| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 2343937 = | 35 (0.710) | 4 (0.090) | 4/238 | NT | 12.4% | coding (412/456 nt) | soxR | DNA‑binding transcriptional regulator |
| ? | NC_002947 | 2343971 = | 23 (0.490) | coding (378/456 nt) | soxR | DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
GGGTTAGGGCGGTGATTCGTCGCAATGGTTCAAAGCGACTGTTTGTCACCTGCAGGTCATGCGCGCCGGCATAGATTCGCATCTGACATGAGCGTGCTAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGTTGTCGAGGCTGTCGCGCAGTGCTTCCAGTGTGCGAATGCGGGCATTCAGGTCTTCGCGCCAGGCCGTGGACA > NC_002947/2343792‑2344077 | ccccaacagcaagctcacggccgcacaatggagcgagatgtccacggcctggcgcgaagacctgaatgcccgcattcgcacactggaagcactgcgcgacagcctcgacaactgcattggctgcggttgcctgtcgctggaggacTGccc < 1:820372‑M1/5‑1 (MQ=255) gCGGTGATTCGTCGCAATGGTTCAAAGCGACTGTTTGTCACCTGCAGGTCATGCGCGCCGGCATAGATTCGCATCTGACATGAGCGTGCTAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATc > 2:105441/1‑150 (MQ=255) ttCGTCGCAATGGTTCAAAGCGACTGTTTGTCACCTGCAGGTCATGCGCGCCGGCATAGATTCGCATCTGACATGAGCGTGCTAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCgggg < 1:103880/150‑1 (MQ=255) ttCGTCGCAATGGTTCAAAGCGACTGTTTGTCACCTGCAGGTCATGCGCGCCGGCATAGATTCGCATCTGACATGAGCGTGCTAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCgggg < 1:71824/150‑1 (MQ=255) gcacaatggagcgagatgtccacggcctggcgcgaagacctgaatgcccgcattcgcacactggaagcactgcgcgacagcctcgacaactgcattggctgcggttgcctgtcgctggaggacTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCa < 1:868646‑M1/27‑1 (MQ=255) tGGTTCAAAGCGACTGTTTGTCACCTGCAGGTCATGCGCGCCGGCATAGATTCGCATCTGACATGAGCGTGCTAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTg > 2:1015421/1‑150 (MQ=255) gTTCAAAGCGACTGTTTGTCACCTGCAGGTCATGCGCGCCGGCATAGATTCGCATCTGACATGAGCGTGCTAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTggg > 2:1213919/1‑150 (MQ=255) cgagatgtccacggcctggcgcgaagacctgaatgcccgcattcgcacactggaagcactgcgcgacagcctcgacaactgcattggctgcggttgcctgtcgctggaggacTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGtcc > 2:868646‑M1/113‑150 (MQ=255) aCTGTTTGTCACCTGCAGGTCATGCGCGCCGGCATAGATTCGCATCTGACATGAGCGTGCTAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGcc > 2:872723/1‑112 (MQ=255) aCTGTTTGTCACCTGCAGGTCATGCGCGCCGGCATAGATTCGCATCTGACATGAGCGTGCTAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGcc < 1:872723/112‑1 (MQ=255) cacggcctggcgcgaagacctgaatgcccgcattcgcacactggaagcactgcgcgacagcctcgacaactgcattggctgcggttgcctgtcgctggaggacTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAg < 2:1108059‑M1/35‑1 (MQ=255) cacggcctggcgcgaagacctgaatgcccgcattcgcacactggaagcactgcgcgacagcctcgacaactgcattggctgcggttgcctgtcgctggaggacTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAg > 1:1108059‑M1/104‑138 (MQ=255) tCACCTGCAGGTCATGCGCGCCGGCATAGATTCGCATCTGACATGAGCGTGCTAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATc < 2:627437/113‑1 (MQ=255) tCACCTGCAGGTCATGCGCGCCGGCATAGATTCGCATCTGACATGAGCGTGCTAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATc > 1:627437/1‑113 (MQ=255) tAGATTCGCATCTGACATGAGCGTGCTAGGTTAGCCTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCTCATCCT‑GGCGTAGTTGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAGTGCGGTTGGCGAg < 2:685502/150‑1 (MQ=255) gATTCGCATCTGACATGAGCGTGCTAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTCGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGTTGTCGAGGc < 1:236348/150‑1 (MQ=255) ttCGCATCTGACATGAGCGTGCTAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGTTGTCGAGGCTg > 1:376855/1‑150 (MQ=255) ttCGCATCTGACATGAGCGTGCTAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGTTGTCGAGGCTg > 2:1063581/1‑150 (MQ=255) ctcATCTGACATGAGCGTGCTAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGTTGTCGAGGCTGTc < 1:143239/148‑1 (MQ=255) cATCTGACATGAGCGTGCTAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAg < 1:509361/73‑1 (MQ=255) cATCTGACATGAGCGTGCTAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAg > 2:509361/1‑73 (MQ=255) gTGCTAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGTTGTCGAGGCTGTCGCGCAGTGCTTCCAgt < 1:1015421/150‑1 (MQ=255) tAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGTTGTCGAGGCTGTCGCGCAGTGCtt > 1:185452/1‑141 (MQ=255) tAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGTTGTCGAGGCTGTCGCGCAGTGCtt < 2:185452/141‑1 (MQ=255) aGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGtt < 1:837715/112‑1 (MQ=255) aGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGtt > 2:837715/1‑112 (MQ=255) cttcttTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAgg > 1:423250/1‑85 (MQ=255) cttcttTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAgg < 2:423250/85‑1 (MQ=255) ttcttTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGtc > 1:287718/1‑71 (MQ=255) ttcttTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGtc < 2:287718/71‑1 (MQ=255) ttcttTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGTTGTCGAGGCTGTCGCGCAGTGCTTCCAGTGTGCGAATGCGGGCATTc > 2:820372/1‑150 (MQ=255) gAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCATCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGTTGTCGAGGCTGTCGCGCAGTGCTTCCAGTGTGCGAATGCGGGCATTCAGGTCTTc > 1:169573/1‑150 (MQ=255) cgcgCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGTTGTCGAGGCTGTCGCGCa > 2:486900/1‑106 (MQ=255) cgcgCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGTTGTCGAGGCTGTCGCGCa < 1:486900/106‑1 (MQ=255) gcgcCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGTTGTCGAGGCTGTCGCGCAGTGCTTCCAGTGTGCGTATTTGGGCATTCAGGTCTTCGCGCCAgg > 1:643382/1‑150 (MQ=255) gcgcCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGTTGTCGAGGCTGTCGCGCAGTGCTTCCAGTGTGCGAATGCGGGCATTCAGGTCTTCGCGCCAgg > 1:1100040/1‑150 (MQ=255) cccGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGTTGTCGAGGCTGTCGCGCAGTGCTTCCAGTGTGCGAATGCGGGCATTCAGGTCTTCGCGCCAGGCCGt < 1:1213919/150‑1 (MQ=255) ccGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCa > 1:513067/1‑47 (MQ=255) ccGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCa < 2:513067/47‑1 (MQ=255) tCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGTTGTCGAGGCTGTCGCGCAGTGCTTCCAGTGTGCGAATGCGGGCATTCAGGTCTTCGCGCCAGGCCGTGGACa < 1:105441/150‑1 (MQ=255) ccttccttGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGTTGTCGAGGCTGTCGCGCAGTGCTTCCAGTGTGCGAATGc < 2:117240/115‑1 (MQ=255) ccttccttGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGTTGTCGAGGCTGTCGCGCAGTGCTTCCAGTGTGCGAATGc > 1:117240/1‑115 (MQ=255) | GGGTTAGGGCGGTGATTCGTCGCAATGGTTCAAAGCGACTGTTTGTCACCTGCAGGTCATGCGCGCCGGCATAGATTCGCATCTGACATGAGCGTGCTAGGTTAGCGTGCCTTCTTTTCGAGGATCCGCGCCCCGGTCCCTTCCTTGCCCAGCACATCCTCGGGGTTG‑CGCAGTGGGCAGTCCTCCAGCGACAGGCAACCGCAGCCAATGCAGTTGTCGAGGCTGTCGCGCAGTGCTTCCAGTGTGCGAATGCGGGCATTCAGGTCTTCGCGCCAGGCCGTGGACA > NC_002947/2343792‑2344077 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |