| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 4700790 = | 116 (1.010) | 12 (0.120) | 11/216 | NT | 10.1% | intergenic (‑57/+93) | kdpD/kdpC | sensor protein/potassium‑transporting ATPase subunit C |
| ? | NC_002947 | 4700862 = | 111 (1.100) | intergenic (‑129/+21) | kdpD/kdpC | sensor protein/potassium‑transporting ATPase subunit C | |||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
GCCGGGGGCAGCGCCCAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCAC > NC_002947/4700641‑4700939 | cagctgccggtcgagcgcttgcaagccttgctggaacaggccaccctccacccattgatcggcccgccggtggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGt > 1:2551209‑M1/148‑150 (MQ=255) gggggCAGCGCCCAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTA < 1:2249686‑M1/150‑1 (MQ=255) gggggCAGCGCCCAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTAATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTA > 1:850713‑M1/1‑150 (MQ=255) gCAGCGCCCAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGATGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAG > 1:780670‑M1/1‑150 (MQ=255) gcgcCCAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGAGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGG > 1:1563778‑M1/1‑150 (MQ=255) gtcgagcgctggcaagccttgctggaacaggccaccctccacccattgatcggcccgccggtggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTAGGAGCggg > 2:581525‑M1/139‑150 (MQ=255) cgcCCAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGG > 2:1713197‑M1/1‑150 (MQ=255) gAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTAcc > 1:1505768/1‑149 (MQ=255) ttgcaagccttgctggaacaggccaccctccacccattgatcggcccgccggtggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTAGGAGCgg < 1:2733216‑M1/11‑1 (MQ=255) acacCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 1:342906/150‑1 (MQ=255) cacCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCTGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCcgcg < 2:2234720/150‑1 (MQ=255) gcaagccttgctggaacaggccaccctccacccattgatcggcccgccggtggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTa > 1:1148784‑M1/128‑131 (MQ=255) gcaagccttgctggaacaggccaccctccacccattgatcggcccgccggtggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTa < 2:1148784‑M1/4‑1 (MQ=255) ttgctggaacaggccaccctccacccattgatcggcccgccggtggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTc < 2:109183‑M1/30‑1 (MQ=255) gCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTc < 2:815243/150‑1 (MQ=255) ggccccggccGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGt < 2:388202/150‑1 (MQ=255) ggccccggccGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGt < 2:780670/150‑1 (MQ=255) gccccggccGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTg < 1:1986052/150‑1 (MQ=255) cccggccGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGc > 1:1278568/1‑150 (MQ=255) ccggccggTGCGTGGGAGGCTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACAAATGTTTCATCCTTTACTTTGTGCAACAGTCCGCCGCTTCAGGCTAAGCCCCCTTACCTTGTTGGACCGGATTGACCCGCAAACACCTccctagca > 2:1008584/1‑143 (MQ=255) gccaccctccacccattgatcggcccgccggtggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagcct > 1:1443669‑M1/109‑109 (MQ=255) gccaccctccacccattgatcggcccgccggtggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGcaccacc < 2:288249‑M1/42‑1 (MQ=255) gTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGcaccaccac > 2:1847807/1‑150 (MQ=255) caccctccacccattgatcggcccgccggtggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTAGGAGCggg < 1:1005056‑M1/12‑1 (MQ=255) gggAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGT > 2:2691906‑M1/1‑103 (MQ=255) gggAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGT < 1:2691906‑M1/103‑1 (MQ=255) aGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTcgc > 2:2655566/1‑150 (MQ=255) ggtGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCgg < 1:2961865/148‑1 (MQ=255) cattgatcggcccgccggtggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCgg > 1:288249‑M1/96‑150 (MQ=255) cAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaac < 2:1767138‑M2/150‑4 (MQ=255) cAACAGCGCATCGGCGAGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTcacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcgggtaaac < 2:1563778‑M1/150‑48 (MQ=255) aCAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGCATCCTTTGGATCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaaccc > 2:1517736‑M2/1‑145 (MQ=255) cAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTcacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcgggtaaacccg < 2:2082020‑M1/150‑51 (MQ=255) aGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgc > 2:362982‑M2/1‑143 (MQ=255) cgcATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctc > 2:2706553‑M2/1‑141 (MQ=255) cgcATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGACCATCATGCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctc > 1:188696‑M2/1‑141 (MQ=255) gcATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCgg > 2:1411669/1‑137 (MQ=255) gcATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCgg < 1:1411669/137‑1 (MQ=255) aTCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctccta < 1:1197420‑M2/150‑13 (MQ=255) ggCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAg > 1:1084183/1‑150 (MQ=255) 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gttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTc > 1:2040841‑M1/62‑128 (MQ=255) cTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCt > 2:1433105/1‑150 (MQ=255) tCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacc < 2:1459484‑M2/122‑5 (MQ=255) tCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCtt > 2:946648/1‑150 (MQ=255) tGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTcacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcgggtaaac > 1:2148754‑M1/1‑71 (MQ=255) tGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTcacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcgggtaaac < 2:2148754‑M1/118‑48 (MQ=255) 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(MQ=255) tcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACa > 2:246066‑M1/30‑101 (MQ=255) ttCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctc < 1:1775705‑M2/89‑10 (MQ=255) aGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCa < 2:2559739/150‑1 (MQ=255) cccccTTAACGTGTAGGAGCGGGTTcacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgc < 2:29823‑M1/64‑40 (MQ=255) gcaggaagccTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTcgcg < 1:242717‑M1/54‑1 (MQ=255) gcaggaagccTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTcgcg > 2:242717‑M1/11‑64 (MQ=255) ccccTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTg > 1:2279545/1‑44 (MQ=255) ccccTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTg < 2:2279545/44‑1 (MQ=255) ccccTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAAc < 2:708624/143‑1 (MQ=255) ccccTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAAc > 1:708624/1‑143 (MQ=255) cccTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCgg > 2:2796542/1‑64 (MQ=255) cccTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGcc < 1:3050737/92‑1 (MQ=255) cccTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATg < 2:309184/115‑1 (MQ=255) cccTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATg > 1:309184/1‑115 (MQ=255) cccTTAACGTGTAGGAGAGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGcc > 2:3050737/1‑92 (MQ=255) ttAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTc > 1:1794670/1‑84 (MQ=255) aCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGac < 1:763142/150‑1 (MQ=255) tgtAGGAGCGGGTTcacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcgggtaaacccgctcctacacgttaagggggctttccctgaagcggcggactgttggacaaagtaaaggatgaaacatgagtgactccgcccgcgccg > 1:1656937‑M1/1‑14 (MQ=255) tgtAGGAGCGGGTTcacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcgggtaaacccgctcctacacgttaagggggctttccctgaagcggcggactgttggacaaagtaaaggatgaaacatgagtgactccgcccgcgccg > 2:1278568‑M1/1‑14 (MQ=255) | GCCGGGGGCAGCGCCCAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCAC > NC_002947/4700641‑4700939 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |