New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3985558 = | 51 (1.040) | 7 (0.150) | 3/240 | NT | 13.3% | coding (798/855 nt) | PP_3513 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 3985582 = | 42 (0.890) | coding (822/855 nt) | PP_3513 | LysR family transcriptional regulator |
GCCGTACGCGGGTTTGGCTGGGCCGAGCTGCCCAGGGCGCTGGTAAAACGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACAAGCCTTCCCCCCACCCCGCCCCTTAGCCTGTCACCACGCGCCGCCCCGCCGCGGC > NC_002947/3985433‑3985731 | gCCGTACGCGGGTTTGGCTGGGCCGAGCTGCCCAGGGCGCTGGTAAAACGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCggg < 1:429844/150‑1 (MQ=255) tACGCGGGTTTGGCTGGGCCGAGCTGCCCAGGGCGCTGGTAAAACGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAAt < 1:923258/150‑1 (MQ=255) cgGGTTTGGCTGGGCCGAGCTGCCCAGGGCGCTGGTAAAACGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGTTGGGTGGATATTGAGGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCt < 1:349816/150‑1 (MQ=255) gTTTGGCTGGGCCGAGCTGCCCAGGGCGCTGGTAAAACGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGt < 2:465903/150‑1 (MQ=255) gggggtggggggaaggcttgtcgctgggtgtaccggttgttgtgtctgggcgcacttcaagttcgggcaggcgacacaactattgccccaacatctgtcgcaccagccattgcccggcgtgccttggggccggccggGCAATGGCTGGTg < 1:110600‑M2/13‑1 (MQ=255) gCCCAGGGCGCTGGTAAAACGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGAt > 2:1269682/1‑141 (MQ=255) gCCCAGGGCGCTGGTAAAACGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGAt < 1:1269682/141‑1 (MQ=255) ggCGCTGGTAAAACGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGtt < 1:154162/150‑1 (MQ=255) atctcTGGTAAAACGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGtt < 1:538314/146‑1 (MQ=255) gcgcTGGTAAAACGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGc > 1:58514/1‑127 (MQ=255) gcgcTGGTAAAACGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGc < 2:58514/127‑1 (MQ=255) cgcTGGTAAAACGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTtgt < 2:548062/150‑1 (MQ=255) cgcTCGTAAAACGGTTTGGCAACGAGCCGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTtgt < 1:334448/150‑1 (MQ=255) gcTGGTAAAACGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACGGATGTTGGGGCAATAGt > 1:830191/1‑146 (MQ=255) gcTGGTAAAACGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACGGATGTTGGGGCAATAGt < 2:830191/146‑1 (MQ=255) gcTGGTAAAACGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGt < 2:243574/146‑1 (MQ=255) gcTGGTAAAACGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGt > 1:243574/1‑146 (MQ=255) tGGTAAAACGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCGCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGTGGTCGGCCGGGCAATGGCGGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTtgagaa > 2:538314/1‑146 (MQ=255) gTAAAACGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGc < 1:558981/150‑1 (MQ=255) ccggttgttgtgtctgggcgcacttcaagttcgggcaggcgacacaactattgccccaacatctgtcgcaccagccattgcCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCaa > 1:812137‑M1/82‑109 (MQ=255) ccggttgttgtgtctgggcgcacttcaagttcgggcaggcgacacaactattgccccaacatctgtcgcaccagccattgcCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCaa > 1:812109‑M1/82‑109 (MQ=255) ccggttgttgtgtctgggcgcacttcaagttcgggcaggcgacacaactattgccccaacatctgtcgcaccagccattgcCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCaa < 2:812109‑M1/28‑1 (MQ=255) ccggttgttgtgtctgggcgcacttcaagttcgggcaggcgacacaactattgccccaacatctgtcgcaccagccattgcCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCaa < 2:812137‑M1/28‑1 (MQ=255) aaaCGGTTTGGTAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGt < 2:381800/116‑1 (MQ=255) aaaCGGTTTGGTAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGt > 1:381800/1‑116 (MQ=255) aaaCGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTg > 1:1040822/1‑150 (MQ=255) aCGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGcc < 2:1040822/150‑1 (MQ=255) tttGGCAACGAGCTGGGGGAGTTGCAGATAGCGGGCTAGCCCCGGCCGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCCAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGTAATGGCTGGTGCGACAGAGGTTGCGGCAAAAGTTGTGTCCCCTGCCCGaa < 2:583938/150‑1 (MQ=255) ttGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAAc < 1:1219076/150‑1 (MQ=255) gATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACaacaac < 2:603002/150‑1 (MQ=255) cGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTa < 1:401696/150‑1 (MQ=255) cGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTa > 2:345640/1‑150 (MQ=255) gCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGTAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTacac > 2:923321/1‑150 (MQ=255) ccccGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTg < 1:362030/84‑1 (MQ=255) ccccGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTg > 2:362030/1‑84 (MQ=255) ccccGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGc > 2:581764/1‑150 (MQ=255) ggcggGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACa < 1:136176/150‑1 (MQ=255) gATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACAAGCCTTCCCCCCAc > 2:1016285/1‑150 (MQ=255) tgGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACAAGCCTTCccccccccccc > 1:486344/1‑149 (MQ=255) caccagccattgcCCGGCCGGCCCCAAGGCACGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACAAGCCTTCCCCCCaccccc < 1:110600‑M1/137‑2 (MQ=255) gCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACAAGCCTTCCCCCCACCCCGcc > 2:1123654/1‑150 (MQ=255) ccTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGc > 1:799828/1‑77 (MQ=255) ccTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGc < 2:799828/77‑1 (MQ=255) gTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACAAGCCTTCCCCCCACCCCGCCCCTTa > 1:880253/1‑150 (MQ=255) ttgcccggccggccccaaggcacgccggGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCgg > 1:812137‑M2/29‑109 (MQ=255) ttgcccggccggccccaaggcacgccggGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCgg > 1:812109‑M2/29‑109 (MQ=255) ttgcccggccggccccaaggcacgccggGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCgg < 2:812137‑M2/81‑1 (MQ=255) ttgcccggccggccccaaggcacgccggGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCgg < 2:812109‑M2/81‑1 (MQ=255) gAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACAAGCCTTCCCCCCACCCCGCCCCTTAGcc > 1:97844/1‑150 (MQ=255) gAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACAAGCCTTCCCCCCACCCCGCCCCTTAGcc > 2:1253098/1‑150 (MQ=255) cggccggccccaaggcacgccggccggGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACAAGCCTTCCCCCCACCCCGCCCCTTAGc > 2:1108403‑M2/28‑149 (MQ=255) cggccggccccaaggcacgccggccggGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACAAGCCTTCCCCCCACCCCGCCCCTTAGc < 1:1108403‑M2/122‑1 (MQ=255) CGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACAAGCCTTCCCCCCACCCCGCCCCTTAGCCTGTc > 1:913434‑M1/1‑150 (MQ=255) GCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACtt > 1:53135‑M1/1‑76 (MQ=255) GCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACtt < 2:53135‑M1/76‑1 (MQ=255) gTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACAAGCCTTCCCCCCACCCCGCCCCTTAGCCTGTcacca > 2:317493/1‑150 (MQ=255) tGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACAAGCCTTCCCCCCACCCCGccc > 1:860245/1‑134 (MQ=255) tGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCCACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACAAGCCTTCCCCCCACCCCGccc < 2:860245/134‑1 (MQ=255) ttGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACAAGCCTTCCCCCCACCCCGCCCCTTAGCCTGTCACCACgcgc > 1:444210/1‑150 (MQ=255) cggGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACAAGCCTTCCCCCCACCCCGCCCCTTAGCCTGTCACCACGCGCCGCCCcgccgc > 2:1193386‑M2/4‑150 (MQ=255) cggGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACAAGCCTTCCCCCCACCCCGCCCCTTAGCCTGTCACCACGCGCCGCCCcgccgc < 1:317493‑M2/147‑1 (MQ=255) gCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACAAGCCTTCCCCCCACCCCGCCCCTTAGCCTGTCACCACGCGCCGCCCCGCCGCGgc > 2:640621/1‑150 (MQ=255) | GCCGTACGCGGGTTTGGCTGGGCCGAGCTGCCCAGGGCGCTGGTAAAACGGTTTGGCAACGAGCTGGTGGAGTTGCAGATAGCGGGCTACCCCCGGCGGGTGGATATGGATGTGGCCTGGTCGAGCCGGCGTGCCTTGGGGCCGGCCGGGCAATGGCTGGTGCGACAGATGTTGGGGCAATAGTTGTGTCGCCTGCCCGAACTTGAAGTGCGCCCAGACACAACAACCGGTACACCCAGCGACAAGCCTTCCCCCCACCCCGCCCCTTAGCCTGTCACCACGCGCCGCCCCGCCGCGGC > NC_002947/3985433‑3985731 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |