| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1621649 = | 130 (1.140) | 7 (0.060) | 6/232 | NT | 5.4% | coding (521/1392 nt) | PP_1421 | sensor histidine kinase TctE |
| ? | NC_002947 | 1621671 = | 123 (1.130) | coding (543/1392 nt) | PP_1421 | sensor histidine kinase TctE | |||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
GCCAGGACGTTCGTGTGGTCAGCCTGCTGAAGCCGGTCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTGGTGCAGGTGCAGCGCGAGCTGGGCCCG > NC_002947/1621523‑1621818 | gCCAGGACGTTCGTGTGGTCAGCCTGCTGAAGCCGGTCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGc > 1:2356190/1‑150 (MQ=255) cccccccggcaacgctcgcaagtcgtccggctggcgttcttccaccgctgtgcgaaggcgctccaacggccgcaacgcggcactcacggcaaaccacaccatcaccaacgcccccagtgccagcATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTg > 2:220220‑M1/125‑150 (MQ=255) aGGACGTTCGTGTGGTCAGCCTGCTGAAGCCGGTCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGCGGCAGCGCGGGCACGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTgg > 1:691597/1‑150 (MQ=255) aGGACGTTCGTGTGGTCAGCCTGCTGAAGCCGGTCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTgg > 2:2303834/1‑150 (MQ=255) caccggcaacgctcgcaagtcgtccggctggcgttcttccaccgctgtgcgaaggcgctccaacggccgcaacgcggcactcacggcaaaccacaccatcaccaacgcccccagtgccagcATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTg < 2:1287114‑M1/26‑1 (MQ=255) caccggcaacgctcgcaagtcgtccggctggcgttcttccaccgctgtgcgaaggcgctccaacggccgcaacgcggcactcacggcaaaccacaccatcaccaacgcccccagtgccagcATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTg > 1:1287114‑M1/122‑147 (MQ=255) ttCGTGGGGTCAGCCTGCTGAAGCCGGTCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGTGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTgg < 1:2185794/150‑1 (MQ=255) cGTGTGGTCAGCCTGCTGAAGCCGGTCAGCGAGCCGAACATGAACGGCACCGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTgggg < 1:1441183/150‑1 (MQ=255) gtgtGGTCAGCCTGCTGAAGCCGGTCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTggggg > 1:2085872/1‑150 (MQ=255) tgGTCAGCCTGCTGAAGCCGGTCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGt > 1:1599268/1‑150 (MQ=255) tgGTCAGCCTGCTGAAGCCGGTCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGAGGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGt > 2:2216559/1‑150 (MQ=255) gTCAGCCTGCTGAAGCCGGTCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTg > 2:788147/1‑150 (MQ=255) gTCAGCCTGCTGAAGCCGGTCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTg < 2:2356190/150‑1 (MQ=255) tCAGCCTGCTGAAGCCGGTCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTgg < 2:217808/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGCTGAAGCCGGTCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGt < 1:882506/150‑1 (MQ=255) aGCCTGCTGAAGCCGGTCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTg > 1:1237702/1‑150 (MQ=255) gCCTGCTGAAGCCGGTCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCAAGAGGGTTGATGGCCGATACCGTGCTGCGACTGGGTATGCTGGAACTTGGGGGGTTGGTGa > 2:1307090/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGAAGCCGGTCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGAt > 1:1674656/1‑150 (MQ=255) 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aGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTg > 1:1178332/1‑150 (MQ=255) cGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGt < 1:2025418/142‑1 (MQ=255) cGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGt > 2:2025418/1‑142 (MQ=255) aaCATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGt > 2:2471501/1‑118 (MQ=255) cATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGtt < 1:1307090/150‑1 (MQ=255) cATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAACCGAAACCGAGTAGGCGCGGGTGTGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGTGTATGCTGGCACTGGGGGCGTGGGTGATGGTGTGGTTTGCGTTGAGTGCCGCGtt > 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gcatacccaggcgcagcagggtatGCTGGCACTGGCGGCGTTGGTGATg > 1:2540083‑M2/25‑49 (MQ=255) cGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTggtgca > 2:1546178/1‑150 (MQ=255) cGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTggtgca < 2:1364874/150‑1 (MQ=255) cGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTggtgca > 1:895396/1‑150 (MQ=255) cGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTggtgc > 2:2555135/1‑149 (MQ=255) cGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCAGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCa > 2:2091122/1‑117 (MQ=255) cGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGAGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTggtgca > 2:924152/1‑150 (MQ=255) gATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTggtgcag < 2:1674656/150‑1 (MQ=255) gATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTggtgcag < 1:1036183/150‑1 (MQ=255) catacccaggcgcagcagggtatGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGa < 2:980106‑M2/41‑1 (MQ=255) catacccaggcgcagcagggtatGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGa > 1:980106‑M2/24‑64 (MQ=255) ATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTggtgcagg > 1:871558‑M1/1‑150 (MQ=255) CCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTggtgcaggtgca < 2:1448824‑M1/150‑1 (MQ=255) CCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTggtgcaggtgca < 1:2461317‑M1/150‑1 (MQ=255) ccTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTGGTGCAGGTGCAGCGCGAGCt < 2:1078718/150‑1 (MQ=255) ccTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTGGTGCAGGTGCAGCGCGAGCt > 2:1793024/1‑150 (MQ=255) cTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGcc < 2:788281/76‑1 (MQ=255) cTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTGGTGCAGGTGCAGCGCGAGCTg > 1:494144/1‑150 (MQ=255) cTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGAGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTGGTGCAGGTGCAGCGCGAGCTg > 2:916708/1‑150 (MQ=255) gggtatGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTCTGCAGTGAAAGGCGCGGTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCCCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTGGTGCAGGTGCAGCGCGAGCTggg < 1:2216559‑M2/144‑1 (MQ=255) ggtatGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGc > 1:233876‑M2/6‑112 (MQ=255) ggtatGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGc < 2:233876‑M2/107‑1 (MQ=255) ggtatGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTGGTGCAGGTGCAGCGCGAGCTGGGc > 1:2915959‑M2/6‑150 (MQ=255) ggtatGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTGGTGCAGGTGCAGCGCGAGCTGGGc > 2:725034‑M2/6‑150 (MQ=255) atGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTGGTGCAGGTGCAGCGCGAGCTGGGCCCg > 1:2975428‑M2/3‑150 (MQ=255) | GCCAGGACGTTCGTGTGGTCAGCCTGCTGAAGCCGGTCAGCGAGCCGAACATGAACGGCATGGCAGAGATTCGCGTAGCCGAAACCGAGGAAGCGCGGGTGCGCATGGCCCGAGGGTTGATGGCCGATACCCTGCTGCGCCTGGGTATGCTGGCACTGGGGGCGTTGGTGATGGTGTGGTTTGCCGTGAGTGCCGCGTTGCGGCCGTTGGAGCGCCTTCGCACAGCGGTGGAAGAACGCCAGCCGGACGACTTGCGAGCGTTGCCGGTGGTGCAGGTGCAGCGCGAGCTGGGCCCG > NC_002947/1621523‑1621818 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |