New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1621649 = | 130 (1.140) | 7 (0.060) | 6/232 | NT | 5.4% | coding (521/1392 nt) | PP_1421 | sensor histidine kinase TctE |
? | NC_002947 | 1621671 = | 123 (1.130) | coding (543/1392 nt) | PP_1421 | sensor histidine kinase TctE |
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
TCTACAACGCCACTTACCTGGGCCAGGACGTTCGTGTGGTCAGCCTGCTGAAGCCGG‑‑TCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTGGTGCAGG > NC_002947/1621502‑1621798 | cgggcccagctcgcgctgcacctgcaccaccggcaacgctcgcaagtcgtccggctggcgttcttccaccgctgtgcgaaggcgctccaacggccgcaacgcggcactcacggcaaaccacaccatcaccaacgcccccagtgccagcAt > 1:2975428‑M1/149‑150 (MQ=255) tACAACGCCACTTACCTGGGCCAGGACGTTCGTGTGGTCAGCCTGCTGAAGCCGG‑‑TCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATAcc < 1:2025998/150‑1 (MQ=255) tACAACGCCACTTACCTGGGCCAGGACGTTCGTGTGGTCAGCCTG‑‑ACATCAGGAATCATCTAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATAcc < 2:1618725/150‑1 (MQ=255) aCAACGCCACTTACCGGGGCCAGGCCGTTCGTGTGGTCAGCCTGCTGAGGCCGG‑‑TCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATAccc < 1:1885944/150‑1 (MQ=255) gcccagctcgcgctgcacctgcaccaccggcaacgctcgcaagtcgtccggctggcgttcttccaccgctgtgcgaaggcgctccaacggccgcaacgcggcactcacggcaaaccacaccatcaccaacgcccccagtgccagcATAcc > 2:1087264‑M1/146‑150 (MQ=255) gcccagctcgcgctgcacctgcaccaccggcaacgctcgcaagtcgtccggctggcgttcttccaccgctgtgcgaaggcgctccaacggcagcaacgcggcactcacggcaaaccacaccatcaccaacgcccccagtgccagcATAcc > 1:980302‑M1/146‑150 (MQ=255) cccagctcgcgctgcacctgcaccaccggcaacgctcgcaagtcgtccggctggcgttcttccaccgctgtgggaaggcgctccaacggccgcaccgcgcctttcactgcagaccacaccatcaccaacgcccccagtgccagcATAccc < 1:2216559‑M1/6‑1 (MQ=255) ccagcacgcgctgcacctgcaccaccggcaacgctcgcaagtcgtccggctggcggtcttccaccgctgtgcgaaggcgctccaacggccgcaacgcggcactcacggcaaaccacaccatcaccaacgcccccagtgccagcATacccc < 2:2491144‑M1/7‑2 (MQ=255) cGCCACTTACCTGGGCCAGGACGTTCGTGTGGTCAGCCTGCTGAAGCCGG‑‑TCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCAGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCctgct < 2:454830/150‑1 (MQ=255) ccACTTACCTGGGCCAGGACGTTCGTGTGGTCAGCCTGCTGAAGCCGG‑‑TCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCtgctgc > 2:1065420/1‑150 (MQ=255) tACCTGGGCCAGGACGTTCGTGTGGTCAGCCTGCTGAAGCCGG‑‑TCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTg < 1:1613384/150‑1 (MQ=255) aCCTGGGCCAGGACGTTCGTGTGGTCAGCCTGCTGAAGCCGG‑‑TCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTgg < 1:345749/150‑1 (MQ=255) ccTGGGCCAGGACGTTCGTGTGGTCAGCCTGCTGAAGCCGG‑‑TCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTggg > 1:2553914/1‑150 (MQ=255) tGGGCCAGGACGTTCGTGTGGTCAGCCTGCTGCAAGCGT‑‑GCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTa > 1:1780989/1‑150 (MQ=255) gCCAGGACGTTCGTGTGGTCAGCCTGCTGAAGCCGG‑‑TCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCctgct < 1:579134/136‑1 (MQ=255) cAGGACGTTCGTGTGGTCAGCCTGCTGAAGCCGG‑‑TCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTg > 2:1612828/1‑150 (MQ=255) aGGACGTTCGTGTGGTCAGCCTGCTGAAGCCGG‑‑TCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTgg > 2:2303834/1‑150 (MQ=255) cccccccggcaacgctcgcaagtcgtccggctggcgttcttccaccgctgtgcgaaggcgctccaacggccgcaacgcggcactcacggcaaaccacaccatcaccaacgcccccagtgccagcATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTg > 2:220220‑M1/125‑150 (MQ=255) 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ggTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCTAGCCGga < 1:2826865/150‑1 (MQ=255) gcgcATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGACCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGgacga < 2:1780989/150‑1 (MQ=255) catcaccaacgccgccagtgccagcATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGc > 1:2540083‑M1/26‑49 (MQ=255) gcATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGc > 2:1826937/1‑91 (MQ=255) cATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTg < 2:1422967/127‑1 (MQ=255) cATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTg > 1:1422967/1‑127 (MQ=255) gCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGa > 1:584364/1‑150 (MQ=255) cccGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAg > 2:1142896/1‑150 (MQ=255) cccGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACGGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAg > 2:2735837/1‑150 (MQ=255) ccGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGAGACGGTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGc > 1:220287/1‑150 (MQ=255) cGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATg > 1:205998/1‑63 (MQ=255) cGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATg < 2:205998/63‑1 (MQ=255) ggTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGc < 1:2706286/150‑1 (MQ=255) gTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGcc < 1:2303834/150‑1 (MQ=255) ggCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCggtggt > 1:1364874/1‑150 (MQ=255) ggCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGCGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCggtggt < 2:20243/150‑1 (MQ=255) cGATACCCTGCTGCGCCTTGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCAGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCa < 1:2091122/117‑1 (MQ=255) cGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTggtgca > 1:895396/1‑150 (MQ=255) cGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTggtgca < 2:1364874/150‑1 (MQ=255) cGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTggtgca > 2:1546178/1‑150 (MQ=255) cGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTggtgc > 2:2555135/1‑149 (MQ=255) cGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCAGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCa > 2:2091122/1‑117 (MQ=255) cGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGAGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTggtgca > 2:924152/1‑150 (MQ=255) gATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTggtgcag < 2:1674656/150‑1 (MQ=255) gATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTggtgcag < 1:1036183/150‑1 (MQ=255) ATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTggtgcagg > 1:871558‑M1/1‑150 (MQ=255) | TCTACAACGCCACTTACCTGGGCCAGGACGTTCGTGTGGTCAGCCTGCTGAAGCCGG‑‑TCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTGGTGCAGG > NC_002947/1621502‑1621798 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |