| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 4700803 | 114 (1.000) | 12 (0.120) | 9/216 | NT | 10.2% | intergenic (‑70/+80) | kdpD/kdpC | sensor protein/potassium‑transporting ATPase subunit C |
| ? | NC_002947 | = 4700847 | 111 (1.100) | intergenic (‑114/+36) | kdpD/kdpC | sensor protein/potassium‑transporting ATPase subunit C | |||||
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
CCAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGAT > NC_002947/4700655‑4700951 | ccAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTc > 1:392264‑M1/1‑149 (MQ=255) gAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTAccc < 2:515868/150‑1 (MQ=255) gAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTAcc > 1:1505768/1‑149 (MQ=255) acacCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCcgc < 1:342906/150‑1 (MQ=255) ggCCGGCCACGGCGGGGTCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGt < 2:1710733/149‑1 (MQ=255) ttgctggaacaggccaccctccacccattgatcggcccgccggtggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTAGGATCGGGTTGACCCGCGAATACgta < 2:1413587‑M1/30‑2 (MQ=255) ggccccggccGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGt < 2:780670/150‑1 (MQ=255) ccccggccGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTgg > 1:7836/1‑150 (MQ=255) cccggccGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGc > 1:1278568/1‑150 (MQ=255) ccggccggTGCGTGGGAGGCTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACAAATGTTTCATCCTTTACTTTGTGCAACAGTCCGCCGCTTCAGGCTAAGCCCCCTTACCTTGTTGGACCGGATTGACCCGCAAACACCTccctagca > 2:1008584/1‑143 (MQ=255) cggccggTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGcac < 1:1713197/150‑1 (MQ=255) cggTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGcaccacc > 1:2559739/1‑150 (MQ=255) aGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTcgc > 2:2655566/1‑150 (MQ=255) aGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCACATTcgc < 2:2817263/150‑1 (MQ=255) ggTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTcacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcg < 2:392264‑M1/150‑41 (MQ=255) gTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTAATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCgg < 2:850713/150‑1 (MQ=255) cAACAGCGCATCGGCGAGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTcacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcgggtaaac < 2:1563778‑M1/150‑48 (MQ=255) aGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgc < 1:2680935‑M2/150‑8 (MQ=255) aGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgc > 2:362982‑M2/1‑143 (MQ=255) cgcATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGcac < 2:2647945/121‑1 (MQ=255) cgcATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctc > 2:2706553‑M2/1‑141 (MQ=255) gcATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCgg < 1:1411669/137‑1 (MQ=255) cATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctcct < 1:1155426‑M2/150‑12 (MQ=255) cATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctcct > 2:2453833‑M2/1‑139 (MQ=255) aTCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctccta < 1:1197420‑M2/150‑13 (MQ=255) cGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctcctaca > 2:1278568‑M2/1‑136 (MQ=255) cGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctcctaca > 1:1656937‑M2/1‑136 (MQ=255) tggtcaacgtgctggcgttgaaccaggccttggaaaagctcgccattgtcaggtaatcgaagcgctggcaggaagccTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAg > 1:109183‑M1/78‑150 (MQ=255) ggCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAg < 1:2655566/150‑1 (MQ=255) gcgcGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctcctaca > 1:1525863‑M2/1‑134 (MQ=255) gcggAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCt > 2:763142/1‑150 (MQ=255) gcggAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCt > 2:1918594/1‑150 (MQ=255) cggAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTg < 1:1746458/150‑1 (MQ=255) ggAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCgg < 2:1744732/123‑1 (MQ=255) aCTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTtacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcgg < 2:2160594‑M1/117‑42 (MQ=255) aCTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAgcgc > 1:2635190/1‑150 (MQ=255) aCTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAgcgc > 1:438811/1‑150 (MQ=255) tCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacc < 2:1459484‑M2/122‑5 (MQ=255) tCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTAAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCTCCACCACCACATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCtt > 1:2924906/1‑150 (MQ=255) 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2:2246281‑M1/150‑1 (MQ=255) AGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAAt < 2:1953552‑M1/102‑1 (MQ=255) AGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAAt > 1:1953552‑M1/1‑102 (MQ=255) ggAGCGGGTTcacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcgggtaaacccgctcctacacgttaagggggctttccctgaagcggcggactgttg > 1:2328238‑M1/1‑10 (MQ=255) gAGCGGGTTcacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcgggtaaacccgctcctacacgttaagggggctttccctgaagcggcggcatgatggtcaaagtaaaggatgaaacatgagtgactccgcccgcgccgatgcg > 1:188696‑M1/1‑9 (MQ=255) gAGCGGGTTcacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcgggtaaacccgctcctacacgttaagggggctttccctgaa > 2:1775705‑M1/1‑9 (MQ=255) GAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGACAACGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGATTTTCCAAGGCGTGGTTGAACCACAGGGCGGTGACcaccgccg < 1:532853‑M1/150‑4 (MQ=255) aGCGGGTTcacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcgggtaaacccgctcctacacgttaagggggctttccctgaagcggcggactgttggacaaagtaaagga > 2:1248018‑M1/1‑8 (MQ=255) gCGGGTTcacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcgggtaaacccgctcctacacgttaagggggatttccctgaagcggcggactgttggacaaaggaaaggatgaaacatgagtgactccgcccgcgccgatgcgct > 2:947492‑M1/1‑7 (MQ=255) cGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctcctacacgttaagggggctttccctgaagcggcggactgttggacaaagtaaaggatgaaacatgagtgactccgcccgcgccgatgcgctg < 2:2082020‑M2/150‑101 (MQ=255) CGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGc > 2:709979‑M1/1‑150 (MQ=255) gggTTcacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcggatccaaaggatgctacacgttaagggggctttccctgaagcggcggactgttggacaaagtaaaggatgaaacatgagtgactccgcccgcgccgatgcgctgt > 2:1517736‑M1/1‑5 (MQ=255) ggTTcacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcgggtaaacccgctcctacacgttaagggggctttccctgaagcggcggactgttggacaaagtaaaggatgaaacatga > 1:1459484‑M1/1‑4 (MQ=255) gTTcacccgcgaatgcggtggtggtgccactgacgtattcgcgggtaaacccgctcctacacgttaagggggctttccctgaagcggcggactgttggacaaagtaaaggatgaaacatgagtgactccgcccgcgccgatgcgctgttg < 2:1767138‑M1/150‑148 (MQ=255) gTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctcctacacgttaagggggctttccctgaagcggcggactgttggacaaagtaaaggatgaaaca < 2:2148637‑M2/118‑72 (MQ=255) gTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctcctacacgttaagggggctttccctgaagcggcggactgttggacaaagtaaaggatgaaaca > 1:2148754‑M2/1‑47 (MQ=255) gTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGaacccgctcctacacgttaagggggctttccctgaagcggcggactgttggacaaagtaaaggatgaaaca > 1:2148637‑M2/1‑47 (MQ=255) GTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAAc < 2:159456‑M1/50‑1 (MQ=255) GTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAAc > 1:159456‑M1/1‑50 (MQ=255) GTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATgg > 2:1640241‑M1/1‑96 (MQ=255) GTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATgg < 1:1640241‑M1/96‑1 (MQ=255) GTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACg < 2:2378328‑M1/131‑1 (MQ=255) | CCAGGAACACCTTCAGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGAT > NC_002947/4700655‑4700951 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |