New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3102573 | 38 (0.630) | 6 (0.110) | 5/222 | NT | 13.6% | coding (361/642 nt) | PP_2712 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 3102593 | 41 (0.740) | coding (381/642 nt) | PP_2712 | hypothetical protein |
TGATCTGGGAGGGCATCATCAACAGCAGTTGGGCGGGGGCGACGGGTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGATCATCTGTATCGGCAGAAGC > NC_002947/3102424‑3102720 | tGATCTGGGAGGGCATCATCAACAGCAGTTGGGCGGGGGCGACGGGTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGG < 1:51266‑M1/150‑1 (MQ=255) tGATCTGGGAGGGCATCATCAACAGCAGTTGGGCGGGGGCGACGGGTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCAAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGG < 1:682639‑M1/150‑1 (MQ=255) gggAGGGCATCATCAACAGCAGTTGGGCGGGGGCGACGGGTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGc > 2:652518/1‑150 (MQ=255) ggAGGGCATCATCAACAGCAGTTGGGCGGGGGCGACGGGTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCt < 2:829130/150‑1 (MQ=255) gCATCATCAACAGCAGTTGGGCGGGGGCGACGGGTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATg < 2:434252/150‑1 (MQ=255) atcaACAGCAGTTGGGCGGGGGCGACGGGTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAg < 1:59233/150‑1 (MQ=255) tcaACAGCAGTTGGGCGGGGGCGACGGGTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGcacctggtcatacagcgt > 1:524646‑M1/1‑132 (MQ=255) caACAGCAGTTGGGCGGGGGCGACGGGTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGt < 2:1409210/150‑1 (MQ=255) gTTGGGCGGGGGCGACGGGTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGccaggct > 2:871577‑M2/1‑143 (MQ=255) ttGGGCGGGGGCGACGGGTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGccaggctg > 2:1261022‑M2/1‑142 (MQ=255) tGGGCGGGGGCGACGGGTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGccaggctgg > 2:1479794‑M2/1‑141 (MQ=255) gggCGGGGGCGACGGGTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGcacctggtcatacagcgtgcccaggctggt < 2:524646‑M1/150‑31 (MQ=255) ggTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCTGTTTCGGt < 2:1505014/150‑1 (MQ=255) cTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGt < 1:221207/144‑1 (MQ=255) cTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGt > 2:221207/1‑144 (MQ=255) cACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATgg > 2:1270819/1‑150 (MQ=255) aCTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGt < 1:145107/136‑1 (MQ=255) aCTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGAACCCCCCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGt > 2:145107/1‑136 (MQ=255) tGGGCAAGGTTAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGAAGCCGAGAtagtcg > 2:292142/1‑145 (MQ=255) aaGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGa < 2:1438279/131‑1 (MQ=255) aaGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGa > 1:1438279/1‑131 (MQ=255) aaGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGcacctggtcatacagcgtgcccaggctggt < 1:173888‑M1/109‑31 (MQ=255) aaGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGcacctggtcatacagcgtgcccaggctggt > 2:173888‑M1/1‑79 (MQ=255) aGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGc > 2:827774/1‑108 (MQ=255) aGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGc < 1:827774/108‑1 (MQ=255) ggcgAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCg < 2:97590/116‑1 (MQ=255) ggcgAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCg > 1:97590/1‑116 (MQ=255) gAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTAt < 1:1584831/82‑1 (MQ=255) gAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTAt > 2:1584831/1‑82 (MQ=255) gCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTg < 1:1356444/150‑1 (MQ=255) gCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGa < 1:795795/150‑1 (MQ=255) cTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGcacctggtcatacagcgtgcccaggc < 2:1393139‑M1/87‑27 (MQ=255) cTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGcacctggtcatacagcgtgcccaggc > 1:1393139‑M1/1‑61 (MQ=255) ggAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCa > 2:614628/1‑75 (MQ=255) ggAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCa < 1:614628/75‑1 (MQ=255) gAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAAc < 1:652518/150‑1 (MQ=255) aGCAGTCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCTTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGTTTTTGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAAcc < 1:292142/150‑1 (MQ=255) gggcATGAAATTGGACCGCGCCGCCCTGCAAGGTTGGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCaa < 2:151028/147‑1 (MQ=255) cATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACgg > 1:1427913/1‑150 (MQ=255) cATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGATTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGGGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCAGTGATGCGGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAAAgg > 1:647317/1‑150 (MQ=255) aaaTTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATc < 1:65723/150‑1 (MQ=255) cccGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAAc > 2:1269372/1‑150 (MQ=255) tGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTg < 2:1616156/148‑1 (MQ=255) tGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTg > 1:1616156/1‑148 (MQ=255) gCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCTGAGATGGCCGACAAGAtgct > 2:1248144/1‑86 (MQ=255) gCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCTGAGATGGCCGACAAGAtgct < 1:1248144/86‑1 (MQ=255) cTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGATCATCTGt > 2:1202736/1‑150 (MQ=255) ttACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGATCATCTGTa > 2:194402/1‑150 (MQ=255) acCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGccaggctggtgtaagccgaaccttgcagggcggcggggtccaatttcatggcctgctccaggctagctttcgccgccttgaccttgcccagtgcaccgaggccacccgtcgcccccgccc < 2:524646‑M2/150‑121 (MQ=255) acCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGccaggctggtgtaagccgaaccttgcagggcggcggggtccaatttcatggcctgctccaggctagctttcgccgcctt > 2:173888‑M2/1‑30 (MQ=255) acCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGccaggctggtgtaagccgaaccttgcagggcggcggggtccaatttcatggcctgctccaggctagctttcgccgcctt < 1:173888‑M2/109‑80 (MQ=255) ccAGCCTGGcacctggtcatacagcgtgcccaggctggtgtaagccgaaccttgcagggcggcggggtccaatttcatggcctgctccaggctagctttcgccgccttgaccttgcccagtgcaccgaggccacccgtcgcccccgccca > 2:1479794‑M1/1‑9 (MQ=255) ccAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGATCATCTGTATCGGc > 2:1564971/1‑150 (MQ=255) cAGCCTGGcacctggtcatacagcgtgcccaggctggtgtaagccgaaccttgcagggcggcggggtccaatttcatggcctgctccaggctagctttcgccgccttgaccttgcccagtgcaccgaggccacccgtcgcccccgcccaa > 2:1261022‑M1/1‑8 (MQ=255) aGCCTGGcacctggtcatacagcgtgcccaggctggtgtaagccgaaccttgcagggcggcggggtccaatttcatggcctgctccaggctagctttcgccgccttgaccttgcccagtgcaccgaggccacccgtcgcccccgcccaac > 2:871577‑M1/1‑7 (MQ=255) gCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGccaggctggtgtaagccgaaccttgcagggcggcggggtccaatttcatggcctgctccag < 2:1393139‑M2/87‑62 (MQ=255) gCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGccaggctggtgtaagccgaaccttgcagggcggcggggtccaatttcatggcctgctccag > 1:1393139‑M2/1‑26 (MQ=255) tGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGATCATCTGTATCGGCAGAAgc < 1:1202736/150‑1 (MQ=255) | TGATCTGGGAGGGCATCATCAACAGCAGTTGGGCGGGGGCGACGGGTGGCCTCGGTGCACTGGGCAAGGTCAAGGCGGCGAAAGCTAGCCTGGAGCAGGCCATGAAATTGGACCCCGCCGCCCTGCAAGGTTCGGCTTACACCAGCCTGGGCACGCTGTATGACCAGGTGCCAGGCTGGCCTATCGGTTTCGGTGATGCCGAGATGGCCGACAAGATGCTGCGCAAAGCCTTGCAGATCAACCCCAACGGTATCGACAGCAACTATTTCTGGGCCGATCATCTGTATCGGCAGAAGC > NC_002947/3102424‑3102720 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |