New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 653522 = | 56 (1.140) | 3 (0.060) | 3/238 | NT | 5.6% | coding (1224/1962 nt) | ctpL | methyl‑accepting chemotaxis protein CtpL |
? | NC_002947 | 653570 = | 48 (1.030) | coding (1176/1962 nt) | ctpL | methyl‑accepting chemotaxis protein CtpL |
ATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTGGTCTTGCCCAGGGCGATGGCTTGGGCGAA > NC_002947/653426‑653716 | aTCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGc < 2:1263127/150‑1 (MQ=255) gcgGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATg < 2:556622/150‑1 (MQ=255) cgGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCTGTTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATgg < 2:314551/150‑1 (MQ=255) ggCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAAT‑GTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGctgctg < 1:1147558/150‑1 (MQ=255) tCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCg > 1:842359/1‑150 (MQ=255) cggcggCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCgg < 2:42963/150‑1 (MQ=255) cggcTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCa < 1:32050/150‑1 (MQ=255) tGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGATCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGgctgct > 1:421340/1‑138 (MQ=255) tGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGATCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGgctgct < 2:421340/138‑1 (MQ=255) gtcagtacctggtggagctggtcggcaccatccgtcataatgccgagcaggtggccggcagcagccatgccctgGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAgg < 1:653039‑M1/52‑1 (MQ=255) gtcagtacctggtggagctggtcggcaccatccgtcataatgccgagcaggtggccggcagcagccatgccctgGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAgg > 2:653039‑M1/75‑126 (MQ=255) aTCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCAtt > 2:178811/1‑150 (MQ=255) aTCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCAtt > 2:214980/1‑150 (MQ=255) cACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTAt > 1:211026/1‑150 (MQ=255) aCCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATg > 1:198306/1‑150 (MQ=255) ccAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGa > 2:341041/1‑150 (MQ=255) cAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGAc > 1:200380/1‑150 (MQ=255) cACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGAt > 1:256298/1‑150 (MQ=255) gAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGa > 1:538064/1‑150 (MQ=255) gTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGc > 2:354120/1‑150 (MQ=255) ttGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCt > 2:57076/1‑150 (MQ=255) ttCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTccac > 1:185968/1‑150 (MQ=255) ttCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCAGGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTccac > 1:164582/1‑150 (MQ=255) tCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTccacc < 1:354120/150‑1 (MQ=255) aGCTCGCCCAAGGCATCTCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATgg > 2:658068/1‑130 (MQ=255) aGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATgg < 1:658068/130‑1 (MQ=255) cAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACg < 2:538064/150‑1 (MQ=255) aaGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGc < 2:198306/150‑1 (MQ=255) ggCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAg < 1:57076/150‑1 (MQ=255) cATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGc < 2:200380/150‑1 (MQ=255) cATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGc > 1:547775/1‑150 (MQ=255) gcgGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGtt < 1:341041/150‑1 (MQ=255) tGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGAc > 1:771272/1‑150 (MQ=255) gTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGACTGGTTCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGCGCGagc > 1:462115/1‑148 (MQ=255) tCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATgg < 1:538796/67‑1 (MQ=255) tCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATgg > 2:538796/1‑67 (MQ=255) tCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCa < 2:816234/80‑1 (MQ=255) tCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCa > 1:816234/1‑80 (MQ=255) tCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTc < 2:185968/150‑1 (MQ=255) tCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTc > 1:490720/1‑150 (MQ=255) cGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAgg < 1:37944/134‑1 (MQ=255) cGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAgg > 2:37944/1‑134 (MQ=255) cGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCt > 1:1148592/1‑150 (MQ=255) tATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGa > 1:1191788/1‑150 (MQ=255) cctggccggcatgagcgctgcgctgcacggcggcgccgagcgacaggccggcCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGAc > 2:653039‑M2/53‑126 (MQ=255) cctggccggcatgagcgctgcgctgcacggcggcgccgagcgacaggccggcCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGAc < 1:653039‑M2/74‑1 (MQ=255) gccggcatgagcgctgcgctgcacggcggcgccgagcgacaggccggcCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTc > 1:5748‑M2/49‑150 (MQ=255) GCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTc > 2:1215679‑M1/1‑150 (MQ=255) tCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCgg > 1:480342/1‑150 (MQ=255) gccgTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTGGTCtt < 1:1052104/150‑1 (MQ=255) agcgcagcgcTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTGGTCTTGCCCAgg > 1:897053/1‑150 (MQ=255) gcgcagcgcGCATGCCGGCCAGGGCATTGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTGGTCTTGCCCAggg < 2:142621/150‑1 (MQ=255) agcgcTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTGGTCTTGCCCAGGGCGAt < 2:547775/150‑1 (MQ=255) gcgcTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCGACCTGCTCGGCAGTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTGGTCTTGCCCAGGGCGATg < 2:406478/150‑1 (MQ=255) tCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGAATGGCGTGCAGTTCACGGTTGGTCTTGCCCAGGGCGATGGCtt > 1:1174743/1‑150 (MQ=255) aTGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACACGTTACTGACGCAGGCGGTTGAGGGACTCAGGGATAGCGGGCAGTTCGCGGTTGGTCTTGCCCAGGGCGATGGCTTgg > 1:287733/1‑150 (MQ=255) tGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTGGTCTTGCCCAGGGCGATGGCTTggg < 1:1178902/150‑1 (MQ=255) ggcCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTGGTCTTGCCCAGGGCGATGGCTTGGGCGaa > 1:342364‑M2/4‑150 (MQ=255) | ATCGCGGCTGGCCTCGGCGGCTGCGCTGGCATCACCAGCCACTTGTTGAATGGTTGCTTCCAGCTCGCCCAAGGCATCGCGGATCTGTCCGGTATCGCCGGCCTGTCGCTCGGCGCCGCCGTGCAGCGCAGCGCTCATGCCGGCCAGGGCATGGCTGCTGCCGGCCACCTGCTCGGCATTATGACGGATGGTGCCGACCAGCTCCACCAGGTACTGACGCAGGCGGTTGAGCGACTCCTGGATGTCGTGCAGTTCGCGGTTGGTCTTGCCCAGGGCGATGGCTTGGGCGAA > NC_002947/653426‑653716 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |