| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 2056021 | 113 (0.990) | 11 (0.110) | 8/212 | NT | 9.5% | intergenic (+27/‑116) | aroC/PP_1831 | chorismate synthase/membrane protein |
| ? | NC_002947 | = 2056095 | 112 (1.130) | intergenic (+101/‑42) | aroC/PP_1831 | chorismate synthase/membrane protein | |||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
CATCCGTGCCACGCCGATTGCCGAGGCGATGATGGCCATTGCGTTGATGGACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCATGCAACCCATCCCCTACTGGCGCCTGTCCAGCT > NC_002947/2055874‑2056170 | cATCCGTGCCACGCCGATTGCCGAGGCGATGATGGCCATTGCGTTGATGGACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTaa < 1:1144993/150‑1 (MQ=255) aCGCCGATTGCCGAGGCGATGATGGCCATTGCGTTGATGGACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTgaacccgctcct > 1:2543799‑M1/1‑138 (MQ=255) gCCGATTGCCGAGGCGATGATGGCCATTGCGTTGATGGACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc > 2:695868/1‑150 (MQ=255) gCCGATTGCCGAGGCGATGATGGCCATTGCGTCCATGGACCCCCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTttacccgcgaagag < 1:2504456‑M1/150‑15 (MQ=255) gATTGCCGAGGCGATGATGGCCATTGCGTTGATGGACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAtt < 1:564104/150‑1 (MQ=255) gATTGCCGAGGCGATGATGGCCATTGCGTTGATGGACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCAGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAtt < 2:1206733/150‑1 (MQ=255) gCCGAGGCGATGATGGCCATTGCGTTGATGGACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGa < 1:797863/150‑1 (MQ=255) aGGCGATGATGGCCATTGCGTTGATGGACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATc > 2:1592651/1‑150 (MQ=255) cATTGCGTTGATGGACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGt > 2:711082/1‑150 (MQ=255) cATTGCGTTGATGGACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGt < 2:930539/150‑1 (MQ=255) gCGTTGATGGACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAg < 1:209046/150‑1 (MQ=255) gCGTTGATGGACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTCAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACCTTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAg < 1:295188/150‑1 (MQ=255) gCGTTGATGGACCACCTGCGGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAg < 2:360397/150‑1 (MQ=255) cGTTGATGGACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGt < 2:805388/150‑1 (MQ=255) gACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGt < 2:242200/150‑1 (MQ=255) gACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCACTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTgaacccgctcctacgcggatttcaccctgtcactgcacctgagggcagtga > 1:1484642‑M1/1‑99 (MQ=255) tcggcatgctgcGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACa < 2:289765/139‑1 (MQ=255) tcggcatgctgcGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACa > 1:289765/7‑145 (MQ=255) ccaccTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTggg > 2:663783/1‑117 (MQ=255) ccaccTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTggg < 1:663783/117‑1 (MQ=255) ccaccTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGt > 2:1018837/1‑140 (MQ=255) ccaccTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGt < 1:1018837/140‑1 (MQ=255) ccaccTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTg < 1:2298554/149‑1 (MQ=255) ccaccTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTg > 2:2298554/1‑149 (MQ=255) ccaccTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCATAAACACGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGa > 2:245505/1‑150 (MQ=255) caccTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACGGGGTGaa > 1:39391/1‑150 (MQ=255) caccTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGaa < 1:1592651/150‑1 (MQ=255) caccTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGaa > 2:1938727/1‑150 (MQ=255) caccTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGaa > 2:2693678/1‑150 (MQ=255) ctgcGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTcc < 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cAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCa > 2:451375‑M2/1‑149 (MQ=255) aGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCac > 1:883132‑M2/1‑148 (MQ=255) tGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCacccgc > 1:2992168‑M2/1‑144 (MQ=255) cGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTgaacccgctcctacgcggatttcaccctgtcactgcacctgagggcagtgatatcccaatgtaggagcgggtttacccgcgaa < 1:2242590‑M1/150‑84 (MQ=255) gATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGt < 2:1386770/117‑1 (MQ=255) gATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCAAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGt > 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ccTCTTCGCGGGTgaacccgctcctacgcgcatttcaccctgtcaccgcacctgagggcagtgatatcccaatgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccgttgcagttggatcagcgctggcccagcacggggggattcactttcac > 1:481591‑M1/1‑13 (MQ=255) ctctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCATGCAACCCATCCCCTACTGgcg > 2:2621204/1‑150 (MQ=255) ctctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCATGCAACCCATCCCCTACTGgcg > 2:618028/1‑150 (MQ=255) tctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAg > 1:441400/1‑118 (MQ=255) tctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCATGCAACCCATCCCCTACTGgcgc > 2:407649/1‑150 (MQ=255) ctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTccc > 1:1379950/1‑111 (MQ=255) ctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTccc < 2:1379950/111‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTgaacccgctcctacgcggatttcaccctgtcactgcacctgagggcagtgatatcccaatgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccgttgcagttggatcagcgctggtccagcaccggg > 1:16556‑M1/1‑9 (MQ=255) ttCGCGGGTaaacccgctcctacgcggatttcaccctgtcactgcacctgagggcagtgatatcccaatgtag < 2:850241‑M1/73‑65 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCcac < 1:641311/113‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCAt < 1:388187/126‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCAt > 2:388187/1‑126 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCATGCAACCCATCCCCTACTGGCGCCt < 2:1036186/150‑1 (MQ=255) gcgGGTgaacccgctcctacgcggatttcaccctgtcactgcacctgagggcagtgatatcccaatgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccgttgcagttggatcagcgctggcccagcaccggggtattcactt < 2:2287744‑M1/139‑134 (MQ=255) gcgGGTgaacccgctcctacgcggatttcaccctgtcactgcacctgagggcagtgatatcccaatgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccgttgcagttggatcagcgctggcccagcaccggggtattcactt > 1:2287744‑M1/1‑6 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaagaggccgttgcagttggatcagcgctggcccagcaccggggtattcacttgcacatcggca < 2:2025658‑M2/150‑71 (MQ=255) gcgGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCATGCAACCCATCCCCTACTGGCGCCTGTc < 1:299747/150‑1 (MQ=255) cgGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCATGCAACCCATCCCCTACTGGCGCCTGTcc > 1:786908/1‑150 (MQ=255) ggTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCATGCAACCCATCCCCTACTGGCGCCTGTCCAg > 1:988568/1‑150 (MQ=255) gTgaacccgctcctacgcggatttcaccctgtcactgcacctgagggcagtgatatcccaatgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccgttgcagttggatcagcgctggcccagcaccggggtattcacttgcacatcggcattct > 1:883132‑M1/1‑2 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCATGCAACCCATCCCCTACTGGCGCCTGTCCAGc > 2:1722886/1‑150 (MQ=255) tgaacccgctcctacgcggatttcaccctgtcactgcacctgagggcagtgatatcccaatgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccgttgcagttggatcagcgctggcccagcaccggggtattcacttgcacatcggcattctg > 2:451375‑M1/1‑1 (MQ=255) tAATCCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCATGCAACCCATCCCCTACTGGCGCCTGTCCAGCt < 1:814662/150‑1 (MQ=255) | CATCCGTGCCACGCCGATTGCCGAGGCGATGATGGCCATTGCGTTGATGGACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGC‑CCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCATGCAACCCATCCCCTACTGGCGCCTGTCCAGCT > NC_002947/2055874‑2056170 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |