New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 413995 | 53 (0.890) | 7 (0.120) | 7/232 | NT | 11.9% | intergenic (+12/‑191) | glnE/waaF | glutamate‑ammonia‑ligase adenylyltransferase/ADP‑heptose:LPS heptosyltransferase II |
? | NC_002947 | = 414083 | 52 (0.900) | intergenic (+100/‑103) | glnE/waaF | glutamate‑ammonia‑ligase adenylyltransferase/ADP‑heptose:LPS heptosyltransferase II |
TACAAAGCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTACACTGTCCGCCACATAGCCTGAATATAAAGAGGGGAGGCCAGGCTG > NC_002947/413855‑414144 | tACAAAGCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTcgcg < 1:994141/150‑1 (MQ=255) cAAAGCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCggg > 2:966811/1‑150 (MQ=255) aaaGCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGc > 1:1187113/1‑150 (MQ=255) cGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGc < 2:1416994/150‑1 (MQ=255) cGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCt < 2:1631378/150‑1 (MQ=255) gCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCcaca < 1:807735/150‑1 (MQ=255) gCCTCCCACCGCCAGGCCCCGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCcaca > 1:1640347/1‑150 (MQ=255) tCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCctattcgcgggcaagcccgctcccacaggg > 2:1565259‑M1/1‑120 (MQ=255) tCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCaa > 1:153570/1‑134 (MQ=255) tCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCaa < 2:153570/134‑1 (MQ=255) cccACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGCTCGCTGCGCCACATGTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTACGTCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTa < 1:365117/150‑1 (MQ=255) cACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCcaca > 1:871163/1‑144 (MQ=255) cACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCcaca < 2:871163/144‑1 (MQ=255) cGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCACCCCGGTACTGca < 2:22154/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGcaca < 2:303482/150‑1 (MQ=255) gCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGAGGATCTGGGGTGAGGTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCGAGCCCCCACAGGTACTGCACAGGcc > 1:197192/1‑150 (MQ=255) ccTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGc < 2:819595/122‑1 (MQ=255) ccTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGc > 1:819595/1‑122 (MQ=255) cAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCACACAGGTACTGCACAGGCTCTGAGc > 1:1478479/1‑150 (MQ=255) aaGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAgt > 2:1097460/1‑150 (MQ=255) ccGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAgg < 2:879448/121‑1 (MQ=255) ccGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAgg > 1:879448/1‑121 (MQ=255) gggTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATccc < 2:1081826/150‑1 (MQ=255) tgctCGCTGCGGCACAGTTTGGCGATGGACGCGGTGCAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTTATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCGAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATGCCtgt < 2:262970/147‑1 (MQ=255) aTCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCttattcgcgggcaagcccgctcccacagggattgcacactgctcagggcctgtgcagtacctgt < 1:606704‑M1/148‑65 (MQ=255) aTCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCttattcgcgggcaagcccgctcccacagggattgcacactgctcagggcctgtgcagtacctgt > 2:606704‑M1/1‑84 (MQ=255) cGATGCGGCACAGTTTGCCGATAAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCctattcgcgggcaagcccgctcccacagggattgcacactgctcagggcctgtgcagtacctgtggga < 1:1565259‑M1/150‑69 (MQ=255) gCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCttattcgcgggcaagcccgctcccacagggattgcacactgctcagggcctgtgcagtacctgtgggagcgg < 2:1187113‑M1/150‑73 (MQ=255) ggCACAGTTTGCCGATGAACGCGGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATccc < 1:648983/137‑1 (MQ=255) ggCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATccc > 2:648983/1‑137 (MQ=255) acaGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGGGTGCAATCCCGGTGGGAGCGGGCTTg > 1:343865/1‑150 (MQ=255) caGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGc < 1:718366/150‑1 (MQ=255) aGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAg > 1:94141/1‑99 (MQ=255) aGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAg < 2:94141/99‑1 (MQ=255) gtgtGCCGATGAACGCCGTGGAGTGCGGCTGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGTGAGCGGGCTTGccc < 2:197192/147‑1 (MQ=255) tGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGCACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCcgcg < 2:1640347/150‑1 (MQ=255) cGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGccc > 1:1117331/1‑82 (MQ=255) cGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGccc < 2:1117331/82‑1 (MQ=255) cGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATcc > 1:504747/1‑124 (MQ=255) cGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATcc < 2:504747/124‑1 (MQ=255) gAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTGTAAGCGGATACCGTGTTGCCTTATTCGCGGGCAAGCACGCTCACACGGGGACTGCACAGGCCCTCAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGgc > 2:551961‑M2/1‑148 (MQ=255) gCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCAtg < 1:1097460/150‑1 (MQ=255) ggcggATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGa > 2:1156450/1‑112 (MQ=255) ggcggATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGa < 1:1156450/112‑1 (MQ=255) gATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTACACTGTc < 1:3118/150‑1 (MQ=255) gggTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAg > 1:1620341/1‑103 (MQ=255) gggTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAg < 2:1620341/103‑1 (MQ=255) gggTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTaca > 2:1241608/1‑139 (MQ=255) gggTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTaca < 1:1241608/139‑1 (MQ=255) gTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTgg < 2:785523/98‑1 (MQ=255) gTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTgg > 1:785523/1‑98 (MQ=255) gTGAGTGGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGGGTGGTACACTGTCCGCcacct > 1:494149/1‑148 (MQ=255) gTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCctattcgcgggcaagcccgctcccacagggattgcacactgctcagggcctgtgcagtacctgtgg < 1:37653‑M1/94‑67 (MQ=255) gTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCctattcgcgggcaagcccgctcccacagggattgcacactgctcagggcctgtgcagtacctgtgg > 2:37653‑M1/1‑28 (MQ=255) gTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTACACTGTCCGCCACATAGCCTGAat < 1:966811/150‑1 (MQ=255) gCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATa < 2:1585249/104‑1 (MQ=255) gCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATa > 1:1585249/1‑104 (MQ=255) aTACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGa < 1:1204407/81‑1 (MQ=255) aTACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGa > 2:1204407/1‑81 (MQ=255) gtgtTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCtg > 1:1004291/1‑71 (MQ=255) gtgtTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCtg < 2:1004291/71‑1 (MQ=255) ttGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTACACTGTCCGCCACATAGCCTGAATATAAAGAGGGGAGGCCAg < 1:316917/150‑1 (MQ=255) gCctattcgcgggcaagcccgctcccacagggattgcacactgctgagggcctgtgcagtccccgtgtgagcgtgcttgcccgcgaataaggcaacacggtatccgcttacacccaactcaccccagatccgccgcacttcacggcgttc > 2:551961‑M1/1‑2 (MQ=255) cctattcgcgggcaagcccgctcccacagggattgcacactgctcagggcctgtgcagtacctgtgggagcgggc > 1:274739‑M1/1‑1 (MQ=255) cctattcgcgggcaagcccgctcccacagggattgcacactgctcagggcctgtgcagtacctgtgggagcgggc < 2:274739‑M1/75‑75 (MQ=255) cTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTACACTGTCCGCCACATAGCCTGAATATAAAGAGGGGAGGCCAGGCTg > 2:943870/1‑150 (MQ=255) | TACAAAGCGTTCCGCTCGGCCTCCCACCGCCAGGCCCTGCAGAAGGAGGCCGGGGTGATCGATGCGGCACAGTTTGCCGATGAACGCCGTGAAGTGCGGCGGATCTGGGGTGAGTTGGGTTTAAGCTGATACCGTGTTGGCTTATTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAGGCCCTGAGCAGTGTGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAATAGGCCATGTGAGTGGTACACTGTCCGCCACATAGCCTGAATATAAAGAGGGGAGGCCAGGCTG > NC_002947/413855‑414144 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |