New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1096638 = | 51 (0.850) | 4 (0.070) | 4/230 | NT | 7.9% | coding (329/726 nt) | lptB | ABC transporter ATP‑binding protein |
? | NC_002947 | 1096660 = | 44 (0.770) | coding (307/726 nt) | lptB | ABC transporter ATP‑binding protein |
GATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTC > NC_002947/1096490‑1096780 | gATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCACTTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATc > 1:949514/1‑150 (MQ=255) gAACTTGGGTGAGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTTACCACCAGACCGGCTTATGCCGAGGTTGTACCGGATGTGGCTCATGCGGAACTCCTGCAGCAGGCTGTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAg < 1:40127/150‑1 (MQ=255) ttGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTcc > 2:1379216/1‑150 (MQ=255) ttGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTcc > 2:320312/1‑150 (MQ=255) gTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGc < 1:1379216/150‑1 (MQ=255) gCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCCGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCgg < 2:471432/150‑1 (MQ=255) gTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGtc > 2:1029423/1‑150 (MQ=255) gCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCg > 1:1437054/1‑150 (MQ=255) gcgcAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGACCTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCa < 1:774386/150‑1 (MQ=255) cgcgGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCgg < 1:369747/150‑1 (MQ=255) ggcggcgTTCACCACCAGACATGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGcga < 1:82404/150‑1 (MQ=255) ggcggcgTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGcga < 1:1644246/150‑1 (MQ=255) cagcccatgcacggccgcgcccgtgccggaatcggctacctgccgcaggaagcctcgatcttccgcaagctgtcggtcgccgacaacatcatggccatccTCGa < 2:314468‑M1/4‑1 (MQ=255) cagcccatgcacggccgcgcccgtgccggaatcggctacctgccgcaggaagcctcgatcttccgcaagctgtcggtcgccgacaacatcatggccatccTCGa > 1:314468‑M1/101‑104 (MQ=255) accaccAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAg > 2:1271053/1‑99 (MQ=255) accaccAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAg < 1:1271053/99‑1 (MQ=255) caccaGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGCTGGCCATGACGTTGGCTGCGTCGGACAGCTGGc > 2:1587532/1‑150 (MQ=255) caccaGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGc < 1:320312/150‑1 (MQ=255) accaGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCat < 2:396863/123‑1 (MQ=255) accaGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCat > 1:396863/1‑123 (MQ=255) ccaGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCgg > 1:384083/1‑150 (MQ=255) aCAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGa > 1:1218478/1‑150 (MQ=255) aGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATc > 1:257348/1‑150 (MQ=255) cTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAg < 2:257348/150‑1 (MQ=255) tCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAgg > 2:183222/1‑150 (MQ=255) tgccggaatcggctacctgccgcaggaagcctcgatcttccgcaagctgtcggtcgccgacaacatcatggccatccTCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATg > 1:247834‑M1/78‑104 (MQ=255) tgccggaatcggctacctgccgcaggaagcctcgatcttccgcaagctgtcggtcgccgacaacatcatggccatccTCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATg < 2:247834‑M1/27‑1 (MQ=255) cGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCt > 1:1062145/1‑150 (MQ=255) tCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAgg > 2:660039/1‑150 (MQ=255) ccGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTGCATTACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGtg > 1:351142/1‑149 (MQ=255) ggATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCGTTCGATCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGCCAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGc < 2:949514/150‑1 (MQ=255) gATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTCCCCCAGCATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGcc < 1:1276556/150‑1 (MQ=255) tgtgGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGa < 1:1029423/150‑1 (MQ=255) tgtgGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCAc > 1:830485/1‑150 (MQ=255) tgtgGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCAc < 1:183222/150‑1 (MQ=255) tgGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCt < 2:968477/120‑1 (MQ=255) tgGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCt > 1:968477/1‑120 (MQ=255) ggAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGtctc > 1:21017/1‑67 (MQ=255) ggAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGtctc < 2:21017/67‑1 (MQ=255) ggAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACggg > 2:1485860/1‑150 (MQ=255) gAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGgc > 2:503397/1‑150 (MQ=255) gatcttccgcaagctgtcggtcgccgacaacatcatggccatccTCGAGGTCCTTGCGGGtc > 2:925942‑M1/45‑62 (MQ=255) gatcttccgcaagctgtcggtcgccgacaacatcatggccatccTCGAGGTCCTTGCGGGtc < 1:925942‑M1/18‑1 (MQ=255) aCTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGgcgc > 1:1208222/1‑150 (MQ=255) cTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGcgcg < 2:1218478/150‑1 (MQ=255) agcagGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGc > 1:213985/1‑150 (MQ=255) agcagGCTTTCCAACTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGAGc > 1:394158/1‑150 (MQ=255) cagGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGc < 2:1105572/88‑1 (MQ=255) cagGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGc > 1:1433778/1‑112 (MQ=255) cagGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGc < 2:1433778/112‑1 (MQ=255) cagGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGGCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGc > 1:1105572/1‑88 (MQ=255) gCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATggg < 2:1208222/150‑1 (MQ=255) cTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGc < 1:1587532/150‑1 (MQ=255) tttCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGGCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGcg > 1:123225/1‑149 (MQ=255) aGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCtggtgg > 2:1608572/1‑150 (MQ=255) aGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCtggtgg < 2:109841/150‑1 (MQ=255) ctctTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCt < 2:1437054/150‑1 (MQ=255) ctctTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCt < 1:503397/150‑1 (MQ=255) tctTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTg > 2:1311580/1‑150 (MQ=255) ctTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGa < 1:1068858/150‑1 (MQ=255) gTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGGTGTc > 1:314891/1‑150 (MQ=255) | GATGAACTTGGGTGCGGTCGCCAGGGCGCGCGCAATTTCGACGCGGCGGCGTTCACCACCAGACAGGCTCATGCCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGATCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTC > NC_002947/1096490‑1096780 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |