New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_002947 | 1581603 = | 125 (1.090) | 7 (0.060) | 6/234 | NT | 5.7% | coding (994/1155 nt) | ttgA | efflux pump periplasmic linker TtgA |
? | NC_002947 | 1581631 = | 110 (1.000) | coding (966/1155 nt) | ttgA | efflux pump periplasmic linker TtgA |
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
GCGTCTGCTTTCGCCGCGTTGGCCTGATCAGGACCGGCCGGCTTCTTGACGTTGGTGGCATCGCTGACCTTCACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCAGCCCTTCGGTGATCAGGCGGTCACCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGCTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGCCAGGATGGCGTTGGCGTTGACCCCGGC > NC_002947/1581455‑1581750 | gCGTCTGCTTTCGCCGCGTTGGCCTGATCAGGACCGGCCGGCTTCTTGACGTTGGTGGCATCGCTGACCTTCACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCAGCCCTTCGGTGATCAGGCGGTCACCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGC < 1:2867971‑M1/150‑1 (MQ=255) gCGTCTGCTTTCGCCGCGTTGGCCTGATCAGGACCGGCCGGCTTCTTGACGTTGGTGGCATCGCTGACCTTCACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCAGCCCTTCGGTGATCAGGCGGTCACCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGC < 2:2498755‑M1/150‑1 (MQ=255) gCGTCTGCTTTCGCCGCGTTGGCCTGATCAGGACCGGCCGGCTTCTTGACGTTGGTGGCATCGCTGACCTTCACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCAGCCCTTCGGTGATCAGGCGGTCACCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGC < 2:2461922‑M1/150‑1 (MQ=255) gCGTCTGCTTTCGCCGCGTTGGCCTGATCAGGACCGGCCGGCTTCTTGACGTTGGTGGCATCGCTGACCTTCACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCAGCCCTTCGGTGATCAGGCGGTCACCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGC > 1:2249474‑M1/1‑150 (MQ=255) aggcatgttcgtgcatgcgcggctcaaggccggggtcaacgccaacgccatcctggcaccgcaacaaggcgtgacccgcgacctcaagggcgcacccaccgccctggtggtcaaccaggagaacaaggtcgaactgcgccagctcaagGc < 2:526815‑M1/2‑1 (MQ=255) gcatgttcgtgcatgcgcggctcaaggccggggtcaacgccaacgccatcctggcaccgcaacaaggcgtgacccgcgacctcaagggcgcacccaccgccctggtggtcaaccaggagaacaaggtcgaactgcgccagctcaagGCCa > 2:1926177‑M1/147‑150 (MQ=255) gcatgttcgtgcatgcgcggctcaaggccggggtcaacgccaacgccatcctggcaccgcaacaaggcgtgacccgcgacctcaagggcgcacccaccgccctggtggtcaaccaggagaacaaggtcgaactgcgccagctcaagGCCa < 1:723931‑M1/4‑1 (MQ=255) gTCTGCTTTCGCCGCGTTGGCCTGATCAGGACCGGCCGGCTTCTTGACGTTGGTGGCATCGCTGACCTTCACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCAGCCCTTCGGTGATCAGGCGGTCACCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCA > 2:2750071‑M1/1‑150 (MQ=255) tCTGCTTTCGCCGCGTTGGCCTGATCAGGACCGGCCGGCTTCTTGACGTTGGTGGCATCGCTGACCTTCACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCAGCCCTTCGGTGATCAGGCGGTCACCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAG > 2:207178‑M1/1‑150 (MQ=255) cTTTCGCCGCGTTGGCCTGATCAGGCCCTGCCGGCTTCTTGACGTTGGTGGCATCGCTGACCTTCACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCAGGCCTAGCGTGATTAATTAGTCACCCGGATTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAGTCGc < 1:534001/150‑1 (MQ=255) tttCGCCGCGTTGGCCTGATCAGGACCGGCCGGCTTCTTGACGTTGGTGGCATCGCTGACCTTCACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCAGCCCTTCGGTGATCAGGCGGTCACCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAGTCGCt > 1:1390067/1‑150 (MQ=255) tCGCCGCGTTGGCCTGATCAGGACCGGCCGGCTTCTTGACGTTGGTGGCATCGCTGACCTTCACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCAGCCCTTCGGTGATCAGGCGGTCACCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAGTCGCTAc < 1:2735683/150‑1 (MQ=255) tCGCCGCGTTGGCCTGATCAGGACCGGCCGGCTTCTTGACGTTGGTGGCATCGCTGACCTTCACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCAGCCCTTCGGTGATCAGGCGGTCACCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAGTCGCTAc < 2:899809/150‑1 (MQ=255) tgcgcggctcaaggccggggtcaacgccaacgccatcctggcaccgcaacaaggcgtgacccgcgacctcaagggcgcacccaccgccctggtggtcaaccaggagaacaaggtcgaactgcgccagctcaagg > 2:202320‑M1/134‑134 (MQ=255) cgTTGGCCTGATCAGGACCGGCCGGCTTCTTGACGTTGGTGGCATCGCTGACCTTCACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCAGCCCTTCGGTGATCAGGCGGTCACCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAgg < 1:664498/150‑1 (MQ=255) gTTGGCCTGGGCAGGACCGGCCGGCTTGTTGACGGTGGTGGCAGCGCTGGTCTTGACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCACCCCTTCGGTGATCTGGCGGTCACCCGGGTTGAGGCCGTCCTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGt < 2:1178364/150‑1 (MQ=255) ggCCTGATCAGGACCGGCCGGCTTCTTGACGTTGGTGGCATCGCTGACCTTCACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCAGCCCTTCGGTGATCAGGCGGTCACCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAGTCGCTAccc < 2:2945475/142‑1 (MQ=255) cTGATCAGGACCGGCCGGCTTCTTGACGTTGGTGGCATCGCTGACCTTCACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCAGCCCTTCGGTGATCAGGCGGTCACCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGct < 2:2271118‑M2/150‑3 (MQ=255) cTGATCAGGACCGGCCGGCTTCTTGACGTTGGTGGCATCGCTGACCTTCACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCAGCCCTTCGGTGATCAGGCGGTCACCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGct < 1:524062‑M2/150‑3 (MQ=255) tGATCAGGACCGGCCGGCTTCTTGACGTTGGTGGCATCGCTGACCTTCACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCAGCCCTTCGGTGATCAGGCGGTCACCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGctg < 1:2922043‑M2/150‑4 (MQ=255) caaggccggggtcaacgccaacgccatcctggcaccgcaacaaggcgtgacccgcgacctcaagggcgcacccaccgccctggtggtcaaccaggagaacaaggtcgaactgcgccagctcaagGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGCTg > 2:63800‑M1/125‑150 (MQ=255) aGGACCGGCCGGCTTCTTGACGTTGGTGGCATCGCTGACCTTCACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCAGCCCTTCGGTGATCAGGCGGTCACCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGCTGGCCtt > 1:346270/1‑150 (MQ=255) gACCGGCCGGCTTCTTGACGTTGGTGGCATCGCTGACCTTCACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCAGCCCTTCGGTGATCAGGCGGTCACCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGCTGGCCTTGa < 1:3030315/150‑1 (MQ=255) 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gTCACCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGCTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGc < 2:2467387/150‑1 (MQ=255) aCCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGCTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGGCAg > 1:181035/1‑150 (MQ=255) aCCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGCTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGCCAg > 1:1014845/1‑150 (MQ=255) cccGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAGTAGCTACCCAAGGT‑GCGGCTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGc < 1:2489212/133‑1 (MQ=255) ccGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGCTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTgcgc < 1:2388870/111‑1 (MQ=255) gTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGCTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGCCAGGAtggc < 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gCCTTCCTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGCTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTAAGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGTCGGTGGGTGCGCCCTTGATGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGCCAGGAtggcgttggc < 2:346270/150‑1 (MQ=255) ttCCTCGATCAGCCAGtcgctacccaaggtgcggctggctgatcgaggaaggcctcaacccgggtgaccgcctgatcaccgaagggctgcagtacgtgcgcccaggcgtcgaggtgaaggtcagcgatgccaccaacgtca < 2:608964‑M1/141‑126 (MQ=255) ttCCTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGCTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGCCAGGATggcgttggcgtt < 2:323813/150‑1 (MQ=255) ttCCTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGCTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGCCAGGATggcgttggcgtt < 1:2162586/150‑1 (MQ=255) tCCTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGCTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGc > 1:1975113/1‑126 (MQ=255) ccagctcaagGCCAGCCGC‑ACCTTGGGTAGCGACTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGa < 2:309199‑M1/93‑1 (MQ=255) ccTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGCTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGCCAGGATGGCGTTGGCGTTGa > 1:2145612/1‑150 (MQ=255) cTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGCTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCgg < 1:1422402/109‑1 (MQ=255) tCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGctggctgatcgaggaaggcctcaacccgggtgaccgcctgatcaccgaagggctg > 2:339751‑M2/1‑30 (MQ=255) gATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGCTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGCCAGGATGGCGTTGGCGTTGAcccc > 2:394320/1‑150 (MQ=255) cAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGCTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGCCAGGATGGCGTTGGCGTTGACCCCGGc < 1:1718383/150‑1 (MQ=255) | GCGTCTGCTTTCGCCGCGTTGGCCTGATCAGGACCGGCCGGCTTCTTGACGTTGGTGGCATCGCTGACCTTCACCTCGACGCCTGGGCGCACGTACTGCAGCCCTTCGGTGATCAGGCGGTCACCCGGGTTGAGGCCTTCCTCGATCAGCCAGTCGCTACCCAAGGT‑GCGGCTGGCCTTGAGCTGGCGCAGTTCGACCTTGTTCTCCTGGTTGACCACCAGGGCGGTGGGTGCGCCCTTGAGGTCGCGGGTCACGCCTTGTTGCGGTGCCAGGATGGCGTTGGCGTTGACCCCGGC > NC_002947/1581455‑1581750 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |