| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1622544 | 72 (0.630) | 13 (0.130) | 9/208 | NT | 16.6% | intergenic (+24/+42) | PP_1421/PP_1422 | sensor histidine kinase TctE/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | = 1622558 | 69 (0.710) | intergenic (+38/+28) | PP_1421/PP_1422 | sensor histidine kinase TctE/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TTAGGGCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCCGCGCTGACT > NC_002947/1622410‑1622705 | ttAGGGCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCcacg > 1:2191420/1‑150 (MQ=255) aGGGCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCgaa > 2:2506881‑M2/1‑147 (MQ=255) gggCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCgaaa < 2:2843284‑M2/150‑5 (MQ=255) gatcTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGGGCGGGTGG‑GGGCGACACCACCGGTTGATGTCGGAAAGGGCTTGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGCTGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGaaa < 2:2969432/147‑1 (MQ=255) ggCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCgaaag < 1:2312059‑M2/150‑6 (MQ=255) ggCTGGCGATCGTTGGCGACATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCgaaag > 2:2014684‑M2/1‑145 (MQ=255) gCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCgaaagg > 2:2150925‑M2/1‑144 (MQ=255) tGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCgaaagggg > 2:2405106‑M2/1‑142 (MQ=255) tGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCgaaagggg > 2:2486398‑M2/1‑142 (MQ=255) ggCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCgaaaggggc > 2:2312059‑M2/1‑141 (MQ=255) ggCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCGGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCgaaaggggc > 2:530877‑M2/1‑141 (MQ=255) gggatCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCgaaaggggag > 2:1241639‑M2/3‑140 (MQ=255) gCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATGGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCgaaagagatc < 1:2969432‑M2/150‑11 (MQ=255) cGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCgaaaggggcgacaca > 1:2420264‑M2/1‑135 (MQ=255) tGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCgaaaggggcgacacaggc > 1:2843284‑M2/1‑132 (MQ=255) gCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAATCGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTg < 2:82303/150‑1 (MQ=255) gCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGAAGCTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTg > 1:82303/1‑150 (MQ=255) cGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTgg < 2:499805/150‑1 (MQ=255) cGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTgg < 2:638243/150‑1 (MQ=255) gagaTCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTg < 1:1894360/148‑1 (MQ=255) gagaTCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTg > 2:1894360/1‑148 (MQ=255) tCTGTCGGGCGCGGCTGGCGAGAGTGTCC‑CTAGATCAGGGCTAAAGTGGCTGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGACTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAg < 2:1871178/150‑1 (MQ=255) gcgcACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAATGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTa < 1:2683637/139‑1 (MQ=255) 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ccccTTTCATGGGCTCACCCGCgaaaggggcgacacaggcaaaccatcaatccgcgataaagctcacccgcac < 1:1556866‑M2/73‑52 (MQ=255) ccccTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGcc < 2:2682221/150‑1 (MQ=255) ccccTTGCATGGGCTCACCCGCgaaaggggcgacacaggcaaaccatcaatccgcgataaagctcacccgcacccgcaacccgcccttctcgccatcgtgcagggtcacttgcgccaggtgcgcccgacagatctcgccaacgatcgcca < 2:1656897‑M2/150‑129 (MQ=255) cccTTTCATGGGCTCACCCGCgaaaggggcgacacaggcaaaccatcaatccgcgataaagctcacccgcacccgcaacccgcccttctcgccatcgtgcagggtcacttgcgccaggtgcgcccgacagatctcgccaacgatcgccag < 1:1648466‑M2/150‑130 (MQ=255) cccTTTCATGGGCTCACCCGCgaaaggggcgacacaggcaaaccatcaatccgcgataaagctcacccgcacccgcaacccgcccttctcgccatcgtgcag > 2:2292896‑M2/1‑21 (MQ=255) cccTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGc > 2:2219126/1‑148 (MQ=255) cccTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGc < 1:2219126/148‑1 (MQ=255) ccTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTACAACAGTTCATGGTCCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCgg > 2:1493096/1‑150 (MQ=255) cTTTCATGGGCTCACCCGCgaaaggggcgacacaggcaaaccatcaatccgcgataaagctcacccgcacccgcaacccgcccttctcgccatcgtgcagggtcacttgcgccaggtgcgcccgacagatctcgccaacgatcgccagcc < 1:41898‑M2/150‑132 (MQ=255) cTTTCATGGGCTCACCAGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGt > 2:1809266/1‑150 (MQ=255) tttCATGGGCTCACCCGCgaaaggggcgacacaggcaaaccatcaatccgcgataaagctcacccgcacccgcaacccgcccttctcgccatcgtgcagggtcacttgcgccaggtgcgcccgacagatctcgccaacgatcgccagccc < 2:253803‑M2/150‑133 (MQ=255) tCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGAc < 1:18633/150‑1 (MQ=255) aTGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGAcc > 2:1763317/1‑81 (MQ=255) aTGGGCTCACCCGCGAAAGGCGCGACACAGGCTGGTACAGCTTAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCgg < 1:267240/144‑1 (MQ=255) aTGGGCTCACCCGCGAAAGGCGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCgg > 2:267240/1‑144 (MQ=255) tCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCCgcgc > 1:2071102/1‑150 (MQ=255) aCCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGCTGACGCCCGCGctg > 2:174984/1‑150 (MQ=255) cccGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCCGCGctga > 1:1630040/1‑150 (MQ=255) ccGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCCGCGctgac > 2:401464/1‑150 (MQ=255) ccGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCCGCGctgac > 2:1009359/1‑150 (MQ=255) ccGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCCGCGctgac > 1:1020437/1‑150 (MQ=255) cgcgAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCCGCGctgact > 1:2388904/1‑150 (MQ=255) cgcgAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCCGCGctgact < 2:2523532/150‑1 (MQ=255) | TTAGGGCTGGCGATCGTTGGCGAGATCTGTCGGGCGCACCTGGCGCAAGTGACC‑CTGCACGATGGCGAGAAGGGCGGGTTGCGGGTGCGGGTGAGCTTTATCGCGGATTGATGGTTTGCCTGTGTCGCCCCTTTCATGGGCTCACCCGCGAAAGGGGCGACACAGGCTGGTACAGCTCAGCGCAACATGCTCCGCGCCTCCAGCAGTTCATCGACCTCCAGCTCGGTGCCAAACGGCAACCCCAGATGGCGGTACGCCGGCAGCGCAGCCAATGGCCGGTGACGCCCGCGCTGACT > NC_002947/1622410‑1622705 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |