1:213207‑M2/1‑145 (MQ=255) gCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCAcc > 1:568447/1‑150 (MQ=255) tCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACcgc > 2:699589/1‑150 (MQ=255) ggCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGt > 2:1126223/1‑150 (MQ=255) ggTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGc < 1:534790/150‑1 (MQ=255) ggACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGc < 1:171150/150‑1 (MQ=255) gACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCa < 1:214854/150‑1 (MQ=255) 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cGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATggcctcacgcctggagcgaacccttttaggagcgggtttacccgcgaagcaggcgacgcggtatcacgccttgagcaggtgcttccagccgcggctctggtccaccgccagagc < 2:663456‑M2/150‑115 (MQ=255) gTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATggcctcacgcctggcgcgaacctttgtaggagcgggtttacccgcgaagcaggcgacgcggtatcacgccttgagcaggtgcttccagc < 2:1167312‑M2/124‑90 (MQ=255) ggtcGGTGTCGGCGTGGGTCTTCCCGCGAATGGCCTCCCCGAGGTAGCGGCAGGTTAGTGGTGCACTTGCGCTCGGAAAGCGCCACAATCGAGTTCCCCTCCTGAATCCCCGGCACGTTCGACAGGTTTTCGAAGAAGAACCGCTCGTAg < 2:602346/147‑1 (MQ=255) ggCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCAGGCTAGTGGTGGACTTGATCTCGGAAAGCGCCACAATCGAGTTCACCTCCTGAATCCCCGGCACGTTCGACAGTTTTTCGAAGAAGAACCTCTCGTAg < 2:1933854/150‑1 (MQ=255) gCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCAGGCTAGTGGTGGACTTGa > 2:878935/1‑69 (MQ=255) gCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCAGGCTAGTGGTGGACTTGa < 1:878935/69‑1 (MQ=255) ggTTTAGACGCGGGTTTTCCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCAGGCTAGTGGTGGACTTGATCTCGGAAAGCGCCACAATCGAGTTCACCTCCTGAATCCCCGGCACGTTCGACAGTTTTTCGAAGAAGAACCGCTCGTAGGCCt < 2:737752/150‑1 (MQ=255) gtgtAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCAGGCTAGTGGTGGACTTGATCTCGGAAAGCGCCACAATCGAGTTCACCTCCTGAATCCCCGGCACGTTCGACAGTTTTTCGAAGAAGAACCGCTCGTAGGCCTc < 2:3751/150‑1 (MQ=255) gtAGGCGCGGGTTTGCCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCAGGCTAGTGGTGGACTTGATCTCGGAAAGCGCCACAATCGAGTTCACCTCCTGAATCCCCGGCACGTTCGACAGTTTTTCGAAGAAGAACCGCTCGTAGGCCTCGa < 1:201620/150‑1 (MQ=255) ccattcgcgGGTAAACCCGCGCATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCAGGCTAGTGGTGGACTTGATCTCGGAAAGCGCCACAATCGAGTTCACCTCCTGAATCCCCGGCACGTTCGACAGTTTTTCGAAGAAGAACCGCTCGt < 1:1262511/136‑1 (MQ=255) | AGTGCTGGAAGCGCGTATCGAACAGGCTCGGGCGGTGGACCAGAGCCGCGGCTGGAAGCACCTGCTCAAGGCGTGATACCGCGTCGCCTGCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGGTTCGCGCCAGGCGTGAGGCCGGTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGGCCTCACCGCGGTAGCGGCAGGCTAGTGGTGGACTTGATCTCGGAAAGCGCCACAATCGAGTTCACCTCCTGAATCCCCGGCACGTTCGACAGTTTTTCGAAGAAGAACCGCTCGTAGGCCTCGA > NC_002947/5918291‑5918582 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |