New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 942551 | NA (NA) | 3 (0.070) | 3/234 | NT | 9.1% | coding (3074/18933 nt) | PP_0806 | surface adhesion protein |
? | NC_002947 | = 942587 | 32 (0.650) | coding (3038/18933 nt) | PP_0806 | surface adhesion protein |
TGCTGCCCGGTTCGGCACGGCCGGTGATAACGCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑ATTCAGTTCGATGCTGAAGCTGCCATCGGCGTTGGCAATGGCACTGCCAATCAACGT > NC_002947/942507‑942735 | ggctgcCCGGTTCGGCACGGCCGGTGATAACGCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCcagca < 1:1089581/149‑1 (MQ=17) tgcCCGGTTCGGCACGGCCGGTGATAACGCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGtt < 2:1009159/150‑1 (MQ=32) tgcCCGGTTCGGCACGGCCGGTGATAACGCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGtt > 1:959019/1‑150 (MQ=32) gcCCGGTTCGGCACGGCCGGTGATAACGCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTc < 1:610591/150‑1 (MQ=32) ccGGTTCGGCACGGCCGGTGATAACGCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGc > 1:1234556/1‑150 (MQ=32) ggTTCGGCACGGCCGGTGATAACGCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCg > 1:126545/1‑150 (MQ=32) gCACGGCCGGTGATAACGCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGGAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCt > 1:651124/1‑150 (MQ=17) aCGGCCGGTGATAACGCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTtg > 2:645585/1‑150 (MQ=32) gCCGGTGATAACGCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGAGGCCGGGGCGGTGCTCTCGGGTGTGCGGGTCTGTTTGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGc < 2:1109565/150‑1 (MQ=11) cGGTGATAACGCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCgg > 1:830203/1‑150 (MQ=32) cGGTGATAACGCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCgg > 2:778434/1‑150 (MQ=32) gTGATAACGCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGGTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGAGGGCGGCGACGCAGCTCGGGCCATATGTTTGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCCTTGGCTTGTGCGGG‑a < 2:1008850/150‑1 (MQ=11) gatctcGCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCATGGGCTATGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑Att < 2:359027/145‑1 (MQ=255) aaCGCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑ATTCAg < 2:266779/150‑1 (MQ=32) cGCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑ATTCAGtt < 2:527987/150‑1 (MQ=32) gCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCGGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑ATTCAGTTc > 1:840083/1‑150 (MQ=17) gCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTAGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCGAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑ATTCAgatc > 1:359027/1‑147 (MQ=12) gCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGAACGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGGTTTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTCAGCTTGTGCGGG‑ATTCAGTTc > 2:352167/1‑150 (MQ=11) cTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑ATTCAGTTCg > 2:863597/1‑150 (MQ=32) tGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑ATTCAGTTCGa > 1:787988/1‑150 (MQ=32) gCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑ATTCAGTTCGAt < 2:131153/150‑1 (MQ=32) tCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑ATTCAGTTCGATGCTg > 2:1191494/1‑150 (MQ=32) ccGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGc < 1:1078356/130‑1 (MQ=33) ccGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGc > 2:1078356/1‑130 (MQ=33) gcgcTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGAgcgcggacggcagcgttatcaccggccgtgccgaaccgggcagcaccgtgcgcatcgtggctgccgacggaaccgaactgggcactgccgtggtcggcccgaccggcgtg < 2:598491‑M2/150‑111 (MQ=255) cgcTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGAgcgcggacggcagcgttatcaccggccgtgccgaaccgggcagcaccgtgcgcatcgtggctgccgacggaaccgaactgggcactgccgtg < 1:313867‑M2/131‑93 (MQ=255) cgcTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGAgcgcggacggcagcgttatcaccggccgtgccgaaccgggcagcaccgtgcgcatcgtggctgccgacggaaccgaactgggcactgccgtg > 2:313867‑M2/1‑39 (MQ=255) tCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑ATTCAGTTCGATGCTGAAGCTGc < 1:645585/150‑1 (MQ=32) ccGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑ATTCAGTTCGATGCTGAAGCTGCCAt < 2:1234556/150‑1 (MQ=32) cGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑ATTCAGTTCGATGCTGAAGCTGCCATc > 2:932442/1‑150 (MQ=32) gTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑ATTCAGTTCGATGCTGAAGCTGCCATCGGCGt < 2:787988/150‑1 (MQ=32) gTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑ATTCAGTTCGATGCTGAAGCTGCCATCGGCGt < 2:840083/150‑1 (MQ=32) tcggtcggTGCGGCAGGCGCGTTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑ATTCAGTTCGATGCTGAAGCTGCCATCGGCGTTg < 1:1029199/150‑1 (MQ=17) gtcggtGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑ATTCAGTTCGATGCTGAAGCTGCCATCGGCGTTGGCa > 1:687761/1‑150 (MQ=32) ggCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑ATTCAGTTCGATGCTGAAGCTGCCATCGGCGTTGGCAATGGCACt < 2:585136/150‑1 (MQ=32) gCGGTGAgcgcggacggcagcgttatcaccggccgtgccgaaccgggcagcaccgtgcgcatcgtggctgccgacggaaccgaactgggcactgccgtggtcggcccgaccggcgtgttcagcctcaacctcaacccgccacaagttgac < 2:371433‑M2/150‑144 (MQ=255) gCGGTGAgcgcggacggcagcgttatcaccggccgtgccgaaccgggcagcaccgtgcgcatcgtggctgccgacggaaccgaactgggcactgccgtggtcggcccgaccggcgtgttcagcctcaacctcaa < 2:192178‑M2/134‑128 (MQ=255) gCGGTGAgcgcggacggcagcgttatcaccggccgtgccgaaccgggcagcaccgtgcgcatcgtggctgccgacggaaccgaactgggcactgccgtggtcggcccgaccggcgtgttcagcctcaacctcaa > 1:192178‑M2/1‑7 (MQ=255) ggTGAgcgcggacggcagcgttatcaccggccgtgccgaaccgggcagcaccgtgcgcatcgtggctgccgacggaaccgaactgggcactgccgtggtcggcccgaccggcgtgttcagcctcaacctcaacccgccacaagttgacgg < 2:794404‑M2/150‑146 (MQ=255) gTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCTGG‑ATTCAGTTCGATGCTGAAGCTGCCATCGGCGTTg > 1:794787/1‑129 (MQ=18) gTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCTGG‑ATTCAGTTCGATGCTGAAGCTGCCATCGGCGTTg < 2:794787/129‑1 (MQ=18) gTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑ATTCAGTTCGATGCTGAAGCTGCCATCGGCGTTGGCAATGGCACTGCCAATCAAc > 1:564841/1‑150 (MQ=34) gTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTCAGAAGTTGGCTTGTGCGGGCATCGCCTTCGA‑GTCGGGGCTTCCATCGGCGTTGGCAATGGCACTGCCAATCAAc < 1:863597/150‑1 (MQ=11) agcgcggacggcagcgttatcaccggccgtgccgaaccgggcagcaccgtgcgcatcgtggctgccgacggaaccgaactgggcactgccgtggtcggcccgaccggcgtgttcagcctcaacctcaacccgccacaagttgacggcgaa > 2:680334‑M2/1‑1 (MQ=255) | TGCTGCCCGGTTCGGCACGGCCGGTGATAACGCTGCCGTCCGCGCTCACCGCCAGTTCGGTCGGTGCGGCAGGGGCGGTGATGTCGGGCGCGGTGATCTGTGCGGGCAGCGAGGAAACGCCGCCGTCATCGATGGCGACCACGTCCAGCAGTTCGCCGTTGGCTTGTGCGGG‑ATTCAGTTCGATGCTGAAGCTGCCATCGGCGTTGGCAATGGCACTGCCAATCAACGT > NC_002947/942507‑942735 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |