New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3991356 | 45 (0.920) | 4 (0.080) | 4/240 | NT | 8.1% | coding (315/894 nt) | PP_3517 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 3991373 | 47 (1.000) | coding (298/894 nt) | PP_3517 | hypothetical protein |
GCGTAGTCCATTTGCGCATCGTGATAGGCCAACAGCGACTGCAGAACACCCAGCTCGTTGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGAAAGGTATCCACATCGCTGCGTTGCACACCACCGCGCGGTATGTAGGTGCGCCAGTCATCGCC > NC_002947/3991210‑3991505 | gcgTAGTCCATTTGCGCATCGTGATAGGCCAACAGCGACTGCAGAACACCCAGCTCGTTGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑g > 1:806693/1‑150 (MQ=255) cgTAGTCCATTTGCGCATCGTGATAGGCCAACAGCGACTGCAGAACACCCAGCTCGTTGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑gg > 1:301392/1‑150 (MQ=255) tAGTCCATTTGCGCATCGTGATAGGCCAACAGCGACTGCAGAACACCCAGCTCGTTGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTc < 2:243430/150‑1 (MQ=255) tAGTCCATTTGCGCATCGTGATAGGCCAACAGCGACTGCAGAACACCCAGCTCGTTGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTc < 2:301392/150‑1 (MQ=255) tAGTCCATTTGCGCATCGTGATAGGCCAACAGCGACTGCAGAACACCCAGCTCGTTGCGCCCGATACGACGAGCGCGAAGTTCGGCACTGCCCGACCCGAAGTCGAACCGCCATCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGtg > 1:287437/1‑149 (MQ=255) tCCATTTGCGCATCGTGATAGGCCAACAGCGACTGCAGAACACCCAGCTCGTTGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAg > 1:1084843/1‑150 (MQ=255) tCGTGATAGGCCAACAGCGACTGCAGAACACCCAGCTCGTTGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCgccc > 1:1102364‑M2/1‑146 (MQ=255) gATAGGCCAACAGCGACTGCAGAACACCCAGCTCGTTGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCACCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCg > 2:611560/1‑150 (MQ=255) aGGCCAACAGCGACTGCAGAACACCCAGCACGTTGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCa > 1:561375/1‑150 (MQ=255) cAACAGCGACTGCAGAACACCCAGCTCGTTGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGAt < 1:365089/150‑1 (MQ=255) gACTGCAGAACACCCAGCTCGTTGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCgccggtcactggaccttgcccataccgctgaccagaacc > 1:353342‑M1/1‑111 (MQ=255) aCTGCAGAACACCCAGCTCGTTGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGc > 1:1112799/1‑150 (MQ=255) gCAGAACACCCAGCTCGTTGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGATCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCt > 2:1096312/1‑150 (MQ=255) cAGAACACCCAGCTCGTTGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTTACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTc > 2:838143/1‑150 (MQ=255) cAGCGCGTTGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCGCCGGTCACTGGACCTGcccataccgctgaccagaaccagccagggctggcg > 2:353342‑M2/1‑115 (MQ=255) aGCTCGTTGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATg > 1:560493/1‑150 (MQ=255) cTCGTTGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTc < 2:1112799/150‑1 (MQ=255) tCGTTGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTTACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCg < 1:838143/150‑1 (MQ=255) ttGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGAtg > 1:1166804/1‑150 (MQ=255) cgcCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTCCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGAtgctg < 1:60780/150‑1 (MQ=255) gcCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGAtgctgt < 2:645149/150‑1 (MQ=255) aTACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATgctgtgctgt < 1:402326/150‑1 (MQ=255) ggCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATa > 2:1207335/1‑150 (MQ=255) ggCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCAACCGGTATGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATa < 1:1055336/150‑1 (MQ=255) cgcgGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACt < 1:275220/150‑1 (MQ=255) gcgGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCgccggtcactggaccttgcccatac > 1:880238‑M1/1‑70 (MQ=255) gcgGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCgccggtcactggaccttgcccatac < 2:880238‑M1/95‑26 (MQ=255) ggCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGaaa < 2:1084843/150‑1 (MQ=255) ggCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGCCTGGTTCTGCTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCCATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGaaa > 2:177107/1‑150 (MQ=255) aCTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGAAAGGt > 1:774924/1‑150 (MQ=255) cccGCCTTGAGGTCGACGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCAACGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGAAAGGTATcc > 1:594587/1‑150 (MQ=255) cccGCCGTGTGGTCGAAGCGCAAGACCTGGCTGGTTCTGGTCAGGGTTATGGGCAA‑TGTCCAGTATTCGGCGCCCACCGCCAGGATCGCCTTGCCCGCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGATAAAGGTATcc < 2:61515/150‑1 (MQ=255) ccGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGGGATGCTGCTCGAGAAAGGtctcga > 2:631385/1‑148 (MQ=255) ccGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGAAAg > 2:492932/1‑143 (MQ=255) ccGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGAAAg < 1:492932/143‑1 (MQ=255) ccGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTCCTCGAGAAAGGTATCca > 2:349291/1‑150 (MQ=255) aGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGAAAGGTATCCACATCGCTGCGTTGca < 1:1028944/150‑1 (MQ=255) tctccAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGAAAGGTATCCACATCGCTGCGTTGcac < 1:11405/147‑1 (MQ=255) cgcCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCcaggtccagtgaccggcgcccataccgctgaccagaaccagccagggctggcgcttcgacctcaaggcgggcagtgccgaaatccgcgcccgtcgtatcgggcgcaacgcgctg > 2:353342‑M1/1‑36 (MQ=255) cAGCCCTGGCTGGTTCCGGTCAGCGGTATGGGCCA‑GGACCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGGTGGCCTTGCACTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGAGCGATGCTGCTCGTGTACGTTATTCACGTTGGTGCGTTGcaaaaga > 2:11405/1‑145 (MQ=255) aGCCCTGGCTGGATCTGATCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGAAAGGTATCCACATCGCTGCGTTGCAcaccac > 2:633664/1‑150 (MQ=255) cccTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGAAAGGTATCCACATCGCTGCGTTGCACACCACcg > 1:495345/1‑150 (MQ=255) tggctggTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGAAAGGTATCCACATCGCTGCGTTGCACACCACcgcgc < 2:495345/150‑1 (MQ=255) ggctggTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGaa > 2:351218/1‑114 (MQ=255) ggctggTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGaa < 1:351218/114‑1 (MQ=255) ggTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCgcccataccgctgaccagaaccagccagggctggcgcttcgacctcaaggcgggcagtgccgaaatccgcgcccgtcgtatcgggcgcaacgagctgggtgttctgcagtc > 1:353342‑M2/1‑39 (MQ=255) cTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGAAAGGTATCCACATCGCTGCGTTGCACACCACCGCGCGGTATGTAg < 2:287437/150‑1 (MQ=255) ggTCAGCGGTATGGTTAA‑GTTTCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCAATCAGAAGACGGCATAAGTGTGTGCTGTGCGCGATCCTGCAAGAGAACAGTATTTACATCGTTGCGTTGCACACCACCACGCGGTATGTAGGt < 1:611560/150‑1 (MQ=255) gTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGa < 2:463821/46‑1 (MQ=255) gTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGa > 1:463821/1‑46 (MQ=255) gTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCGCTCGCCTGACATGTCGGTGCTGTGCTGTACGCGATACTGCTCGAGAAAGGTATCCACATCGCTGCGTTGCACACCACCGCGCGGTATGTAGGTg > 1:930806/1‑150 (MQ=255) aGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGAAAGGTATCCACATCGCTGCGTTGCACACCACCGCGCGGTATGTAGGTgcgc > 1:286123/1‑150 (MQ=255) gCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGAAAGGTATCCACATCGCTGCGTTGCACACCACCGCGCGGTATGTAGGTGCGcc > 1:114755/1‑150 (MQ=255) cGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGAAAGGTATCCACATCGCTGCGTTGCACACCACCGCGCGGTATGTAGGTGCGCCa > 2:756612/1‑150 (MQ=255) gTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCgcccataccgctgaccagaaccagccagggctggcgcttcgacctcaaggcgggcagtgccgaaatccgc > 1:880238‑M2/1‑25 (MQ=255) gTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCgcccataccgctgaccagaaccagccagggctggcgcttcgacctcaaggcgggcagtgccgaaatccgc < 2:880238‑M2/95‑71 (MQ=255) tATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGAAAGGTATCCACATCGCTGCGTTGCACACCACCGCGCGGTATGTAGGTGCGCCAGTc < 2:1166804/150‑1 (MQ=255) gggCgccggtcactggaccttgcccataccgctgaccagaaccagccagggctggcgcttcgacctcaaggcgggcagtgccgaaatccgcgcccgtcgtatcgggcgcaacgagctgggtgttctgcagtcgctgttggcctatcacga > 1:1102364‑M1/1‑4 (MQ=255) cAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGAAAGGTATCCACATCGCTGCGTTGCACACCACCGCGCGGTATGTAGGTGCGCCAGTCATCGcc > 2:172844/1‑150 (MQ=255) | GCGTAGTCCATTTGCGCATCGTGATAGGCCAACAGCGACTGCAGAACACCCAGCTCGTTGCGCCCGATACGACGGGCGCGGATTTCGGCACTGCCCGCCTTGAGGTCGAAGCGCCAGCCCTGGCTGGTTCTGGTCAGCGGTATGGGCAA‑GGTCCAGTGACCGGCGCCCACCGCCAGGATGGCCTTGCCCTCGCCTGACATGTCGATGCTGTGCTGTGCGCGATACTGCTCGAGAAAGGTATCCACATCGCTGCGTTGCACACCACCGCGCGGTATGTAGGTGCGCCAGTCATCGCC > NC_002947/3991210‑3991505 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |